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- EMDB-48307: Flag-tag Lassa virus spike complex at pH 6.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48307
タイトルFlag-tag Lassa virus spike complex at pH 6.0
マップデータUnfiltered map
試料
  • 複合体: Spike complex of Lassa virus bound by 12.1F and ARN-75039
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: water
キーワードSpike complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus Josiah (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Katz M / Cohen-Dvashi H / Diskin R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2025
タイトル: pH-induced conformational changes and inhibition of the Lassa virus spike complex.
著者: Michael Katz / Hadas Cohen-Dvashi / Sarah Borni / John Ruedas / Greg Henkel / Ken McCormack / Ron Diskin /
要旨: Lassa virus (LASV) is a devastating human pathogen with no vaccines and limited therapeutics. The LASV class-I spike complex engages target cells via binding its primary host receptor, matriglycan, ...Lassa virus (LASV) is a devastating human pathogen with no vaccines and limited therapeutics. The LASV class-I spike complex engages target cells via binding its primary host receptor, matriglycan, followed by macropinocytosis and binding of its secondary receptor, lysosomal-associated membrane protein 1 (LAMP1), to trigger virus fusion. This process occurs across multiple pH-dependent steps, but the molecular events remain largely unknown. Through high-resolution structures, we study the pH-induced conformational changes of the spike preceding membrane fusion. We reveal pH-sensitive metal coordination sites that control the integrity of the spike's native state, elucidate a reorganization of the spike's transmembrane region, and provide a mechanism for dissociation from its primary receptor. Using the entry inhibitor ARN-75039, we validate our findings and establish the molecular basis for the binding and function of this investigational drug. These data define the molecular basis for the cell entry of LASV and will promote efforts in combating this virus and potentially related viral pathogens.
履歴
登録2024年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unfiltered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.728 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.728 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 265.728 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.038 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.2713358 - 0.65955186
平均 (標準偏差)-0.00015883343 (±0.016632266)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 265.728 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local-resolution filtered map

ファイルemd_48307_additional_1.map
注釈Local-resolution filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_48307_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_48307_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Spike complex of Lassa virus bound by 12.1F and ARN-75039

全体名称: Spike complex of Lassa virus bound by 12.1F and ARN-75039
要素
  • 複合体: Spike complex of Lassa virus bound by 12.1F and ARN-75039
    • タンパク質・ペプチド: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: water

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超分子 #1: Spike complex of Lassa virus bound by 12.1F and ARN-75039

超分子名称: Spike complex of Lassa virus bound by 12.1F and ARN-75039
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)

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分子 #1: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

分子名称: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)
分子量理論値: 22.793809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TSLYKGVYEL QTLELNMETL NMTMPLSCTK NNSHHYIMVG NETGLELTLT NTSIINHKFC NLSDAHKKNL YDHALMSIIS TFHLSIPNF NQYEAMSCDF NGGKISVQYN LSHSYAGDAA NHCGTVANGV LQTFMRMAWG GSYIALDSGR GNWDCIMTSY Q YLIIQNTT ...文字列:
TSLYKGVYEL QTLELNMETL NMTMPLSCTK NNSHHYIMVG NETGLELTLT NTSIINHKFC NLSDAHKKNL YDHALMSIIS TFHLSIPNF NQYEAMSCDF NGGKISVQYN LSHSYAGDAA NHCGTVANGV LQTFMRMAWG GSYIALDSGR GNWDCIMTSY Q YLIIQNTT WEDHCQFSRP SPIGYLGLLS QRTRDIYISR RLL

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #2: Glycoprotein G2

分子名称: Glycoprotein G2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)
分子量理論値: 26.828064 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GTFTWTLSDS EGKDTPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIQRLKAE AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MGIPYCNYSK YWYLNHTTTG RTSLPKCWLV SNGSYLNETH FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y MERQGKTP ...文字列:
GTFTWTLSDS EGKDTPGGYC LTRWMLIEAE LKCFGNTAVA KCNEKHDEEF CDMLRLFDFN KQAIQRLKAE AQMSIQLINK AVNALINDQ LIMKNHLRDI MGIPYCNYSK YWYLNHTTTG RTSLPKCWLV SNGSYLNETH FSDDIEQQAD NMITEMLQKE Y MERQGKTP LGLVDLFVFS TSFYLISIFL HLVKIPTHRH IVGKSCPKPH RLNHMGICSC GLYKQPGVPV KWKR

UniProtKB: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #9: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: UNX
分子量理論値: 39.098 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

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分子 #10: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: stochastic gradient descent
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 49874
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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