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万見
- EMDB-48386: ROOLefa-octamer-wild type -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48386
タイトルROOLefa-octamer-wild type
マップデータlncRNA-ROOL2-octamer
試料
  • 細胞器官・細胞要素: lncRNA-ROOL2-octamer
    • RNA: RNA (526-MER)
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードnatural RNA nanocage / drug delivery / RNA
生物種Enterococcus faecalis JH1 (乳酸球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Ling XB / Fang WW / Ma JB / Korostelev AA
資金援助 中国, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)NSFC 31971130 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32471347 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127094 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM150953 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of a natural RNA nanocage.
著者: Xiaobin Ling / Dmitrij Golovenko / Jianhua Gan / Jinbiao Ma / Andrei A Korostelev / Wenwen Fang /
要旨: Long (>200 nucleotides) non-coding RNAs (lncRNAs) play important roles in diverse aspects of life. Over 20 classes of lncRNAs have been identified in bacteria and bacteriophages through comparative ...Long (>200 nucleotides) non-coding RNAs (lncRNAs) play important roles in diverse aspects of life. Over 20 classes of lncRNAs have been identified in bacteria and bacteriophages through comparative genomics analyses, but their biological functions remain largely unexplored. Owing to the large sizes, the structural determinants of most lncRNAs also remain uncharacterized. Here, we report the structures of two natural RNA nanocages formed by the ROOL (rumen-originating, ornate, large) lncRNA found in bacterial and phage genomes. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures at 2.9-Å resolution reveal that ROOL RNAs form an octameric nanocage with a diameter of 28 nm and an axial length of 20 nm, in which the hollow inside features poorly ordered regions. The octamer is stabilized by numerous tertiary and quaternary interactions, including triple-strand A-minors, for which we propose the term 'A-minor staples'. The structure of an isolated ROOL monomer at 3.2-Å resolution indicates that nanocage assembly involves a strand-swapping mechanism resulting in quaternary kissing loops. Finally, we show that ROOL RNA fused to an RNA aptamer, transfer RNA or microRNA retains its structure, forming a nanocage with radially displayed cargoes. Our findings, therefore, may enable engineering of novel RNA nanocages as delivery vehicles for research and therapeutic applications.
履歴
登録2024年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48386.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈lncRNA-ROOL2-octamer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.24
最小 - 最大-0.19249544 - 37.004530000000003
平均 (標準偏差)0.043293063 (±0.8669108)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional Map B

ファイルemd_48386_additional_1.map
注釈Additional Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional Map A

ファイルemd_48386_additional_2.map
注釈Additional Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_48386_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_48386_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : lncRNA-ROOL2-octamer

全体名称: lncRNA-ROOL2-octamer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: lncRNA-ROOL2-octamer
    • RNA: RNA (526-MER)
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: lncRNA-ROOL2-octamer

超分子名称: lncRNA-ROOL2-octamer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis JH1 (乳酸球菌)

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分子 #1: RNA (526-MER)

分子名称: RNA (526-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 8
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis JH1 (乳酸球菌)
分子量理論値: 187.837453 KDa
配列文字列: AAUUGAAAAA UCAAUAGAUU UAAACCUAGU GAAGAGCAUU UGAACAAUGU GCUAGGGUAG UAUGGGAUAA GUCGAUAACU AAAAUGAAU UGGGAUACUG AUUGAUUUUA GUGGUGGAUU UUACAGCAAU GUAAAAAGGA CUAAUAGUAA AAGCUAUUAA U CGCAAAGU ...文字列:
AAUUGAAAAA UCAAUAGAUU UAAACCUAGU GAAGAGCAUU UGAACAAUGU GCUAGGGUAG UAUGGGAUAA GUCGAUAACU AAAAUGAAU UGGGAUACUG AUUGAUUUUA GUGGUGGAUU UUACAGCAAU GUAAAAAGGA CUAAUAGUAA AAGCUAUUAA U CGCAAAGU ACUACGUGGA AUUUGUGCAG GUGUAAGGUA CGAAACUUUC GAGUGUGACA AUAGACGCUC CAGUGGAGAA UA AUCUAAG UUAGGUGGAA GUGUGAGAAG CUUGGCAGAC CUUAGAAAAC UCAAACCAAG CGCUUUGCAG AGAAACUGAG AAA UCAGUG UUUAACGAAA GAAGUCGGUA CGAGUAGCUU AAUGCAGCAA UUUAUUUACA GAUGACAAAU AAUAAAAAUG GGAC UCUUA UGUAAAUGCU GAAUGUUCAA GUGAAAGUUA UUAGCCAGUA GAGCUAGAUC AUACAGAAAA AGCAAAGAGA AGCUA UUGG GUAGCGCCCG AUAGUUCAGC CUCUUUGGGU AUGUGACUGA AUAACACUGU AAACAAAGGA AGCAGGAAGA AAAGCC UAA AUCUGUUGAU UUUUGAG

GENBANK: GENBANK: CP060804.1

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分子 #2: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 43 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 11 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.23 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225901
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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