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- EMDB-48351: Pre-fusion HERV-K Envelope Protein Trimer Ectodomain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48351
タイトルPre-fusion HERV-K Envelope Protein Trimer Ectodomain in complex with Kenv-6 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Pre-fusion HERV-K Envelope glycoprotein in complex with Kenv-6 Fabs
    • 複合体: Pre-fusion Stabilized HERV-K Envelope Trimer
      • タンパク質・ペプチド: Surface protein
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein,Fibritin
    • 複合体: Kenv-6 Antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: Kenv-6 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Kenv-6 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHuman endogenous retrovirus K / glycoprotein / HERV-K / envelope / pre-fusion / Fab complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Retro-transcribing virus envelope glycoprotein / : / Retro-transcribing viruses envelope glycoprotein / Rec (regulator of expression encoded by corf) of HERV-K-113 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibritin / Endogenous retrovirus group K member 25 Env polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Shek J / Sun C / Hastie K / Saphire EO
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other private18030-01-000-408 米国
Other private13502-01-000-408 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human endogenous retrovirus HERV-K envelope glycoprotein structures in pre- and post-fusion conformations by cryo-EM
著者: Shek J / Sun C / Hastie K / Saphire EO
履歴
登録2024年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48351.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 448 pix.
= 422.401 Å		0.94 Å/pix.
x 448 pix.
= 422.401 Å		0.94 Å/pix.
x 448 pix.
= 422.401 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94286 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.3505268 - 0.8903439
平均 (標準偏差)-0.000019405625 (±0.014573656)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 422.40128 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened Map

ファイルemd_48351_additional_1.map
注釈Sharpened Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48351_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48351_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pre-fusion HERV-K Envelope glycoprotein in complex with Kenv-6 Fabs

全体名称: Pre-fusion HERV-K Envelope glycoprotein in complex with Kenv-6 Fabs
要素
  • 複合体: Pre-fusion HERV-K Envelope glycoprotein in complex with Kenv-6 Fabs
    • 複合体: Pre-fusion Stabilized HERV-K Envelope Trimer
      • タンパク質・ペプチド: Surface protein
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein,Fibritin
    • 複合体: Kenv-6 Antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: Kenv-6 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Kenv-6 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Pre-fusion HERV-K Envelope glycoprotein in complex with Kenv-6 Fabs

超分子名称: Pre-fusion HERV-K Envelope glycoprotein in complex with Kenv-6 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 500 KDa

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超分子 #2: Pre-fusion Stabilized HERV-K Envelope Trimer

超分子名称: Pre-fusion Stabilized HERV-K Envelope Trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Kenv-6 Antibody Fab

超分子名称: Kenv-6 Antibody Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleave of Kenv-6 IgG antibody
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Surface protein

分子名称: Surface protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Phoenix consensus sequence (Dewannieux, Marie, et al. 2006). Engineered V437C mutation
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.193434 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: AAANYTYWAY VPFPPLIRAV TWMDNPIEVY VNDSVWVPGP IDDRCPAKPE EEGMMINISI GYRYPPICLG RAPGCLMPAV QNWLVEVPT VSPISRFTYH MVSGMSLRPR VNYLQDFSYQ RSLKFRPKGK PCPKEIPKES KNTEVLVWEE CVANSAVILQ N NEFGTIID ...文字列:
AAANYTYWAY VPFPPLIRAV TWMDNPIEVY VNDSVWVPGP IDDRCPAKPE EEGMMINISI GYRYPPICLG RAPGCLMPAV QNWLVEVPT VSPISRFTYH MVSGMSLRPR VNYLQDFSYQ RSLKFRPKGK PCPKEIPKES KNTEVLVWEE CVANSAVILQ N NEFGTIID WAPRGQFYHN CSGQTQSCPS AQVSPAVDSD LTESLDKHKH KKLQSFYPWE WGEKGISTPR PKIISPVSGP EH PELWRLT VASHHIRIWS GNQTLETRDR KPFYTVDLNS SLTVPLQSCV KPPYMLVVGN IVIKPDSQTI TCENCRLLTC IDS TFNWQH RILLVRAREG VWIPCSMDRP WEASPSIHIL TEVLKGVLNR RRR

UniProtKB: Endogenous retrovirus group K member 25 Env polyprotein

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分子 #2: Transmembrane protein,Fibritin

分子名称: Transmembrane protein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Phoenix consensus sequence (Dewannieux, Marie, et al. 2006). Engineered V498C mutation. Fusion protein with enterokinase site, GGS linkers, and T4-fibritin foldon trimerization domain. C- ...詳細: Phoenix consensus sequence (Dewannieux, Marie, et al. 2006). Engineered V498C mutation. Fusion protein with enterokinase site, GGS linkers, and T4-fibritin foldon trimerization domain. C-terminal HRV-3C protease site and twin-strep II tag.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 27.4555 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: FIFTLIAVIM GLIAVTATAA VAGVALHSSV QSCNFVNDWQ KNSTRLWNSQ SSIDQKLANQ INDLRQTVIW MGDRLMSLEH RFQLQCDWN TSDFCITPQI YNESEHHWDM VRRHLQGRED NLTLDISKLK EQIFEASKAH LNLVPGTEAI AGVADGLANL N PVTWVKTD ...文字列:
FIFTLIAVIM GLIAVTATAA VAGVALHSSV QSCNFVNDWQ KNSTRLWNSQ SSIDQKLANQ INDLRQTVIW MGDRLMSLEH RFQLQCDWN TSDFCITPQI YNESEHHWDM VRRHLQGRED NLTLDISKLK EQIFEASKAH LNLVPGTEAI AGVADGLANL N PVTWVKTD DDDKAGGSGG SGGSGGGYIP EAPRDGQAYV RKDGEWVLLS TFLASGLEVL FQGPGAGWSH PQFEKGGGSG GG SGGGSWS HPQFEK

UniProtKB: Endogenous retrovirus group K member 25 Env polyprotein, Fibritin

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分子 #3: Kenv-6 Fab heavy chain

分子名称: Kenv-6 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Cleaved Fabs / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.437055 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QIQLVQSGPE LKKPGETVKI SCKASGYTFT IYGMNWLKQA PGKGLKWMGW INTYTGEPTY ADDFKGRFAF SLETSASTAY LQVNNLKNE DTATYFCAKY YDGYYGWYFD VWGAGTTLTV

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分子 #4: Kenv-6 Fab light chain

分子名称: Kenv-6 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.671895 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
IVLTQSPASL AVTLGQRATI SCRGSESVDS YGNSFMHWYQ QKPGQPPKLL IYRASNLESG IPARFSGSGS RTDFTLTINP VEADDVATY YCQQSYEDPY TFGGGTKL

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.179 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium Chloride

詳細: Filtered and degassed
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15947 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 479625
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 10
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9mla:
Pre-fusion HERV-K Envelope Protein Trimer Ectodomain in complex with Kenv-6 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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