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- EMDB-48102: NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA0... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48102
タイトルNCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA09, H1N1) -- 4 Fabs [C4 Reconstruction]
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA09, H1N1) -- 4 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: NCS.1.1 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: NCS.1.1 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードNeuraminidase / NCS.1.1 / Tetramer / Antibody / Fab / N1 / H1N5 / CA09 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Borst AJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural convergence and water-mediated substrate mimicry enable broad neuraminidase inhibition by human antibodies.
著者: Julia Lederhofer / Andrew J Borst / Lam Nguyen / Rebecca A Gillespie / Connor J Williams / Emma L Walker / Julie E Raab / Christina Yap / Daniel Ellis / Adrian Creanga / Hyon-Xhi Tan / Thi H ...著者: Julia Lederhofer / Andrew J Borst / Lam Nguyen / Rebecca A Gillespie / Connor J Williams / Emma L Walker / Julie E Raab / Christina Yap / Daniel Ellis / Adrian Creanga / Hyon-Xhi Tan / Thi H T Do / Michelle Ravichandran / Adrian B McDermott / Valerie Le Sage / Sarah F Andrews / Barney S Graham / Adam K Wheatley / Douglas S Reed / Neil P King / Masaru Kanekiyo /
要旨: Influenza has been responsible for multiple global pandemics and seasonal epidemics and claimed millions of lives. The imminent threat of a panzootic outbreak of avian influenza H5N1 virus ...Influenza has been responsible for multiple global pandemics and seasonal epidemics and claimed millions of lives. The imminent threat of a panzootic outbreak of avian influenza H5N1 virus underscores the urgent need for pandemic preparedness and effective countermeasures, including monoclonal antibodies (mAbs). Here, we characterize human mAbs that target the highly conserved catalytic site of viral neuraminidase (NA), termed NCS mAbs, and the molecular basis of their broad specificity. Cross-reactive NA-specific B cells were isolated by using stabilized NA probes of non-circulating subtypes. We found that NCS mAbs recognized multiple NAs of influenza A as well as influenza B NAs and conferred prophylactic protections in mice against H1N1, H5N1, and influenza B viruses. Cryo-electron microscopy structures of two NCS mAbs revealed that they rely on structural mimicry of sialic acid, the substrate of NA, by coordinating not only amino acid side chains but also water molecules, enabling inhibition of NA activity across multiple influenza A and B viruses, including avian influenza clade 2.3.4.4b H5N1 viruses. Our results provide a molecular basis for the broad reactivity and inhibitory activity of NCS mAbs targeting the catalytic site of NA through substrate mimicry.
履歴
登録2024年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48102.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48102.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 460 pix.
= 407.1 Å		0.89 Å/pix.
x 460 pix.
= 407.1 Å		0.89 Å/pix.
x 460 pix.
= 407.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.885 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0656
最小 - 最大-0.4460062 - 0.7034595
平均 (標準偏差)-0.000022895392 (±0.01450519)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 407.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhanced map

ファイルemd_48102_additional_1.map
注釈DeepEMhanced map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_48102_additional_2.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half A

ファイルemd_48102_half_map_1.map
注釈Half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B

ファイルemd_48102_half_map_2.map
注釈Half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA0...

全体名称: NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA09, H1N1) -- 4 Fabs
要素
  • 複合体: NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA09, H1N1) -- 4 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: NCS.1.1 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: NCS.1.1 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA0...

超分子名称: NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA09, H1N1) -- 4 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 49.139934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HHHHHHSSSD YSDLQRVKQE LLEEVKKELQ KVKEEIIEAF VQELRKRGSL VPRGSGGVKL AGNSSLCPVS GWAPLSKDNS VRIGSKGDV FVIREPFISC SPLECRTFFL TQGALLNDKH SNGTIKDRSP YRTLMSVPIG SVPSPYNARF ESIAWSASAC H DGINWLTI ...文字列:
HHHHHHSSSD YSDLQRVKQE LLEEVKKELQ KVKEEIIEAF VQELRKRGSL VPRGSGGVKL AGNSSLCPVS GWAPLSKDNS VRIGSKGDV FVIREPFISC SPLECRTFFL TQGALLNDKH SNGTIKDRSP YRTLMSVPIG SVPSPYNARF ESIAWSASAC H DGINWLTI GITGPDNGAV AILKYNGIIT DTIKSWRNNI LRTQESECAC VNGSCFTVMT DGPSNGQASY KIFRIEKGKI VK SVEMNAP NYHYEECSCY PDSSEITCVC RDNWHGSNRP WVSFNQNLEY QIGYICSGIF GDNPRPNDKT GSCGPVSSNG ANG VKGFSF KYGNGVWIGR TKSISSRNGF EMIWDPNGWT GTDNNFSIKQ DIVGINEWSG YSGSFVMHPE LTGLDCIVPC FWVE LIRGR PKENTIWTSG SSISFCGVNS DTTGWSWPDG AELPFTIDK

UniProtKB: Neuraminidase

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分子 #2: NCS.1.1 Heavy Chain

分子名称: NCS.1.1 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.012506 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPR LVKPSETLSL TCSVSGESIS SGGYYWTWIR QHPGKGLEWI GNIFDTGSTD YSPSLKTRLT ISIDTSKNQF YLRLNSATA ADTAVYYCAR VGFSLETDRP YYLGLDVWGQ GTTVTVSS

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分子 #3: NCS.1.1 Light Chain

分子名称: NCS.1.1 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.252719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGYTYLDW YLQKPGQSPQ LLISFTSNRA SGVPDRFSGS GSGTYFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQAVQT PWTFGQGTKV EIK

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 918 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 382836
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9ejf:
NCS.1.1 Fab in complex with the sNAp of A/California/04/2009 (CA09, H1N1) -- 4 Fabs [C4 Reconstruction]

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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