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- EMDB-48329: Structure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48329
タイトルStructure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome
マップデータEscherichia coli 70S ribosome bound to arbekacin-sharpened map
試料
  • 複合体: Escherichia coli 70S ribosome bound to tRNA-fMet, mRNA and arbekacin
    • 複合体: 70S ribosome
      • タンパク質・ペプチド: x 47種
      • RNA: x 3種
    • 複合体: mRNA
      • RNA: x 1種
    • 複合体: tRNA-fMet
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 1種
キーワードamino glycoside / arbekacin / Escherichia coli 70S / protein synthesis inhibitor / RIBOSOME / RIBOSOME-INHIBITOR / ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription antitermination / translational initiation / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL34 ...Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL21
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Majumdar S / Parajuli NP / Ge X / Emmerich A / Sanyal S
資金援助 スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2018-05498 スウェーデン
Swedish Research Council2016-06264 スウェーデン
Carl Trygger FoundationCTS:19806 スウェーデン
Carl Trygger FoundationCTS18:338 スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Structure-function comparison of Arbekacin with other aminoglycosides elucidates its higher potency as bacterial translation inhibitor.
著者: Soneya Majumdar / Narayan Prasad Parajuli / Xueliang Ge / Suparna Sanyal /
要旨: Aminoglycoside antibiotics are well-known inhibitors of bacterial protein synthesis, which act mainly by inhibiting ribosomal translocation and inducing miscoding errors. Arbekacin (ABK) is a ...Aminoglycoside antibiotics are well-known inhibitors of bacterial protein synthesis, which act mainly by inhibiting ribosomal translocation and inducing miscoding errors. Arbekacin (ABK) is a semisynthetic aminoglycoside that was developed by adding a 3-amino-2-hydroxybutyric (AHB) moiety to the 2-deoxystreptamine (2-DOS) ring of dibekacin for counteracting the problem of enzyme-mediated resistance of aminoglycosides. Here, we have systematically compared the inhibition efficacy of ABK with other aminoglycosides by in vivo MIC determination and in vitro fast-kinetics based translocation and termination assays complemented with a high-resolution cryo-EM structure. ABK presents significantly lower MIC value compared to its parent antibiotics kanamycin and dibekacin. Consistent with that, ABK inhibits translocation with lower inhibition constant and reside on the ribosome for significantly longer time than the classical aminoglycosides. Our 3.1 Å resolution cryo-EM structure of ABK-bound ribosome containing mRNA and initiator-tRNA, shows interactions of the unique AHB moiety of ABK with rRNA nucleobases, which likely provide additional stabilization of ABK at the canonical aminoglycoside binding pocket and contribute to its prolonged dwelling time. Our structural and functional analyses provide molecular basis for higher potency of ABK in bacterial translation inhibition and opens the possibility of rational design of new antibiotics.
履歴
登録2024年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48329.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Escherichia coli 70S ribosome bound to arbekacin-sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 500 pix.
= 425. Å		0.85 Å/pix.
x 500 pix.
= 425. Å		0.85 Å/pix.
x 500 pix.
= 425. Å

表面

投影像

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表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.036066853 - 0.105285086
平均 (標準偏差)0.0007759484 (±0.004534337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 425.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Escherichia coli 70S ribosome bound to arbekacin-refined unsharpened...

ファイルemd_48329_additional_1.map
注釈Escherichia coli 70S ribosome bound to arbekacin-refined unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Escherichia coli 70S ribosome bound to arbekacin-half map 1

ファイルemd_48329_half_map_1.map
注釈Escherichia coli 70S ribosome bound to arbekacin-half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Escherichia coli 70S ribosome bound to arbekacin-half map 2

ファイルemd_48329_half_map_2.map
注釈Escherichia coli 70S ribosome bound to arbekacin-half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli 70S ribosome bound to tRNA-fMet, mRNA and arbekacin

全体名称: Escherichia coli 70S ribosome bound to tRNA-fMet, mRNA and arbekacin
要素
  • 複合体: Escherichia coli 70S ribosome bound to tRNA-fMet, mRNA and arbekacin
    • 複合体: 70S ribosome
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
      • RNA: 16S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS6
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS16
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS18
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS20
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein bS21
      • RNA: 23S rRNA
      • RNA: 5S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL25
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • 複合体: mRNA
      • RNA: mRNA
    • 複合体: tRNA-fMet
      • RNA: tRNA-fMet
  • リガンド: Arbekacin

+
超分子 #1: Escherichia coli 70S ribosome bound to tRNA-fMet, mRNA and arbekacin

超分子名称: Escherichia coli 70S ribosome bound to tRNA-fMet, mRNA and arbekacin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5, #51, #6-#27, #52, #28-#50

+
超分子 #2: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #51, #6-#25, #52, #28-#50
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: mRNA

超分子名称: mRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #26
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / Synthetically produced: Yes

+
超分子 #4: tRNA-fMet

超分子名称: tRNA-fMet / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #27
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.388631 KDa
配列文字列:
MAKGIREKIK LVSSAGTGHF YTTTKNKRTK PEKLELKKFD PVVRQHVIYK EAKIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.313032 KDa
配列文字列:
MPKIKTVRGA AKRFKKTGKG GFKHKHANLR HILTKKATKR KRHLRPKAMV SKGDLGLVIA CLPYA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.887117 KDa
配列文字列:
MKKDIHPKYE EITASCSCGN VMKIRSTVGH DLNLDVCSKC HPFFTGKQRD VATGGRVDRF NKRFNIPGSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 26.78167 KDa
配列文字列: MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH ...文字列:
MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH EHIAIKEANN LGIPVFAIVD TNSDPDGVDF VIPGNDDAIR AVTLYLGAVA ATVREGRSQD LASQAEESFV EA E

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 26.031316 KDa
配列文字列: MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY ...文字列:
MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYNTSE AHTTYGVIGV KVWIFKGEIL GGMAAVEQPE KPAAQPKKQQ RKGRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 23.514199 KDa
配列文字列: MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP ...文字列:
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP TWLEVDAGKM EGTFKRKPER SDLSADINEH LIVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 17.629398 KDa
配列文字列:
MAHIEKQAGE LQEKLIAVNR VSKTVKGGRI FSFTALTVVG DGNGRVGFGY GKAREVPAAI QKAMEKARRN MINVALNNGT LQHPVKGVH TGSRVFMQPA SEGTGIIAGG AMRAVLEVAG VHNVLAKAYG STNPINVVRA TIDGLENMNS PEMVAAKRGK S VEEILGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein bS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.727512 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVKAKDER RERRDDFANE TADDAEAGDS EEEEEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.055156 KDa
配列文字列:
MPRRRVIGQR KILPDPKFGS ELLAKFVNIL MVDGKKSTAE SIVYSALETL AQRSGKSELE AFEVALENVR PTVEVKSRRV GGSTYQVPV EVRPVRRNAL AMRWIVEAAR KRGDKSMALR LANELSDAAE NKGTAVKKRE DVHRMAEANK AFAHYRWLSL R SFSHQAGA SSKQPALGYL N

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.146557 KDa
配列文字列:
MSMQDPIADM LTRIRNGQAA NKAAVTMPSS KLKVAIANVL KEEGFIEDFK VEGDTKPELE LTLKYFQGKA VVESIQRVSR PGLRIYKRK DELPKVMAGL GIAVVSTSKG VMTDRAARQA GLGGEIICYV A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #13: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.88627 KDa
配列文字列:
MAENQYYGTG RRKSSAARVF IKPGNGKIVI NQRSLEQYFG RETARMVVRQ PLELVDMVEK LDLYITVKGG GISGQAGAIR HGITRALME YDESLRSELR KAGFVTRDAR QVERKKVGLR KARRRPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.755597 KDa
配列文字列:
MQNQRIRIRL KAFDHRLIDQ ATAEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKD ARDQYEIRTH LRLVDIVEPT EKTVDALMR LDLAAGVDVQ ISLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.870975 KDa
配列文字列:
MAKAPIRARK RVRKQVSDGV AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALGWATAGGS GFRGSRKSTP FAAQVAAERC ADAVKEYGIK NLEVMVKGP GPGRESTIRA LNAAGFRITN ITDVTPIPHN GCRPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.768157 KDa
配列文字列:
MATVNQLVRK PRARKVAKSN VPALEACPQK RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVCRVRLTNG FEVTSYIGGE GHNLQEHSVI LIRGGRVKD LPGVRYHTVR GALDCSGVKD RKQARSKYGV KRPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.128467 KDa
配列文字列:
MARIAGINIP DHKHAVIALT SIYGVGKTRS KAILAAAGIA EDVKISELSE GQIDTLRDEV AKFVVEGDLR REISMSIKRL MDLGCYRGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPRKPIKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #18: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.60656 KDa
配列文字列:
MAKQSMKARE VKRVALADKY FAKRAELKAI ISDVNASDED RWNAVLKLQT LPRDSSPSRQ RNRCRQTGRP HGFLRKFGLS RIKVREAAM RGEIPGLKKA SW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.290816 KDa
配列文字列:
MSLSTEATAK IVSEFGRDAN DTGSTEVQVA LLTAQINHLQ GHFAEHKKDH HSRRGLLRMV SQRRKLLDYL KRKDVARYTQ LIERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #20: Small ribosomal subunit protein bS16

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #21: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.724491 KDa
配列文字列:
MTDKIRTLQG RVVSDKMEKS IVVAIERFVK HPIYGKFIKR TTKLHVHDEN NECGIGDVVE IRECRPLSKT KSWTLVRVVE KAVL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #22: Small ribosomal subunit protein bS18

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.005472 KDa
配列文字列:
MARYFRRRKF CRFTAEGVQE IDYKDIATLK NYITESGKIV PSRITGTRAK YQRQLARAIK RARYLSLLPY TDRHQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #23: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.455355 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF IDLHLLKKVE KAVESGDKKP LRTWSRRSTI FPNMIGLTIA VHNGRQHVPV FVTDEMVGHK LGEFAPTRTY RGHAADKKA KKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #24: Small ribosomal subunit protein bS20

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.708464 KDa
配列文字列:
MANIKSAKKR AIQSEKARKH NASRRSMMRT FIKKVYAAIE AGDKAAAQKA FNEMQPIVDR QAAKGLIHKN KAARHKANLT AQINKLA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #25: Small ribosomal subunit protein bS21

分子名称: Small ribosomal subunit protein bS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.524039 KDa
配列文字列:
MPVIKVRENE PFDVALRRFK RSCEKAGVLA EVRRREFYEK PTTERKRAKA SAVKRHAKKL ARENARRTRL Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 29.923619 KDa
配列文字列: MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD ...文字列:
MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD GAYVTLRLRS GEMRKVEADC RATLGEVGNA EHMLRVLGKA GAARWRGVRP TVRGTAMNPV DHPHGGGEGR NF GKHPVTP WGVQTKGKKT RSNKRTDKFI VRRRSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.277535 KDa
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MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #31: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #32: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.333611 KDa
配列文字列:
MAKLHDYYKD EVVKKLMTEF NYNSVMQVPR VEKITLNMGV GEAIADKKLL DNAAADLAAI SGQKPLITKA RKSVAGFKIR QGYPIGCKV TLRGERMWEF FERLITIAVP RIRDFRGLSA KSFDGRGNYS MGVREQIIFP EIDYDKVDRV RGLDITITTT A KSDEEGRA LLAAFDFPFR K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #33: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 18.932791 KDa
配列文字列:
MSRVAKAPVV VPAGVDVKIN GQVITIKGKN GELTRTLNDA VEVKHADNTL TFGPRDGYAD GWAQAGTARA LLNSMVIGVT EGFTKKLQL VGVGYRAAVK GNVINLSLGF SHPVDHQLPA GITAECPTQT EIVLKGADKQ VIGQVAADLR AYRRPEPYKG K GVRYADEV VRTKEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #34: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #35: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #36: Large ribosomal subunit protein uL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.312269 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV RMGKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #38: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.393657 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS EKAEAAAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #39: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.794668 KDa
配列文字列:
MDKKSARIRR ATRARRKLQE LGATRLVVHR TPRHIYAQVI APNGSEVLVA ASTVEKAIAE QLKYTGNKDA AAAVGKAVAE RALEKGIKD VSFDRSGFQY HGRVQALADA AREAGLQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #40: Large ribosomal subunit protein bL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.159278 KDa
配列文字列:
MSNIIKQLEQ EQMKQDVPSF RPGDTVEVKV WVVEGSKKRL QAFEGVVIAI RNRGLHSAFT VRKISNGEGV ERVFQTHSPV VDSISVKRR GAVRKAKLYY LRERTGKAAR IKERLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.528024 KDa
配列文字列:
MARVKRGVIA RARHKKILKQ AKGYYGARSR VYRVAFQAVI KAGQYAYRDR RQRKRQFRQL WIARINAAAR QNGISYSKFI NGLKKASVE IDRKILADIA VFDKVAFTAL VEKAKAALA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #42: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.22216 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNLDFVGGA E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.33925 KDa
配列文字列:
MAAKIRRDDE VIVLTGKDKG KRGKVKNVLS SGKVIVEGIN LVKKHQKPVP ALNQPGGIVE KEAAIQVSNV AIFNAATGKA DRVGFRFED GKKVRFFKSN SETIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #45: Large ribosomal subunit protein bL25

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #46: Large ribosomal subunit protein bL27

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.14654 KDa
配列文字列:
MAHKKAGGST RNGRDSEAKR LGVKRFGGES VLAGSIIVRQ RGTKFHAGAN VGCGRDHTLF AKADGKVKFE VKGPKNRKFI SIEAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.027551 KDa
配列文字列:
MSRVCQVTGK RPVTGNNRSH ALNATKRRFL PNLHSHRFWV ESEKRFVTLR VSAKGMRVID KKGIDTVLAE LRARGEKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #48: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.286464 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK AGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.55482 KDa
配列文字列:
MAKTIKITQT RSAIGRLPKH KATLLGLGLR RIGHTVERED TPAIRGMINA VSFMVKVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.463445 KDa
配列文字列:
MAVQQNKPTR SKRGMRRSHD ALTAVTSLSV DKTSGEKHLR HHITADGYYR GRKVIAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #26: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 26 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.099502 KDa
配列文字列:
GUAUAAGGAG GUAAAAAUGG UAUAACUA

+
分子 #27: tRNA-fMet

分子名称: tRNA-fMet / タイプ: rna / ID: 27 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.497602 KDa
配列文字列:
GCGGGGUGGA GCAGCCUGGU AGCUCGUCGG GCUCAUAACC CGAAGGUCGU CGGUUCAAAU CCGGCCCCCG CAACCA

GENBANK: GENBANK: CP043406.1

+
分子 #28: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 28 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 38.79009 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA U

GENBANK: GENBANK: CP024273.1

+
分子 #51: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 51 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 499.690031 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG CUAAUACCGC AUAACGUCGC AAGACCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU UGCCAUCGGA UGUGCCCAGA UG GGAUUAG CUAGUAGGUG GGGUAACGGC UCACCUAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAC CAGCCACACU GGA ACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCC AUGC CGCGU GUAUGAAGAA GGCCUUCGGG UUGUAAAGUA CUUUCAGCGG GGAGGAAGGG AGUAAAGUUA AUACCUUUGC UCAUU GACG UUACCCGCAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU ACGGAGGGUG CAAGCGUUAA UCGGAA UUA CUGGGCGUAA AGCGCACGCA GGCGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAUCCC CGGGCUCAAC CUGGGAACUG CAUCUGA UA CUGGCAAGCU UGAGUCUCGU AGAGGGGGGU AGAAUUCCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUGGA GGAAUACC G GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG AUACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UAAGUCGACC GCCUGGGGA GUACGGCCGC AAGGUUAAAA CUCAAAUGAA UUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA UGUGGUUUAA U UCGAUGCA ACGCGAAGAA CCUUACCUGG UCUUGACAUC CACGGAAGUU UUCAGAGAUG AGAAUGUGCC UUCGGGAACC GU GAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACGAGC GCAACCCUUA UCC UUUGUU GCCAGCGGUC CGGCCGGGAA CUCAAAGGAG ACUGCCAGUG AUAAACUGGA GGAAGGUGGG GAUGACGUCA AGUC AUCAU GGCCCUUACG ACCAGGGCUA CACACGUGCU ACAAUGGCGC AUACAAAGAG AAGCGACCUC GCGAGAGCAA GCGGA CCUC AUAAAGUGCG UCGUAGUCCG GAUUGGAGUC UGCAACUCGA CUCCAUGAAG UCGGAAUCGC UAGUAAUCGU GGAUCA GAA UGCCACGGUG AAUACGUUCC CGGGCCUUGU ACACACCGCC CGUCACACCA UGGGAGUGGG UUGCAAAAGA AGUAGGU AG CUUAACCUUC GGGAGGGCGC UUACCACUUU GUGAUUCAUG ACUGGGGUGA AGUCGUAACA AGGUAACCGU AGGGGAAC C UGCGGUUGGA UCACCUCCUU A

GENBANK: GENBANK: CP043227.1

+
分子 #52: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 52 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 941.612375 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAUGUUGAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCAAUC AAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACUGU UUCGGCAAGG GGGUCAUCC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACACG GCGGGUGCUA A CGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUGGGAA ACGAUGUGGG AA GGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCACUGG UCGAGUCGGC CUG CGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUUGG GUAGGGGAGC GUUC UGUAA GCCUGCGAAG GUGUGCUGUG AGGCAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUAA GUAACGAUAA AGCGG GUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUAA GGCGAG GCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG GGGACGGAGA AGGCUAU GU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AAAUCAAGGC UGAGGCGU G AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAUCAGGUAA CAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACACAGG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAAC UAGGCAAAAU GGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGUCCCU CGCGGAUGGA GCUGAAAUCA GUCGAAGAUA C CAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AUACGGUGUG ACGCCUGCCC GG UGCCGGA AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCGG UAAACGGCGG CCGUAACUAU AAC GGUCCU AAGGUAGCGA AAUUCCUUGU CGGGUAAGUU CCGACCUGCA CGAAUGGCGU AAUGAUGGCC AGGCUGUCUC CACC CGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUGAAGAUG CAGUGUACCC GCGGCAAGAC GGAAAGACCC CGUGAACCUU UACUA UAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGAUGUGUA GGAUAGGUGG GAGGCUUUGA AGUGUGGACG CCAGUCUGCA UGGAGC CGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUUUGAUG UUCUAACGUU GACCCGUAAU CCGGGUUGCG GACAGUGUCU GGUGGGU AG UUUGACUGGG GCGGUCUCCU CCUAAAGAGU AACGGAGGAG CACGAAGGUU GGCUAAUCCU GGUCGGACAU CAGGAGGU U AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUUGACUGCG AGCGUGACGG CGCGAGCAGG UGCGAAAGCA GGUCAUAGUG AUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUCAACGGA UAAAAGGUAC UCCGGGGAUA ACAGGCUGAU ACCGCCCAAG AGUUCAUAUC GACGGCGGU GUUUGGCACC UCGAUGUCGG CUCAUCACAU CCUGGGGCUG AAGUAGGUCC CAAGGGUAUG GCUGUUCGCC A UUUAAAGU GGUACGCGAG CUGGGUUUAG AACGUCGUGA GACAGUUCGG UCCCUAUCUG CCGUGGGCGC UGGAGAACUG AG GGGGGCU GCUCCUAGUA CGAGAGGACC GGAGUGGACG CAUCACUGGU GUUCGGGUUG UCAUGCCAAU GGCACUGCCC GGU AGCUAA AUGCGGAAGA GAUAAGUGCU GAAAGCAUCU AAGCACGAAA CUUGCCCCGA GAUGAGUUCU CCCUGACCCU UUAA GGGUC CUGAAGGAAC GUUGAAGACG ACGACGUUGA UAGGCCGGGU GUGUAAGCGC AGCGAUGCGU UGAGCUAACC GGUAC UAAU GAACCGUGAG GCUUAACCUU

GENBANK: GENBANK: LM993812.1

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分子 #53: Arbekacin

分子名称: Arbekacin / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 2 / 式: 84G
分子量理論値: 552.619 Da
Chemical component information

ChemComp-84G:
Arbekacin / アルベカシン / 抗生剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.37 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7k00

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 46282
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7k00


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9mkk:
Structure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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