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万見
- EMDB-48309: LASV spike complex bound to ARN-75039 at pH 6.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48309
タイトルLASV spike complex bound to ARN-75039 at pH 6.0
マップデータUnfiltered map
試料
  • 複合体: Spike complex of Lassa virus bound to ARN-75039 at pH 6.0
    • タンパク質・ペプチド: Spike complex from Lassa virus
キーワードSpike complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus Josiah (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Katz M / Diskin R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The pH-induced Conformational Changes and Inhibition Mechanism of the Lassa Virus Spike Complex
著者: Cohen-Dvashi H / Katz M / Diskin R
履歴
登録2024年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48309.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unfiltered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.995 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.995 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.995 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8242 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.17429271 - 0.37076864
平均 (標準偏差)-0.0000040168866 (±0.014515813)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 210.9952 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhanced map

ファイルemd_48309_additional_1.map
注釈DeepEMhanced map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_48309_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_48309_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Spike complex of Lassa virus bound to ARN-75039 at pH 6.0

全体名称: Spike complex of Lassa virus bound to ARN-75039 at pH 6.0
要素
  • 複合体: Spike complex of Lassa virus bound to ARN-75039 at pH 6.0
    • タンパク質・ペプチド: Spike complex from Lassa virus

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超分子 #1: Spike complex of Lassa virus bound to ARN-75039 at pH 6.0

超分子名称: Spike complex of Lassa virus bound to ARN-75039 at pH 6.0
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)

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分子 #1: Spike complex from Lassa virus

分子名称: Spike complex from Lassa virus / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQ TLELNMETLN MTMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN L SDAHKKNL YDHALMSIIS TFHLSIPNFN QYEAMSCDFN GGKISVQYNL ...文字列:
MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQ TLELNMETLN MTMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN L SDAHKKNL YDHALMSIIS TFHLSIPNFN QYEAMSCDFN GGKISVQYNL SHSYAGDAAN HC GTVANGV LQTFMRMAWG GSYIALDSGR GNWDCIMTSY QYLIIQNTTW EDHCQFSRPS PIG YLGLLS QRTRDIYISR RLLGTFTWTL SDSEGKDTPG GYCLTRWMLI EAELKCFGNT AVAK CNEKH DEEFCDMLRL FDFNKQAIQR LKAEAQMSIQ LINKAVNALI NDQLIMKNHL RDIMG IPYC NYSKYWYLNH TTTGRTSLPK CWLVSNGSYL NETHFSDDIE QQADNMITEM LQKEYM ERQ GKTPLGLVDL FVFSTSFYLI SIFLHLVKIP THRHIVGKSC PKPHRLNHMG ICSCGLY KQ PGVPVKWKRG GGSDYKDDDD K

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: stochastic gradient descent
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 64316
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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