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- EMDB-48261: Human prostaglandin transporter(OATP2A1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48261
タイトルHuman prostaglandin transporter(OATP2A1)
マップデータfinal cryoEM map sharpened with a -100 B-factor and filter resolution of 4 angstrom.
試料
  • 複合体: human prostaglandin transporter OATP2A1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
  • リガンド: Digitonin
キーワードProstaglandin / OATP / transporter / MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLCO2A1 causes primary, autosomal recessive hypertrophic osteoarthropathy 2 (PHOAR2) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / lipid transporter activity / lipid transport / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane ...Defective SLCO2A1 causes primary, autosomal recessive hypertrophic osteoarthropathy 2 (PHOAR2) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / lipid transporter activity / lipid transport / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane / lysosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Yu P / Orlando MA / Orlando BJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structure and post-translational modification of the prostaglandin transporter.
著者: Peixuan Yu / Melanie A Orlando / Benjamin J Orlando /
要旨: The prostaglandin transporter (PGT) is a member of the OATP family of membrane transporters. PGT mediates the uptake of prostaglandins from the extracellular environment to enable intracellular ...The prostaglandin transporter (PGT) is a member of the OATP family of membrane transporters. PGT mediates the uptake of prostaglandins from the extracellular environment to enable intracellular enzymatic degradation and termination of signaling. In addition to importing prostaglandins, PGT is also an essential core component of the Maxi-Cl channel, which facilitates cellular release of ATP and other small organic anions. Despite progress on understanding the (patho)physiological roles of PGT, and development of small molecules to inhibit this transporter, molecular details of the overall structure and transport mechanism remain elusive. Here we determined the cryo-EM structure of human PGT, which demonstrates an overall topology consistent with other OATPs despite possessing a dual transporter/channel functionality. We additionally investigated the role of eight potential disulfide bonds found in the extracellular loops of PGT and paralogous transporters. We demonstrate that six intra-loop disulfide bonds (C420-C511, C450-C470, C492-C474, C459-C507, C444-C494, C580-C594) are essential for proper N-glycosylation, plasma membrane trafficking, and prostaglandin import activity. In contrast, two inter-loop disulfides (C155-C587 and C143-C448) restricted maximal prostaglandin uptake, suggesting a possible regulatory role in modulating PGT activity. In total, our studies provide a fresh molecular perspective on the structure, post-translational modification, and overall function of PGT.
履歴
登録2024年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48261.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48261.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈final cryoEM map sharpened with a -100 B-factor and filter resolution of 4 angstrom.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 320 pix.
= 283.52 Å		0.89 Å/pix.
x 320 pix.
= 283.52 Å		0.89 Å/pix.
x 320 pix.
= 283.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.886 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0198
最小 - 最大-0.055390585 - 0.07484857
平均 (標準偏差)0.00007038043 (±0.002322129)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 283.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unfiltered final cryoEM map

ファイルemd_48261_additional_1.map
注釈unfiltered final cryoEM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_48261_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_48261_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human prostaglandin transporter OATP2A1

全体名称: human prostaglandin transporter OATP2A1
要素
  • 複合体: human prostaglandin transporter OATP2A1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
  • リガンド: Digitonin

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超分子 #1: human prostaglandin transporter OATP2A1

超分子名称: human prostaglandin transporter OATP2A1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: purified detergent solubilized prostaglandin transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: plasma membrane
分子量理論値: 74.5 KDa

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分子 #1: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1

分子名称: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Twin strep tag and a TEV cleavage site at the N terminus of PGT.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.56357 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SSAWSHPQFE KGGGSENLYF QGGSGMGLLP KLGASQGSDT STSRAGRCAR SVFGNIKVFV LCQGLLQLC QLLYSAYFKS SLTTIEKRFG LSSSSSGLIS SLNEISNAIL IIFVSYFGSR VHRPRLIGIG GLFLAAGAFI L TLPHFLSE ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SSAWSHPQFE KGGGSENLYF QGGSGMGLLP KLGASQGSDT STSRAGRCAR SVFGNIKVFV LCQGLLQLC QLLYSAYFKS SLTTIEKRFG LSSSSSGLIS SLNEISNAIL IIFVSYFGSR VHRPRLIGIG GLFLAAGAFI L TLPHFLSE PYQYTLASTG NNSRLQAELC QKHWQDLPPS KCHSTTQNPQ KETSSMWGLM VVAQLLAGIG TVPIQPFGIS YV DDFSEPS NSPLYISILF AISVFGPAFG YLLGSVMLQI FVDYGRVNTA AVNLVPGDPR WIGAWWLGLL ISSALLVLTS FPF FFFPRA MPIGAKRAPA TADEARKLEE AKSRGSLVDF IKRFPCIFLR LLMNSLFVLV VLAQCTFSSV IAGLSTFLNK FLEK QYGTS AAYANFLIGA VNLPAAALGM LFGGILMKRF VFSLQAIPRI ATTIITISMI LCVPLFFMGC STPTVAEVYP PSTSS SIHP QSPACRRDCS CPDSIFHPVC GDNGIEYLSP CHAGCSNINM SSATSKQLIY LNCSCVTGGS ASAKTGSCPV PCAHFL LPA IFLISFVSLI ACISHNPLYM MVLRVVNQEE KSFAIGVQFL LMRLLAWLPS PALYGLTIDH SCIRWNSLCL GRRGACA YY DNDALRDRYL GLQMGYKALG MLLLCFISWR VKKNKEYNVQ KAAGLI

UniProtKB: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1

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分子 #2: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
25.0 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
0.06 w/vC56H92O29digitonin

詳細: 25mM HEPES pH8.0, 150mM NaCl,0.06% digitonin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Glow discharge in a Pelco EasyGlow 45s at 15mA.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9088 / 平均電子線量: 44.48 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The images were corrected for beam induced motion using patch motion correction in cryoSPARC.
粒子像選択選択した数: 1795004
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF estimation / 詳細: Patch CTF estimation was performed in cryoSPARC. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab-initio reconstruction were used to generate the initial model.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 45842
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
詳細: The last round of the non-alignment 3D classification was performed using a mask around protein and blush regularization.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-643 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Refinement in phenix.real_space_refine
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9mgk:
Human prostaglandin transporter(OATP2A1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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