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- EMDB-48331: Structure of the Respiratory Syncytial Virus Fusion Protein Bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48331
タイトルStructure of the Respiratory Syncytial Virus Fusion Protein Bound to Human Antibodies RSV_2245 and RSV_3301
マップデータDeepEMhancer sharpened map. Used for some refinement and model building
試料
  • 複合体: Complex of trimeric fusion protein bound 1:1 to 2245 Fab VH/VL and 3301 Fab VH/VL
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F2
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F1
    • タンパク質・ペプチド: 2245 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 2245 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: 3301 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 3301 Fab Light Chain
キーワードfusion protein / trimer / antibody / complex / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope ...symbiont-mediated induction of syncytium formation / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Johnson NV / McLellan JS
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Generation of antigen-specific paired heavy-light chain antibody sequences using large language models
著者: Wasdin PT / Johnson NV / Janke AK / Held S / Marinov TM / Jordaan G / Vandenabeele L / Pantouli F / Gillespie RA / Vukovich MJ / Holt CM / Kim JR / Hansman G / Logue J / Chu HY / Andrews SF / ...著者: Wasdin PT / Johnson NV / Janke AK / Held S / Marinov TM / Jordaan G / Vandenabeele L / Pantouli F / Gillespie RA / Vukovich MJ / Holt CM / Kim JR / Hansman G / Logue J / Chu HY / Andrews SF / Kanekiyo M / Sautto G / Ross T / Sheward DJ / McLellan JS / Abu-Shmais AA / Georgiev IS
履歴
登録2024年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48331.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer sharpened map. Used for some refinement and model building
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 358.272 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 358.272 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 358.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.933 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.0018145235 - 2.1063974
平均 (標準偏差)0.0011516755 (±0.023689535)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 358.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map. Used for some refinement and model building

ファイルemd_48331_additional_1.map
注釈Sharpened map. Used for some refinement and model building
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_48331_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_48331_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of trimeric fusion protein bound 1:1 to 2245 Fab VH/VL an...

全体名称: Complex of trimeric fusion protein bound 1:1 to 2245 Fab VH/VL and 3301 Fab VH/VL
要素
  • 複合体: Complex of trimeric fusion protein bound 1:1 to 2245 Fab VH/VL and 3301 Fab VH/VL
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F2
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F1
    • タンパク質・ペプチド: 2245 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 2245 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: 3301 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 3301 Fab Light Chain

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超分子 #1: Complex of trimeric fusion protein bound 1:1 to 2245 Fab VH/VL an...

超分子名称: Complex of trimeric fusion protein bound 1:1 to 2245 Fab VH/VL and 3301 Fab VH/VL
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F2

分子名称: Fusion glycoprotein F2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
分子量理論値: 7.913058 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
NITEEFYQST CSAVSKGYLS ALRTGWYTSV ITIELSNIKE IKCNGTDAKV KLIKQELDKY KNAVTELQLL

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Fusion glycoprotein F1

分子名称: Fusion glycoprotein F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
分子量理論値: 40.693469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FLGFLLGVGS AIASGVAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTSKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSIPN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS NNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP ...文字列:
FLGFLLGVGS AIASGVAVSK VLHLEGEVNK IKSALLSTNK AVVSLSNGVS VLTSKVLDLK NYIDKQLLPI VNKQSCSIPN IETVIEFQQ KNNRLLEITR EFSVNAGVTT PVSTYMLTNS ELLSLINDMP ITNDQKKLMS NNVQIVRQQS YSIMSIIKEE V LAYVVQLP LYGVIDTPCW KLHTSPLCTT NTKEGSNICL TRTDRGWYCD NAGSVSFFPQ AETCKVQSNR VFCDTMNSLT LP SEVNLCN VDIFNPKYDC KIMTSKTDVS SSVITSLGAI VSCYGKTKCT ASNKNRGIIK TFSNGCDYVS NKGVDTVSVG NTL YYVNKQ EGKSLYVKGE PIINFYDPLV FPSDEFDASI SQVNEKINQS LAFI

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #3: 2245 Fab Heavy Chain

分子名称: 2245 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.915721 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYSFS SFGVSWVRQA PGQGLEWLGW ISAYNGNTDY AQKVQGRLTM TTDTSTNTAY MELRNLRSD DTAVYYCARD PPASAAAMFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYSFS SFGVSWVRQA PGQGLEWLGW ISAYNGNTDY AQKVQGRLTM TTDTSTNTAY MELRNLRSD DTAVYYCARD PPASAAAMFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDK

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分子 #4: 2245 Fab Light Chain

分子名称: 2245 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.06575 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV YSDGDTYLSW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQGTHW PPAFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DVVMTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV YSDGDTYLSW FQQRPGQSPR RLIYKVSNRD SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQGTHW PPAFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #5: 3301 Fab Heavy Chain

分子名称: 3301 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.90092 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVESGPT LVKPTQTLTL TCSFSGFSLS TRGVGVGWVR QPPGKALECL GFTYWDGDEY YSPSLRNRVT ISKDTSKNQV VLTLTNMDP VDTATYFCVH SDLYDRGGYY LYYFDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
QVQLVESGPT LVKPTQTLTL TCSFSGFSLS TRGVGVGWVR QPPGKALECL GFTYWDGDEY YSPSLRNRVT ISKDTSKNQV VLTLTNMDP VDTATYFCVH SDLYDRGGYY LYYFDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDK

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分子 #6: 3301 Fab Light Chain

分子名称: 3301 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.46098 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIRVTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQTIA SYVNWYQQKP GRAPELLIYA ASILQSGVPS RFSGRGSGTD FTLTINGLQP EDFATYYCQ QSYSSPWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIRVTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQTIA SYVNWYQQKP GRAPELLIYA ASILQSGVPS RFSGRGSGTD FTLTINGLQP EDFATYYCQ QSYSSPWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold3
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 140634
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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