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- EMDB-48265: Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48265
タイトルDunaliella salina PSI-LHCI supercomplex
マップデータGlobal EM map
試料
  • 複合体: Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 18種
キーワードiron homeostasis / membrane protein / photosystem I / Dunaliella / green alga / PSI-LHCI supercomplex / TIDI / thylakoid iron-deficiency induced protein / photosynthetic apparatus / photosynthesis / eukaryotes
生物種Dunaliella salina (しおひげむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu HW / Khera R / Iwai M / Merchant SS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0020627 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: A distinct LHCI arrangement is recruited to photosystem I in Fe-starved green algae.
著者: Helen W Liu / Radhika Khera / Patricia Grob / Sean D Gallaher / Samuel O Purvine / Carrie D Nicora / Mary S Lipton / Krishna K Niyogi / Eva Nogales / Masakazu Iwai / Sabeeha S Merchant /
要旨: Iron (Fe) availability limits photosynthesis at a global scale where Fe-rich photosystem (PS) I abundance is drastically reduced in Fe-poor environments. We used single-particle cryoelectron ...Iron (Fe) availability limits photosynthesis at a global scale where Fe-rich photosystem (PS) I abundance is drastically reduced in Fe-poor environments. We used single-particle cryoelectron microscopy to reveal a unique Fe starvation-dependent arrangement of light-harvesting chlorophyll (LHC) proteins where Fe starvation-induced TIDI1 is found in an additional tetramer of LHC proteins associated with PSI in and . These cosmopolitan green algae are resilient to poor Fe nutrition. TIDI1 is a distinct LHC protein that co-occurs in diverse algae with flavodoxin (an Fe-independent replacement for the Fe-containing ferredoxin). The antenna expansion in eukaryotic algae we describe here is reminiscent of the iron-starvation induced (encoding) antenna ring in cyanobacteria, which typically co-occurs with , encoding flavodoxin. Our work showcases the convergent strategies that evolved after the Great Oxidation Event to maintain PSI capacity.
履歴
登録2024年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48265.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48265.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Global EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 480 pix.
= 504. Å		1.05 Å/pix.
x 480 pix.
= 504. Å		1.05 Å/pix.
x 480 pix.
= 504. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0165
最小 - 最大-0.021907313 - 0.0813923
平均 (標準偏差)0.00014108699 (±0.0013944426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 503.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48265_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_48265_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_48265_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex

全体名称: Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex
要素
  • 複合体: Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: LHCA2
    • タンパク質・ペプチド: LHCA3
    • タンパク質・ペプチド: LHCA7
    • タンパク質・ペプチド: LHCA8
    • タンパク質・ペプチド: LHCA9
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: PSAD1
    • タンパク質・ペプチド: PSAE1
    • タンパク質・ペプチド: PSAF1
    • タンパク質・ペプチド: PSAG1
    • タンパク質・ペプチド: PSAH1
    • タンパク質・ペプチド: PSAI1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: PSAK1
    • タンパク質・ペプチド: PSAL1
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: octadecanal
  • リガンド: Tripalmitoylglycerol

+
超分子 #1: Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex

超分子名称: Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)

+
分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 24.682316 KDa
配列文字列: MQVMQKTLGA SPVHKQAVNR SVVRPCVRVH ATRAGNFAPG SEPKDYLEGL PGNYNFDPLE LGKEKGTLQR YREAELIHCR WAMLGAAGC LAVEVLGLGN WYDAPLWAVT GDKPTWFGIE VPFDIATILG VEVVAMAVAE GLRNENQDME KRLYPGGAFD P LGFSKDPK ...文字列:
MQVMQKTLGA SPVHKQAVNR SVVRPCVRVH ATRAGNFAPG SEPKDYLEGL PGNYNFDPLE LGKEKGTLQR YREAELIHCR WAMLGAAGC LAVEVLGLGN WYDAPLWAVT GDKPTWFGIE VPFDIATILG VEVVAMAVAE GLRNENQDME KRLYPGGAFD P LGFSKDPK SFEDKKLKEL KNGRLAMVAC LGFAGQHAAT GKPILAALGD HLSSPFFNNF ATNGVSVPGL

+
分子 #2: LHCA2

分子名称: LHCA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 28.730088 KDa
配列文字列: MSALLMNKGI AGASSCALKA GTRSVGRITP APARRNVAAQ AGREMWYPGA TPPPHLDGSM LGDYGFDPLR LGTNPDRLKW FREAELMNG RWAMAAVVGI LFTDLVGLPK WWEAGAQTYP IDNQTLLIIE IAVFSFLESK RYEGYKKTGG TGFAFFFPFD P MGMRSQDK ...文字列:
MSALLMNKGI AGASSCALKA GTRSVGRITP APARRNVAAQ AGREMWYPGA TPPPHLDGSM LGDYGFDPLR LGTNPDRLKW FREAELMNG RWAMAAVVGI LFTDLVGLPK WWEAGAQTYP IDNQTLLIIE IAVFSFLESK RYEGYKKTGG TGFAFFFPFD P MGMRSQDK ELKELKNGRL AMLAFLGFAS TAAVNGQGPI ESLQTHLADP AHNNIFTSSV GKESCVFVAV LSILPMLIEA NK ALGKGQE SVPLFPWNEE WEKVAK

+
分子 #3: LHCA3

分子名称: LHCA3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 33.94773 KDa
配列文字列: MASLFSKQAA LQGLTAPKSL SRRQVVVRAE GEQQPPPAAP KVAPKAAAPE AKAAAPAAEA KAAPKAAPKA APKAAPKEQT SVAKIDRSK DFLYVGSDAA ALKYLDGTLP GDYGFDPLGL LDPSVSGGKG EGGFVNPRWL QYSEVIHARW AMLGAAGCIA P EILGKAGV ...文字列:
MASLFSKQAA LQGLTAPKSL SRRQVVVRAE GEQQPPPAAP KVAPKAAAPE AKAAAPAAEA KAAPKAAPKA APKAAPKEQT SVAKIDRSK DFLYVGSDAA ALKYLDGTLP GDYGFDPLGL LDPSVSGGKG EGGFVNPRWL QYSEVIHARW AMLGAAGCIA P EILGKAGV IPAETAVDWF RTGVIPPAGV YKNFWADPFT LFFIEVVAIQ FAELKRLQDY KNPGSQSRQY FLGLEGLFKG SD NPAYPGG PFFNFANFGK TEEEMKKLKL NEIKNGRLAM LAMFGYGAQA VITGDGPFDN LLAHLADPTG NNLITNLGGK FGQ

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分子 #4: LHCA7

分子名称: LHCA7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 27.723631 KDa
配列文字列: MSALMNKSVS LQAASKAPLA ARSIAPRSVA SRTRNVALRA GADRPLWSPG SEPPAWLDGS LAGDYGFDPL HLSEEPEMRK WMVQAELVH ARWAMLGVAG ILFTSIAAKT GAPFPDWYDA GKEAIKTSPA PLGSLIFTEL LLFGWVETKR LYDLRNPGSQ G DGSFLGIT ...文字列:
MSALMNKSVS LQAASKAPLA ARSIAPRSVA SRTRNVALRA GADRPLWSPG SEPPAWLDGS LAGDYGFDPL HLSEEPEMRK WMVQAELVH ARWAMLGVAG ILFTSIAAKT GAPFPDWYDA GKEAIKTSPA PLGSLIFTEL LLFGWVETKR LYDLRNPGSQ G DGSFLGIT DGLKGKENGY PGGLFDPMGM SKNEASYKEA KVKEIKNGRL AMLAFVGFIA QHHATHKSPI DNLLDHVADP FH VTFATNG VSIPHFTEF

+
分子 #5: LHCA8

分子名称: LHCA8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 27.496387 KDa
配列文字列: MQVTQKQMMR ASGVKAPLSR RGVTVKASMQ GNWLPGSQTP AHLKDLKMAG NFGFDPLNLG AEPQALRWYQ QAELVHSRTA MMGVAGILI PGIFTKLGAL NVPQWYEAGK VYIEGEGAIP FGTLLMTTLF SYAFVEGKRW QDFRKPGSQA EPGTFFGLES Q FKGTENGY ...文字列:
MQVTQKQMMR ASGVKAPLSR RGVTVKASMQ GNWLPGSQTP AHLKDLKMAG NFGFDPLNLG AEPQALRWYQ QAELVHSRTA MMGVAGILI PGIFTKLGAL NVPQWYEAGK VYIEGEGAIP FGTLLMTTLF SYAFVEGKRW QDFRKPGSQA EPGTFFGLES Q FKGTENGY PGGIFDPLGY SKTSPEKLDE LKLKEIKNGR LAMVAFLGFA GQYGATGKGP IDNLADHLAD PWHNTFAENG IS VPGLSAV EQAAANL

+
分子 #6: LHCA9

分子名称: LHCA9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 24.326207 KDa
配列文字列: MAVLTSKMST KLTSSGVRPV KPTTRASRMV MKASNRPLWL PDVIPPPHLN GTLPGDSGFD PLGLGLNEER LKWYVEAEKM NGRWAMMAV TGIMGQELLG VPVKWFEAGA AEYDLPVQAQ VPILFLVMGF LETKRFQGFR ETGTSGFINS YPFDPVGLNS P KHAVNEVK ...文字列:
MAVLTSKMST KLTSSGVRPV KPTTRASRMV MKASNRPLWL PDVIPPPHLN GTLPGDSGFD PLGLGLNEER LKWYVEAEKM NGRWAMMAV TGIMGQELLG VPVKWFEAGA AEYDLPVQAQ VPILFLVMGF LETKRFQGFR ETGTSGFINS YPFDPVGLNS P KHAVNEVK NGRLAMVAFV GFAVQALVTR TQPIEGLQKH LADPFGKNIT YYLTHTPEVI AGTA

+
分子 #7: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 83.109773 KDa
配列文字列: MTISSPEREA KKVKIAVDRN PVETNFEKWA KPGHFSRALA KGPNTTTWIW NLHADAHDFD NHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIILIWLS GMYFHGARFS NYEGWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y STAIGGLV ...文字列:
MTISSPEREA KKVKIAVDRN PVETNFEKWA KPGHFSRALA KGPNTTTWIW NLHADAHDFD NHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIILIWLS GMYFHGARFS NYEGWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y STAIGGLV LAAACFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESML NHHLAGLLGL GSLAWAGHQI HVSLPVNKLL DAGVDPKEIP LP HEFLLNQ SIIADLYPSF SKGLAPFFTL NWAEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDTAHH HLAIAVLFLV AGHQYRTNWG IGH SIKDIL ESHKGPFTGN GHAGLYEILT TSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHMW IGGF CVVGA GAHAAIFMVR DYDPTNNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWVS IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQ PVFA QWIQNTHFTA PQLTAPNALA ATSLTWGGDV VAVGGKVAMM PIALGTSDFL VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVT DSGVSHITGG NFAQSAN TI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLMF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLRVAPS IQPRALSI T QGRAVGVAHY LLGGIATTWS FFLARIIAVG

+
分子 #8: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 81.873703 KDa
配列文字列: MATKLFPKFS QGLAQDPSTR RIWYGLATAH DFESHDGMTE ENLYQKIFAS HFGQLAIIFL WTSGNLFHVA WQGNFEQWVT DPIHVRPIA HAIWDPHFGQ PAVEAFTRGG ASGPVNIATS GVYQWWYTIG LRSNQELYVS SVFLALVSAV FLFAGWLHLQ P NFQPSLSW ...文字列:
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+
分子 #9: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 8.848286 KDa
配列文字列:
MAHVVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKAAQMA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSVRVYLG NESTRSLGLA Y

+
分子 #10: PSAD1

分子名称: PSAD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 22.024441 KDa
配列文字列: MQALRSTSAA SRVSCRPGRE ARRSVLVRAE AAPPAAGAPP EPKAAGAPPA APKKKAPPPP WKQPELDPDT PSPIFGGSTG GLLRKAQVE EFYVTTWESP KEQIFEMPTG GAAIMRKGPN LLKLARKEHC LALTTQLRTK FRMSPCFYRV YADGKVEYLH P KDGVYPEK ...文字列:
MQALRSTSAA SRVSCRPGRE ARRSVLVRAE AAPPAAGAPP EPKAAGAPPA APKKKAPPPP WKQPELDPDT PSPIFGGSTG GLLRKAQVE EFYVTTWESP KEQIFEMPTG GAAIMRKGPN LLKLARKEHC LALTTQLRTK FRMSPCFYRV YADGKVEYLH P KDGVYPEK VNAGRVGVNQ NMRSIGKNVD PIKVKFTGSE PFEI

+
分子 #11: PSAE1

分子名称: PSAE1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 13.525501 KDa
配列文字列:
MAMLSASRIS CRPSVSAKPQ RTRLIVRAEG EAPPAAPKQA PAEAKAAPKG EAKAAPKKKE IGPKRGSLVK VLRPESYWYN QVGKVVSVD QSGIRYPVVV RFENQNYAGV STNNYALDEV TDPPSK

+
分子 #12: PSAF1

分子名称: PSAF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 25.280117 KDa
配列文字列: MASLTQMNLR SAPVARAPAA RPVARRTATV ARAHQQEQPA QNLGAVACAT ALALTMGLTA DVQPASADIA GLTPCSESKA YNKLERKEL KVLDKRLKKY EPGSAPYLAL QATKERTENR FKTYAKQGLL CGNDGLPHLI SDPGLALRFN HAGEVFIPTF G FLYVAGYI ...文字列:
MASLTQMNLR SAPVARAPAA RPVARRTATV ARAHQQEQPA QNLGAVACAT ALALTMGLTA DVQPASADIA GLTPCSESKA YNKLERKEL KVLDKRLKKY EPGSAPYLAL QATKERTENR FKTYAKQGLL CGNDGLPHLI SDPGLALRFN HAGEVFIPTF G FLYVAGYI GHVGRQYIIL SKEDAKPTDK EIILDVPLAL KLAFQGWAWP LASIQELRNG SLLEKDENIT VSPR

+
分子 #13: PSAG1

分子名称: PSAG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 15.118331 KDa
配列文字列:
MALSSKANIQ QFSRQATQSR AVVSRPASRQ AVKTNALIAA PVAIGGSTAA LLALGRFVFL PYQRRRTDME VGPGRLGPKT TGDTFFDRL QKPASFVETK SKDPSGFGLI DVLGWGALGH VFGYFLLACS SLQDAGIEPF PR

+
分子 #14: PSAH1

分子名称: PSAH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 14.769955 KDa
配列文字列:
MALLAKTGAQ TLASRRPAAC RAPAPVRRNV KVCAKYGEQS KYFDLQDLEN TTGAWDLYGV DEKKRYPGLQ EEFFQRATDA VSRREALNG FVALTGVASI ALFGLKGAST LELPITKGPR MEKTENGKGG ILRSRI

+
分子 #15: PSAI1

分子名称: PSAI1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 11.271324 KDa
配列文字列:
MLAQKNIVAK PCVRAAKPTA MPVKPMAMQK KQQAAGKVAL SAGAVGLASA FAAAPVEAAN IVANVASATE GYPFVPPDWA PALFVPLTG LVLPAVGMAW AFTYIQKERQ

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 4.614362 KDa
配列文字列:
MKDFTTYLST APVVGLGWAI FTSGLLIEIN RFFPDPLVFS F

+
分子 #17: PSAK1

分子名称: PSAK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 12.71403 KDa
配列文字列:
MALSLTRAPK VLPTRTQRAA PCPKVQQPRS RKAMVCKADA SFIGSPTNLI MVSSIGACLF ASRFGLAPSV RKVAQPLKLS DREVLQTTG DPAGFTATDV LAMGAAGHAI GVGIVLGLKG IGQL

+
分子 #18: PSAL1

分子名称: PSAL1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dunaliella salina (しおひげむし)
分子量理論値: 21.413055 KDa
配列文字列: MMMLQKNVAL QKSAVRSSVK PAGLPKFSRT PRGLTIRAAN EEKKPQQVIQ PINGDPFVGM LETPVTSAPI VANYLSNLPA YRTGVAPNL RGVEIGLAHG FLLAGPFIKL GPLRDVPGTA EVVGCMSAAG LVLILALCLS LYGNAAFQNQ PSMGKKTLSG R PLPQDPLM ...文字列:
MMMLQKNVAL QKSAVRSSVK PAGLPKFSRT PRGLTIRAAN EEKKPQQVIQ PINGDPFVGM LETPVTSAPI VANYLSNLPA YRTGVAPNL RGVEIGLAHG FLLAGPFIKL GPLRDVPGTA EVVGCMSAAG LVLILALCLS LYGNAAFQNQ PSMGKKTLSG R PLPQDPLM SEEGWAKFAA GFTVGGLSGV AWAYILTQIL PYYS

+
分子 #19: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 13 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #20: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 170 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #21: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 9 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #22: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 6 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

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分子 #23: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 31 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

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分子 #24: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 24 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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分子 #25: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 11 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #26: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 5 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

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分子 #27: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #28: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 5 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #29: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 4 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #30: trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S...

分子名称: trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: LMK
分子量理論値: 773.241 Da
Chemical component information

ChemComp-LMK:
trimethyl-[(2~{R})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-[(2~{S})-2-[(1~{S})-1-oxidanyloctadecoxy]-3-[(1~{R})-1-oxidanyloctadecoxy]propoxy]butan-2-yl]azanium

+
分子 #31: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 3 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #32: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #33: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #34: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #35: octadecanal

分子名称: octadecanal / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: OCD
分子量理論値: 268.478 Da
Chemical component information

ChemComp-OCD:
octadecanal / オクタデカナ-ル

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分子 #36: Tripalmitoylglycerol

分子名称: Tripalmitoylglycerol / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: 4RF
分子量理論値: 807.32 Da
Chemical component information

ChemComp-4RF:
Tripalmitoylglycerol / トリパルミチン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5371 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1589373
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6sl5

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 98784
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6sl5


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9mh0:
Dunaliella salina PSI-LHCI supercomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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