[日本語] English
万見
- EMDB-48154: single particle cryo EM density of full length rat Kir4.1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48154
タイトルsingle particle cryo EM density of full length rat Kir4.1
マップデータsingle particle cryo EM map of full length rat Kir4.1 in complex with a LC8 dimer
試料
  • 複合体: Complex between Kir4.1 and dynein light chain 1 dimer
    • 複合体: Kir4.1
    • 複合体: dynein light chain 1
    • タンパク質・ペプチド: rat Kir4.1
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain 1
キーワードPotassium ion channel Complex with auxiliary proteins / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate reuptake / Potassium transport channels / nitric-oxide synthase inhibitor activity / deoxyribonuclease inhibitor activity / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / negative regulation of phosphorylation / intraciliary retrograde transport / L-glutamate import / central nervous system myelination / motile cilium assembly ...glutamate reuptake / Potassium transport channels / nitric-oxide synthase inhibitor activity / deoxyribonuclease inhibitor activity / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / negative regulation of phosphorylation / intraciliary retrograde transport / L-glutamate import / central nervous system myelination / motile cilium assembly / Activation of BIM and translocation to mitochondria / ciliary tip / response to blue light / Intraflagellar transport / regulation of resting membrane potential / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion homeostasis / optic nerve development / non-motile cilium assembly / oligodendrocyte development / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / membrane hyperpolarization / dynein complex / cellular response to potassium ion / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / adult walking behavior / cytoplasmic dynein complex / response to mineralocorticoid / astrocyte projection / Macroautophagy / ciliary base / microvillus / potassium ion import across plasma membrane / dynein intermediate chain binding / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / enzyme inhibitor activity / spermatid development / monoatomic ion channel complex / potassium channel activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / COPI-mediated anterograde transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / potassium ion transmembrane transport / visual perception / axon cytoplasm / Mitotic Prometaphase / substantia nigra development / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / response to glucocorticoid / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / AURKA Activation by TPX2 / regulation of membrane potential / establishment of localization in cell / RHO GTPases Activate Formins / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / kinetochore / potassium ion transport / Aggrephagy / Separation of Sister Chromatids / HCMV Early Events / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic spindle / site of double-strand break / presynapse / cell body / scaffold protein binding / basolateral plasma membrane / microtubule / cytoskeleton / cilium / apical plasma membrane / signaling receptor binding / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / enzyme binding / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir1.2 / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir1.2 / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10 / Dynein light chain 1, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.69 Å
データ登録者Lee S-J / Mount J / Nichols CG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R35 ML140024 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Dynein light chains 1 and 2 are auxiliary proteins of pH-sensitive Kir4.1 channels.
著者: Sun-Joo Lee / Jian Gao / Ellen Thompson / Jonathan Mount / Colin G Nichols /
要旨: Inward rectifier Kir4.1 potassium channels are abundantly expressed in cells that are important for electrolyte homeostasis. Dysregulation of Kir4.1 underlies various neurological disorders. Here, ...Inward rectifier Kir4.1 potassium channels are abundantly expressed in cells that are important for electrolyte homeostasis. Dysregulation of Kir4.1 underlies various neurological disorders. Here, through biochemical and structural studies of full-length Kir4.1, we show that dynein light chain 1 and 2 proteins, also as known as LC8, copurify with Kir4.1 at stoichiometric levels. Direct interaction between Kir4.1 and LC8 is supported by in vitro binding assays and reiterated with native Kir4.1 proteins from mouse brain. Notably, we identify a LC8 binding motif in the unstructured N terminus of Kir4.1. Among Kir subtypes, the motif is unique to Kir4.1 and is highly conserved between Kir4.1 orthologs. Deletion of the predicted anchoring sequence (ΔTQT) resulted in loss of LC8 interaction with Kir4.1 N-terminal peptides as well as with full-length Kir4.1, suggesting that the binding site is necessary and sufficient for the interaction. Purified Kir4.1-ΔTQT mutant proteins exhibited normal channel activity in vitro, whereas WT proteins lost phosphoinositide-(4,5)-phosphate activation. Single-particle cryo-EM analysis of the full-length proteins revealed extremely heterogeneous particles, indicating deformation from the typical fourfold symmetric conformation. Additional electron density attached to the Kir4.1 tetramer, ascribed to an LC8 dimer, further supports the direct interaction between the two proteins. While the biological implications of this interaction await further elucidation, the strong conservation of the LC8 binding motif suggests its potential importance in the regulation of Kir4.1 channels.
履歴
登録2024年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_48154.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈single particle cryo EM map of full length rat Kir4.1 in complex with a LC8 dimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 262.8 Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 262.8 Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 262.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.314 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.269
最小 - 最大-0.21949987 - 0.6768058
平均 (標準偏差)0.00076346117 (±0.04499641)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 262.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_48154_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_48154_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex between Kir4.1 and dynein light chain 1 dimer

全体名称: Complex between Kir4.1 and dynein light chain 1 dimer
要素
  • 複合体: Complex between Kir4.1 and dynein light chain 1 dimer
    • 複合体: Kir4.1
    • 複合体: dynein light chain 1
    • タンパク質・ペプチド: rat Kir4.1
    • タンパク質・ペプチド: Dynein light chain 1

-
超分子 #1: Complex between Kir4.1 and dynein light chain 1 dimer

超分子名称: Complex between Kir4.1 and dynein light chain 1 dimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Native dynein light chain 1 was copurified with Kir4.1 overexpressed in HEK293 cells
分子量理論値: 180 KDa

-
超分子 #2: Kir4.1

超分子名称: Kir4.1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

-
超分子 #3: dynein light chain 1

超分子名称: dynein light chain 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: rat Kir4.1

分子名称: rat Kir4.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPAAATSVAK VYYSQTTQTE SRPLVAPGIR RRRVLTKDGR SNVRMEHIAD KRFLYLKDLW TTFIDMQWRY KLLLFSATFA GTWFLFGVVW YLVAVAHGDL LELGPPANHT PCVVQVHTLT GAFLFSLESQ TTIGYGFRYI SEECPLAIVL LIAQLVLTTI LEIFITGTFL ...文字列:
GPAAATSVAK VYYSQTTQTE SRPLVAPGIR RRRVLTKDGR SNVRMEHIAD KRFLYLKDLW TTFIDMQWRY KLLLFSATFA GTWFLFGVVW YLVAVAHGDL LELGPPANHT PCVVQVHTLT GAFLFSLESQ TTIGYGFRYI SEECPLAIVL LIAQLVLTTI LEIFITGTFL AKIARPKKRA ETIRFSQHAV VAYHNGKLCL MIRVANMRKS LLIGCQVTGK LLQTHQTKEG ENIRLNQVNV TFQVDTASDS PFLILPLTFY HVVDETSPLK DLPLRSGEGD FELVLILSGT VESTSATCQV RTSYLPEEIL WGYEFTPAIS LSASGKYVAD FSLFDQVVKV ASPGGLRDST VRYGDPEKLK LEESLREQAE KEGSALSVRI SNV

UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 10

-
分子 #2: Dynein light chain 1

分子名称: Dynein light chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MCDRKAVIKN ADMSEEMQQD SVECATQALE KYNIEKDIAA HIKKEFDKKY NPTWHCIVGR NFGSYVTHET KHFIYFYLGQ VAILLFKSG

UniProtKB: Dynein light chain 1, cytoplasmic

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris
150.0 mMpotassium chlorideKCl
1.0 mMTCEP
1.0 mMEDTA
0.04 mMglyco-diosgenin

詳細: diC8 PIP2 was added 30 min prior to vitrification.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.009300000000000001 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 2 second blotting.
詳細This sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 13522 / 実像数: 296755 / 平均露光時間: 4.28 sec. / 平均電子線量: 48.42 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細counting
粒子像選択選択した数: 4273763
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 296755
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 150000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る