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- EMDB-48374: Post-fusion HERV-K Envelope Protein in complex with Kenv-4 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48374
タイトルPost-fusion HERV-K Envelope Protein in complex with Kenv-4 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: HERV-K env post-fusion TM in complex with Kenv-4 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Kenv-4 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Kenv-4 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein
キーワードHuman endogenous retrovirus K / glycoprotein / HERV-K / envelope / post-fusion / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Retro-transcribing virus envelope glycoprotein / : / Retro-transcribing viruses envelope glycoprotein / Rec (regulator of expression encoded by corf) of HERV-K-113 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / structural molecule activity / plasma membrane / Endogenous retrovirus group K member 6 Env polyprotein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Sun C / Shek J / Hastie K / Saphire EO
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other private13502-01-000-408 米国
Other private18030-01-000-408 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Human endogenous retrovirus K (HERV-K) envelope structures in pre- and postfusion by cryo-EM.
著者: Jeremy Shek / Chen Sun / Elise M Wilson / Fatemeh Moadab / Kathryn M Hastie / Roshan R Rajamanickam / Patrick J Penalosa / Stephanie S Harkins / Diptiben Parekh / Chitra Hariharan / Dawid S ...著者: Jeremy Shek / Chen Sun / Elise M Wilson / Fatemeh Moadab / Kathryn M Hastie / Roshan R Rajamanickam / Patrick J Penalosa / Stephanie S Harkins / Diptiben Parekh / Chitra Hariharan / Dawid S Zyla / Cassandra Yu / Kelly C L Shaffer / Victoria I Lewis / Ruben Diaz Avalos / Tomas Mustelin / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Human endogenous retroviruses (HERVs) are remnants of ancient infections that comprise ~8% of the human genome. The HERV-K envelope glycoprotein (Env) is aberrantly expressed in cancers, autoimmune ...Human endogenous retroviruses (HERVs) are remnants of ancient infections that comprise ~8% of the human genome. The HERV-K envelope glycoprotein (Env) is aberrantly expressed in cancers, autoimmune disorders, and neurodegenerative diseases, and is targeted by patients' own antibodies. However, a lack of structural information has limited molecular and immunological studies of the roles of HERVs in disease. Here, we present cryo-electron microscopy structures of stabilized HERV-K Env in the prefusion conformation, revealing a distinct fold and architecture compared to HIV and simian immunodeficiency virus. We also generated and characterized a panel of monoclonal antibodies with subunit and conformational specificity, serving as valuable research tools. These antibodies enabled structure determination of the postfusion conformation of HERV-K Env, including its unique "tether" helix, and antibody-bound prefusion Env. Together, these results provide a structural framework that opens the door to mechanistic studies of HERV-K Env and tools for its evaluation as a potential therapeutic target.
履歴
登録2024年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48374.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48374.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 384 pix.
= 337.92 Å		0.88 Å/pix.
x 384 pix.
= 337.92 Å		0.88 Å/pix.
x 384 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.155
最小 - 最大-0.32115334 - 0.6093473
平均 (標準偏差)0.0003355365 (±0.009649638)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 337.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48374_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48374_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HERV-K env post-fusion TM in complex with Kenv-4 Fab

全体名称: HERV-K env post-fusion TM in complex with Kenv-4 Fab
要素
  • 複合体: HERV-K env post-fusion TM in complex with Kenv-4 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Kenv-4 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Kenv-4 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein

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超分子 #1: HERV-K env post-fusion TM in complex with Kenv-4 Fab

超分子名称: HERV-K env post-fusion TM in complex with Kenv-4 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.7 kDa/nm

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分子 #1: Kenv-4 Fab Heavy Chain

分子名称: Kenv-4 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.469547 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTVTGYSIT SDYAWNWIRQ FPGNELEWMG YISYSGSTSY NPSLKSRISI TRDTSKNQFF LQLNPVTTE DTATYYCARS VILGAWFAYW GQGTLVTVSA ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
DVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTVTGYSIT SDYAWNWIRQ FPGNELEWMG YISYSGSTSY NPSLKSRISI TRDTSKNQFF LQLNPVTTE DTATYYCARS VILGAWFAYW GQGTLVTVSA ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKRVE PKSCDKTHTC PPCPAPELLG GP SVFLFPP KPKDTLMISR TPEVTCVVVD VSHEDPEVKF NWYVDGVEVH NAKTKPREEQ YNSTYRVVSV LTVLHQDWLN GKE YKCKVS NKALPAPIEK TISKAKGQPR EPQVYTLPPS REEMTKNQVS LTCLVKGFYP SDIAVEWESN GQPENNYKTT PPVL DSDGS FFLYSKLTVD KSRWQQGNVF SCSVMHEALH NHYTQKSLSL SPGK

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分子 #2: Kenv-4 Fab Light Chain

分子名称: Kenv-4 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.270895 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIKMTQSPSL MSASPGEKVT MTCSASSSIT YMYWYQQKPR SSPKPWIYLT SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSNPLTFGA GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
DIKMTQSPSL MSASPGEKVT MTCSASSSIT YMYWYQQKPR SSPKPWIYLT SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSNPLTFGA GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #3: Transmembrane protein

分子名称: Transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.707578 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VNFVNDWQKN STRLWNSQSS IDQKLANQIN DLRQTVIWMG DRLMSLEHRF QLQCDWNTSD FCITPQIYNE SEHHWDMVRR HLQGREDNL TLDISKLKEQ IFEASKAHLN LVPGTEAIAG VADGLANLNP VTWVKT

UniProtKB: Endogenous retrovirus group K member 6 Env polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.68 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6) / 使用した粒子像数: 143318
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9mlk:
Post-fusion HERV-K Envelope Protein in complex with Kenv-4 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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