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万見
- EMDB-48236: tcBF-STEM resolved Pseudomonas phage PP7 icosahedral T3 cage -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48236
タイトルtcBF-STEM resolved Pseudomonas phage PP7 icosahedral T3 cage
マップデータ
試料
  • 複合体: Pseudomonas phage PP7 icosahedral T3 cage
キーワード4DSTEM resolved / VIRUS LIKE PARTICLE
生物種Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.03 Å
データ登録者Yu Y / Kopylov M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Chan Zuckerberg Initiative 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2025
タイトル: Dose-efficient cryo-electron microscopy for thick samples using tilt- corrected scanning transmission electron microscopy.
著者: Yue Yu / Katherine A Spoth / Michael Colletta / Kayla X Nguyen / Steven E Zeltmann / Xiyue S Zhang / Mohammadreza Paraan / Mykhailo Kopylov / Charlie Dubbeldam / Daniel Serwas / Hannah Siems ...著者: Yue Yu / Katherine A Spoth / Michael Colletta / Kayla X Nguyen / Steven E Zeltmann / Xiyue S Zhang / Mohammadreza Paraan / Mykhailo Kopylov / Charlie Dubbeldam / Daniel Serwas / Hannah Siems / David A Muller / Lena F Kourkoutis /
要旨: Cryogenic electron microscopy is a powerful tool in structural biology. In thick specimens, challenges arise as an exponentially larger fraction of the transmitted electrons lose energy from ...Cryogenic electron microscopy is a powerful tool in structural biology. In thick specimens, challenges arise as an exponentially larger fraction of the transmitted electrons lose energy from inelastic scattering and can no longer be properly focused as a result of chromatic aberrations in the post-specimen optics. Rather than filtering out the inelastic scattering at the price of reducing potential signal, as is done in energy-filtered transmission electron microscopy, we show how a dose-efficient and unfiltered image can be rapidly obtained using tilt-corrected bright-field scanning transmission electron microscopy data collected on a pixelated detector. Enhanced contrast and a 3-5× improvement in dose efficiency are observed for two-dimensional images of intact bacterial cells and large organelles using tilt-corrected bright-field scanning transmission electron microscopy compared to energy-filtered transmission electron microscopy for thicknesses beyond 500 nm. As a proof of concept for the technique's performance in structural determination, we present a single-particle analysis map at sub-nanometer resolution for a highly symmetric virus-like particle determined from 789 particles.
履歴
登録2024年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48236.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 320 pix.
= 443.2 Å		1.39 Å/pix.
x 320 pix.
= 443.2 Å		1.39 Å/pix.
x 320 pix.
= 443.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.385 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-0.36590168 - 0.8189028
平均 (標準偏差)0.002021708 (±0.070352815)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 443.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48236_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48236_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_48236_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas phage PP7 icosahedral T3 cage

全体名称: Pseudomonas phage PP7 icosahedral T3 cage
要素
  • 複合体: Pseudomonas phage PP7 icosahedral T3 cage

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超分子 #1: Pseudomonas phage PP7 icosahedral T3 cage

超分子名称: Pseudomonas phage PP7 icosahedral T3 cage / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage PP7 (ファージ)
分子量理論値: 7.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 100 mM potassium phosphage buffer
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TITAN THEMIS
詳細The microscope model is FEI/Thermo Fisher Titan Themis CryoS/TEM 60-300kV.
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 128 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 128 pixel / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 / 詳細: detector used: EMPAD2.0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: 4D-STEM / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm

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画像解析

詳細detector: EMPAD 2.0
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 789
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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