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万見
- EMDB-47972: VIP3Cb1 Toxin structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47972
タイトルVIP3Cb1 Toxin structure
マップデータSharpened EM map of VIP3Cb1 toxin
試料
  • 複合体: VIP3Cb1 Toxin Tetramer activated with trypsin
    • タンパク質・ペプチド: VIP3Cb1 Toxin
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードTetramer / Toxin / Lepidopteran
生物種Paenibacillus popilliae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Rau MJ / Rydel T / Zheng M / White T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Appl Environ Microbiol / 年: 2025
タイトル: Vip3C proteins from spp. for controlling lepidopteran crop pests.
著者: Todd Ciche / William Moar / Aqeel Ahmad / David Bowen / Catherine Chay / Arlene Howe / Uma Kesanapalli / Jennifer Lutke / Gregory Bean / Jason Milligan / Michael Pleau / Yong Yin / Waseem ...著者: Todd Ciche / William Moar / Aqeel Ahmad / David Bowen / Catherine Chay / Arlene Howe / Uma Kesanapalli / Jennifer Lutke / Gregory Bean / Jason Milligan / Michael Pleau / Yong Yin / Waseem Akbar / Marty Heppler / Cara Griffith / Kimberly Morrell / Katherine Dunkmann / Heather Anderson / Jeffrey Ahrens / Pacifica Sommers / E Sethe Burgie / Fred Zinnel / Meiying Zheng / James Fitzpatrick / Michael Rau / Timothy Rydel / Tommi White / David Kerns / James Roberts /
要旨: New proteins are needed to control insects not controlled with (Bt) crops, and those evolving resistance to Bt crops. These proteins are increasingly being reported from non-Bt organisms to control ...New proteins are needed to control insects not controlled with (Bt) crops, and those evolving resistance to Bt crops. These proteins are increasingly being reported from non-Bt organisms to control Bt-resistant insects. However, these proteins mostly control the corn rootworm, spp. (Coleoptera), whereas most Bt-resistant insects are lepidopteran. We hypothesized that diversifying our search for proteins into non-Bt organisms, such as those related to used to control Japanese beetle , could yield proteins with new insecticidal activities against Lepidoptera. Here, we identified Vip3Cb1 and Vip3Cc1 with broad lepidopteran activity, the first Vip3 proteins discovered from strains in the containing clade. Vip3Cb1 protected plants against cotton bollworm, and tobacco budworm and fall armyworm, , and Southwestern corn borer, , in cotton and maize, respectively, like commercial Vip3Aa. Distinct from Vip3Aa, Vip3Cb1 also protected maize against European corn borer, , the primary maize pest in the United States, with recent reports of resistance to Bt proteins. Consistent with previous reports, insects resistant to Vip3Aa were cross-resistant to Vip3Cb1. Cryo-electron microscopy demonstrated that Vip3Cb1 formed a pore-shaped tetramer upon proteolytic activation, in agreement with the pore-forming mechanism of action of Vip3Aa. Thus, diversifying the search beyond Bt has led to the discovery of the first Vip3 proteins from spp. with different activity spectra from Vip3Aa, providing additional tools to control pests, including those currently resistant to Bt Cry proteins.IMPORTANCENew insecticidal proteins are needed for controlling insect pests that can devastate crop yield if left uncontrolled. Diversifying our search for new insecticidal proteins in spp. resulted in the discovery of Vip3Cb1 and Vip3Cc1 insecticidal proteins active against lepidopteran crop pests. Structure and cross-resistance studies indicate overlap in the mechanism of action between Vip3Cb1 and commercial Vip3Aa. However, new activities, such as controlling European corn borer, make these proteins important new tools in the insect control toolbox.
履歴
登録2024年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47972.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47972.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened EM map of VIP3Cb1 toxin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 450 pix.
= 486.45 Å		1.08 Å/pix.
x 450 pix.
= 486.45 Å		1.08 Å/pix.
x 450 pix.
= 486.45 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.081 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.563
最小 - 最大-1.3101766 - 3.024572
平均 (標準偏差)0.00022045904 (±0.04409737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 486.44998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47972_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened EM map of VIP3Cb1 toxin

ファイルemd_47972_additional_1.map
注釈Unsharpened EM map of VIP3Cb1 toxin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened focused refinement map of VIP3Cb1 toxin chain A

ファイルemd_47972_additional_2.map
注釈Sharpened focused refinement map of VIP3Cb1 toxin chain A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened half map B of VIP3Cb1 toxin

ファイルemd_47972_half_map_1.map
注釈Unsharpened half map B of VIP3Cb1 toxin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened half map A of VIP3Cb1 toxin

ファイルemd_47972_half_map_2.map
注釈Unsharpened half map A of VIP3Cb1 toxin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VIP3Cb1 Toxin Tetramer activated with trypsin

全体名称: VIP3Cb1 Toxin Tetramer activated with trypsin
要素
  • 複合体: VIP3Cb1 Toxin Tetramer activated with trypsin
    • タンパク質・ペプチド: VIP3Cb1 Toxin
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: VIP3Cb1 Toxin Tetramer activated with trypsin

超分子名称: VIP3Cb1 Toxin Tetramer activated with trypsin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Paenibacillus popilliae (バクテリア)

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分子 #1: VIP3Cb1 Toxin

分子名称: VIP3Cb1 Toxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paenibacillus popilliae (バクテリア)
分子量理論値: 92.4805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHHHH HGTETVRFQS KQNNNFSVRA LPSFIDVFNG IYGFATGIQD IFNMIFGTDT GDLTLEEVLK NQELLYDISG KLEGISGDL SEIIAQGNLN TELAKELLKI ANEQNNVLTD VNNKLNAINS MLHIYLPKIT NMLSDVMKQN YALSLQIEYL S KQLQEISD ...文字列:
MHHHHHHHHH HGTETVRFQS KQNNNFSVRA LPSFIDVFNG IYGFATGIQD IFNMIFGTDT GDLTLEEVLK NQELLYDISG KLEGISGDL SEIIAQGNLN TELAKELLKI ANEQNNVLTD VNNKLNAINS MLHIYLPKIT NMLSDVMKQN YALSLQIEYL S KQLQEISD KLDVINLNVL INSTLTEITP AYQRIKYVNE KFDELTLATE KTLRAKQGSE DIIANDTLEN LTELTELAKS VT KNDMDSF EFYLHTFHDV LIGNNLFGRS ALKTAAELIT KDEIKTSGSE IGKVYSFLIV LTCLQAKAFL TLTACRKLLG LSD IDYTNI LNQHLNDEKN VFRDNILPTL SNKFSNPNYV KTIGSDNYAK VILEAEPGYA LVGFEIINDR IPVLKAYKAK LKQN YQVDH QSLSEIVYLD IDKLFCPKNS EQKYYTKSLT FPDGYVITKI TFEKKLNNLR YEATANFYDP STGDIDLNEK QVEST FLQA DYISINVSDD DGVYMPLGVI SETFLSPINS FELEVDEKSK ILTLTCKSYL REYLLESDLI NKETSLIAPP NVFISN IVE NWNIEADNLE PWVANNKNAY VDSTGGIEGS KALFTQGDGE FSQFIGDKLK PNTDYIIQYT VKGKPAIYLK NKNTGYT MY EDTNGSSEEF QTIAVNYTSE TDPSQTHLVF KSQSGYEAWG DNFIILECKA FETPEGPELI KFDDWISFGT TYIRDDVL T IDPSRGGYFR QSLKLDSYST YNLSFSFSGL WAKVIIKNSH GVVLFEKVSQ QSSYVDISES FTTTSNKEGF FIELTGDSR GGFGSFRDFS MKEKFE

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl pH8.0, 500 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 2mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5644 / 平均露光時間: 13.37 sec. / 平均電子線量: 53.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2758038
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 219620
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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