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- EMDB-48315: Dodecameric complex of Aedes aegypti RuvBLs1/2 - C1 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48315
タイトルDodecameric complex of Aedes aegypti RuvBLs1/2 - C1 symmetry
マップデータ
試料
  • 複合体: Dodecameric complex of Aedes aegypti RuvBLs1/2
    • タンパク質・ペプチド: AaRuvBL1
    • タンパク質・ペプチド: AaRuvBL2
キーワードComplex / ATPase / CHAPERONE
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å
データ登録者Quel NG / Antonio LM / Ramos CHI / Rosa LT
資金援助 ブラジル, 2件
OrganizationGrant number国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2022/08855-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/26131-5 ブラジル
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2025
タイトル: Aedes aegypti encodes an ATPase-active RUVBL1/2 complex.
著者: Natália G Quel / Leonardo T Rosa / Larissa M Antonio / Glaucia M S Pinheiro / Leandro R S Barbosa / Walid A Houry / Carlos H I Ramos /
要旨: RUVBL1 and RUVBL2 proteins assemble into a heterohexameric ring and are essential for DNA repair in prokaryotes and chromatin homeostasis in eukaryotes. These proteins function as potential ...RUVBL1 and RUVBL2 proteins assemble into a heterohexameric ring and are essential for DNA repair in prokaryotes and chromatin homeostasis in eukaryotes. These proteins function as potential chaperones and ATPases. While most studies on eukaryotic RUVBL1/2 proteins have focused on human and yeast orthologs, they have revealed notable differences in conformational dynamics, protein interactions, and ATPase activity between these species. By investigating orthologs in other eukaryotic organisms, conserved features of RUVBL1/2 structure and function can be determined. In this study, we analyzed the genome of Aedes aegypti, a dipteran insect and a vector of Dengue, Zika, and Chikungunya viruses, to identify putative RUVBL1/2 family members. We identified protein sequences corresponding to RUVBL1 and RUVBL2, here named as AaRUVBL1 and AaRUVBL2. Purified recombinant AaRUVBL1/2 was properly folded and formed a hetero-dodecamer in solution. The complex exhibited enzymatic ATPase activity, confirming that these proteins are bona fide AAA+ ATPases. However, mutational analysis revealed that ATPase activity requires both AaRUVBL1 and AaRUVBL2, in contrast to the human ortholog, where RUVBL1 and RUVBL2 alone are active ATPases. To characterize the structure of the AaRUVBL1/2 complex, we combined SAXS and Cryo-EM techniques. Our findings indicate that the complex adopts a dodecameric barrel-shaped complex with a maximum dimension of ∼16 nm. Single particle CryoEM analysis revealed a high degree of conformational heterogeneity, both between hexamer rings linked via the DII domains and among each hexameric ring. Overall, these findings contribute to a broader understanding of RUVBL1/2 proteins, particularly as this represents only the second structurally and functionally characterized RUVBL complex within the Animalia filum.
履歴
登録2024年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48315.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48315.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 320 pix.
= 281.6 Å		0.88 Å/pix.
x 320 pix.
= 281.6 Å		0.88 Å/pix.
x 320 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038
最小 - 最大-0.017160267 - 0.11133877
平均 (標準偏差)0.0011347838 (±0.008662238)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48315_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48315_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48315_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dodecameric complex of Aedes aegypti RuvBLs1/2

全体名称: Dodecameric complex of Aedes aegypti RuvBLs1/2
要素
  • 複合体: Dodecameric complex of Aedes aegypti RuvBLs1/2
    • タンパク質・ペプチド: AaRuvBL1
    • タンパク質・ペプチド: AaRuvBL2

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超分子 #1: Dodecameric complex of Aedes aegypti RuvBLs1/2

超分子名称: Dodecameric complex of Aedes aegypti RuvBLs1/2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Double hexameric ring of alternated RuvBL1 and RuvBL2
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
分子量理論値: 580 KDa

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分子 #1: AaRuvBL1

分子名称: AaRuvBL1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPDYDIPT TENLYFQGMK IEEVKSTVKT QRIAAHSHVK GLGLDENGVP LQMAAGLVG QKDAREAAGI VVDLIKSKKM SGRALLLAGP PGTGKTAIAL AIAQELGNKV P FCPMVGSE VFSSEIKKTE VLMENFRRSI GLRIRETKEV YEGEVTELTP ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPDYDIPT TENLYFQGMK IEEVKSTVKT QRIAAHSHVK GLGLDENGVP LQMAAGLVG QKDAREAAGI VVDLIKSKKM SGRALLLAGP PGTGKTAIAL AIAQELGNKV P FCPMVGSE VFSSEIKKTE VLMENFRRSI GLRIRETKEV YEGEVTELTP VETENPMGGY GK TISNVVI GLKTAKGTKQ LKLDPSIYES LQKEKVEVGD VIYIEANSGA VKRQGRSDTF ATE FDLETE EYVPLPKGDV HKKKEVVQDV TLHDLDVANA RPQGGQDVLS MVGQIMKPKK TEIT DKLRM EINKVVNKYI DQGIAELVPG VLFIDEVHML DLECFTYLHK SLESAIAPIV IFATN RGRC VIRGTDDIIS PHGIPLDLLD RLLIVRTAPY NLSEIEQIIK LRAQTEGLSV EDSAIQ ALS EIGDNTTLRY AVQLLTPAHQ NCKVNGRTQI TKDDIVEVNG LFLDAKRSAK FLQEENT KY MM

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分子 #2: AaRuvBL2

分子名称: AaRuvBL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAELDKIEVR DITRIERIGA HSHIRGLGLD DVLEARAVSQ GMVGQKDARR AAGLVVQIVR EGKIAGRCIL LAGEPSTGK TAIAVGMAQA LGNETPFTSM SGSEIYSLEM NKTEALSQAL RKSIGVRIKE ETEIIEGEVV E IQIDRPAS GTGQKVGKVT IKTTDMETNY ...文字列:
MAELDKIEVR DITRIERIGA HSHIRGLGLD DVLEARAVSQ GMVGQKDARR AAGLVVQIVR EGKIAGRCIL LAGEPSTGK TAIAVGMAQA LGNETPFTSM SGSEIYSLEM NKTEALSQAL RKSIGVRIKE ETEIIEGEVV E IQIDRPAS GTGQKVGKVT IKTTDMETNY DLGNKIIECF MKEKIQAGDV ITIDKASGKV SKLGRSFTRA RD YDATGAQ TRFVQCPEGE LQKRKEVVHT VTLHEIDVIN SRTHGFLALF AGDTGEIKQE VRDQINSKVM EWR EEGKAE INPGVLFIDE AHMLDIECFS FLNRALESDM APVVIMATNR GITKIRGTNY RSPHGIPIDL LDRM IIIRT VPYSAKEIKE ILKIRCEEED CQINNEALMV LGRIATETSL RYAIQSITTA SLVSKRRKAA EITVE DIRK VYSLFLDEKR SSKIMKEYQD EYLFYDDSLS QAEQAMEVET N

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMTris-HClTris-HCl
200.0 mMNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Double hexameric ring of alternated RuvBL1 and RuvBL2

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Spherical Aberration Constant (Cs) = 0.0001
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 4 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 66892
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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