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- EMDB-48078: Cryo-EM structure of 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singap... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48078
タイトルCryo-EM structure of 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHA / influenza / flu / N-term / H3 / sing16 / IMMUNE SYSTEM
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Simons FoundationSF349247 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: The N terminus of H3-influenza hemagglutinin as a site-of-vulnerability to neutralizing antibody.
著者: Reda Rawi / Nicholas C Morano / Crystal Sao-Fong Cheung / Haijuan Du / Jason Gorman / Madhu Prabhakaran / Jordan E Becker / Tatsiana Bylund / Sam Charaf / Xuejun Chen / Myungjin Lee / Darcy R ...著者: Reda Rawi / Nicholas C Morano / Crystal Sao-Fong Cheung / Haijuan Du / Jason Gorman / Madhu Prabhakaran / Jordan E Becker / Tatsiana Bylund / Sam Charaf / Xuejun Chen / Myungjin Lee / Darcy R Harris / Adam S Olia / Li Ou / Lingshu Wang / Shuishu Wang / Baoshan Zhang / Masaru Kanekiyo / Adrian B McDermott / Tongqing Zhou / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong /
要旨: The N terminus of the H3 subtype of influenza virus hemagglutinin is ∼10 residues longer than the N termini of most other hemagglutinins. As conserved, exposed, and linear regions may be good ...The N terminus of the H3 subtype of influenza virus hemagglutinin is ∼10 residues longer than the N termini of most other hemagglutinins. As conserved, exposed, and linear regions may be good vaccine targets, we investigated the vaccine utility of the extended H3-N terminus. First, we identified antibody 5E10, for which structure and binding analyses revealed recognition of the H3-N terminus. Second, we immunized mice with immunogens incorporating the H3-N terminus, boosted with hemagglutinin trimer, and isolated antibodies from immunogen-elicited B cells that bound both H3-N terminus and hemagglutinin trimer. However, hemagglutinin-complex structures of two such antibodies, 3864-6 and 3864-10, that neutralized H3-influenza strains, revealed only peripheral recognition of the hemagglutinin N terminus. Collectively, these results reveal the N terminus of H3 hemagglutinin to be a suboptimal vaccine target and suggest that-in addition to being conserved, flexible, and accessible-other factors influence the elicitation of potent broadly neutralizing responses.
履歴
登録2024年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48078.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 433.2 Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 433.2 Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 433.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-0.7592212 - 1.6179699
平均 (標準偏差)0.0010359259 (±0.041782632)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 433.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48078_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_48078_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_48078_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_48078_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer

全体名称: 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer
要素
  • 複合体: 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer

超分子名称: 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: 5E10 fab not built
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin HA1

分子名称: Hemagglutinin HA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 37.357293 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QKIPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTIVKTIC NDRIEVTNAT ELVQNSSIGE ICDSPHQILD GENCTLIDAL LGDPQCDGFQ NKKWDLFVE RSKAYSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FKNESFNWTG VTQNGTSSAC IRGSSSSFFS RLNWLTHLNY T YPALNVTM ...文字列:
QKIPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTIVKTIC NDRIEVTNAT ELVQNSSIGE ICDSPHQILD GENCTLIDAL LGDPQCDGFQ NKKWDLFVE RSKAYSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FKNESFNWTG VTQNGTSSAC IRGSSSSFFS RLNWLTHLNY T YPALNVTM PNKEQFDKLY IWGVHHPGTD KDQIFLYAQS SGRITVSTKR SQQAVIPNIG SRPRIRDIPS RISIYWTIVK PG DILLINS TGNLIAPRGY FKIRSGKSSI MRSDAPIGKC KSECITPNGS IPNDKPFQNV NRITYGACPR YVKHSTLKLA TGM RNVPEK QTRRRRRR

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分子 #2: Hemagglutinin HA2

分子名称: Hemagglutinin HA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 26.630529 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GIFGAIAGFI ENGWEGMVDG WYGFRHQNSE GRGQAADLKS TQAAIDQING KLNRLIGKTN EKFHQIEKEF SEVEGRVQDL EKYVEDTKI DLWSYNAELL VALENQHTID LTDSEMNKLF EKTKKQLREN AEDMGNGCFK IYHKCDNACI ESIRNETYDH N VYRDEALN ...文字列:
GIFGAIAGFI ENGWEGMVDG WYGFRHQNSE GRGQAADLKS TQAAIDQING KLNRLIGKTN EKFHQIEKEF SEVEGRVQDL EKYVEDTKI DLWSYNAELL VALENQHTID LTDSEMNKLF EKTKKQLREN AEDMGNGCFK IYHKCDNACI ESIRNETYDH N VYRDEALN NRFQIKGVEG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHHASWSHP QFEK

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 17 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.19 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 28375
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9ei8:
Cryo-EM structure of 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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