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- EMDB-47889: Cryo-EM structure of USP1-UAF1-Ubiquitin in complex with TNG348 -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47889
タイトルCryo-EM structure of USP1-UAF1-Ubiquitin in complex with TNG348
マップデータfull map
試料
  • 複合体: USP1-UAF1-Ub complex with TNG348
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 48
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
  • リガンド: 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-9-({4-[1-methyl-4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-2-yl]phenyl}methyl)-7-(2,2,2-trifluoroethyl)-7,9-dihydro-8H-purin-8-imine
キーワードdeubiquitination / PCNA / allosteric inhibitor / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein monoubiquitination / positive regulation of error-prone translesion synthesis / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / monoubiquitinated protein deubiquitination / deubiquitinase activator activity / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / skeletal system morphogenesis ...regulation of protein monoubiquitination / positive regulation of error-prone translesion synthesis / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / monoubiquitinated protein deubiquitination / deubiquitinase activator activity / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / skeletal system morphogenesis / mitochondrion transport along microtubule / skin development / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / homeostasis of number of cells / protein deubiquitination / embryonic organ development / single fertilization / regulation of DNA repair / response to UV / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / neuron projection morphogenesis / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Pexophagy / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / ubiquitin binding / Josephin domain DUBs / positive regulation of protein ubiquitination / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / positive regulation of epithelial cell proliferation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / skeletal system development / regulation of mitochondrial membrane potential / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TCF dependent signaling in response to WNT / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Regulation of NF-kappa B signaling / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling
類似検索 - 分子機能
WDR48/Bun107 / Ubiquitin specific peptidase 1 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase ...WDR48/Bun107 / Ubiquitin specific peptidase 1 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / WD domain, G-beta repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 / Polyubiquitin-B / WD repeat-containing protein 48
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Whittington DA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Mol Cancer Ther / 年: 2025
タイトル: Characterization of TNG348: A Selective, Allosteric USP1 Inhibitor That Synergizes with PARP Inhibitors in Tumors with Homologous Recombination Deficiency.
著者: Antoine Simoneau / Charlotte B Pratt / Hsin-Jung Wu / Shreya S Rajeswaran / Charlotte Grace Comer / Sirimas Sudsakorn / Wenhai Zhang / Shangtao Liu / Samuel R Meier / Ashley H Choi / Tenzing ...著者: Antoine Simoneau / Charlotte B Pratt / Hsin-Jung Wu / Shreya S Rajeswaran / Charlotte Grace Comer / Sirimas Sudsakorn / Wenhai Zhang / Shangtao Liu / Samuel R Meier / Ashley H Choi / Tenzing Khendu / Hannah Stowe / Binzhang Shen / Douglas A Whittington / Yingnan Chen / Yi Yu / William D Mallender / Tianshu Feng / Jannik N Andersen / John P Maxwell / Scott Throner /
要旨: Inhibition of the deubiquitinating enzyme USP1 can induce synthetic lethality in tumors characterized by homologous recombination deficiency (HRD) and represents a novel therapeutic strategy for the ...Inhibition of the deubiquitinating enzyme USP1 can induce synthetic lethality in tumors characterized by homologous recombination deficiency (HRD) and represents a novel therapeutic strategy for the treatment of BRCA1/2-mutant cancers, potentially including patients whose tumors have primary or acquired resistance to PARP inhibitors (PARPi). In this study, we present a comprehensive characterization of TNG348, an allosteric, selective, and reversible inhibitor of USP1. TNG348 induces dose-dependent accumulation of ubiquitinated protein substrates both in vitro and in vivo. CRISPR screens show that TNG348 exerts its antitumor effect by disrupting the translesion synthesis pathway of DNA damage tolerance through RAD18-dependent ubiquitinated PCNA. Although TNG348 and PARPi share the ability to selectively kill HRD tumor cells, CRISPR screens reveal that TNG348 and PARPi do so through discrete mechanisms. Particularly, knocking out PARP1 causes resistance to PARPi but sensitizes cells to TNG348 treatment. Consistent with these findings, combination of TNG348 with PARPi leads to synergistic antitumor effects in HRD tumors, resulting in tumor growth inhibition and regression in multiple mouse xenograft tumor models. Importantly, our data on human cancer models further show that the addition of TNG348 to PARPi treatment can overcome acquired PARPi resistance in vivo. Although the clinical development of TNG348 has been discontinued because of unexpected liver toxicity in patients (NCT06065059), the present data provide preclinical and mechanistic support for the continued exploration of USP1 as a drug target for the treatment of patients with BRCA1/2-mutant or HRD cancers.
履歴
登録2024年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47889.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47889.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 253.8 Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 253.8 Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 253.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.846 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-2.1330411 - 3.3903952
平均 (標準偏差)-0.0010856558 (±0.0727039)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 253.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47889_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map A

ファイルemd_47889_half_map_1.map
注釈half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map B

ファイルemd_47889_half_map_2.map
注釈half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : USP1-UAF1-Ub complex with TNG348

全体名称: USP1-UAF1-Ub complex with TNG348
要素
  • 複合体: USP1-UAF1-Ub complex with TNG348
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 48
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1
  • リガンド: 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-9-({4-[1-methyl-4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-2-yl]phenyl}methyl)-7-(2,2,2-trifluoroethyl)-7,9-dihydro-8H-purin-8-imine

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超分子 #1: USP1-UAF1-Ub complex with TNG348

超分子名称: USP1-UAF1-Ub complex with TNG348 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: USP1-UAF1 co-expressed and purified; Ub-VS then used to covalently modify USP1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 174 KDa

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分子 #1: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: vinyl sulfone modification at C-terminus / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.519778 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRG

UniProtKB: Polyubiquitin-B

-
分子 #2: WD repeat-containing protein 48

分子名称: WD repeat-containing protein 48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: C-terminal Flag tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 77.309359 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAHHRQNTA GRRKVQVSYV IRDEVEKYNR NGVNALQLDP ALNRLFTAGR DSIIRIWSVN QHKQDPYIAS MEHHTDWVND IVLCCNGKT LISASSDTTV KVWNAHKGFC MSTLRTHKDY VKALAYAKDK ELVASAGLDR QIFLWDVNTL TALTASNNTV T TSSLSGNK ...文字列:
MAAHHRQNTA GRRKVQVSYV IRDEVEKYNR NGVNALQLDP ALNRLFTAGR DSIIRIWSVN QHKQDPYIAS MEHHTDWVND IVLCCNGKT LISASSDTTV KVWNAHKGFC MSTLRTHKDY VKALAYAKDK ELVASAGLDR QIFLWDVNTL TALTASNNTV T TSSLSGNK DSIYSLAMNQ LGTIIVSGST EKVLRVWDPR TCAKLMKLKG HTDNVKALLL NRDGTQCLSG SSDGTIRLWS LG QQRCIAT YRVHDEGVWA LQVNDAFTHV YSGGRDRKIY CTDLRNPDIR VLICEEKAPV LKMELDRSAD PPPAIWVATT KST VNKWTL KGIHNFRASG DYDNDCTNPI TPLCTQPDQV IKGGASIIQC HILNDKRHIL TKDTNNNVAY WDVLKACKVE DLGK VDFED EIKKRFKMVY VPNWFSVDLK TGMLTITLDE SDCFAAWVSA KDAGFSSPDG SDPKLNLGGL LLQALLEYWP RTHVN PMDE EENEVNHVNG EQENRVQKGN GYFQVPPHTP VIFGEAGGRT LFRLLCRDSG GETESMLLNE TVPQWVIDIT VDKNMP KFN KIPFYLQPHA SSGAKTLKKD RLSASDMLQV RKVMEHVYEK IINLDNESQT TSSSNNEKPG EQEKEEDIAV LAEEKIE LL CQDQVLDPNM DLRTVKHFIW KSGGDLTLHY RQKSTDYKDD DDK

UniProtKB: WD repeat-containing protein 48

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分子 #3: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1

分子名称: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.406344 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GMPGVIPSES NGLSRGSPSK KNRLSLKFFQ KKETKRALDF TDSQENEEKA SEYRASEIDQ VVPAAQSSPI NCEKRENLLP FVGLNNLGN TCYLNSILQV LYFCPGFKSG VKHLFNIISR KKEALKDEAN QKDKGNCKED SLASYELICS LQSLIISVEQ L QASFLLNP ...文字列:
GMPGVIPSES NGLSRGSPSK KNRLSLKFFQ KKETKRALDF TDSQENEEKA SEYRASEIDQ VVPAAQSSPI NCEKRENLLP FVGLNNLGN TCYLNSILQV LYFCPGFKSG VKHLFNIISR KKEALKDEAN QKDKGNCKED SLASYELICS LQSLIISVEQ L QASFLLNP EKYTDELATQ PRRLLNTLRE LNPMYEGYLQ HDAQEVLQCI LGNIQETCQL LKKEEVKNVA ELPTKVEEIP HP KEEMNGI NSIEMDSMRH SEDFKEKLPK GNGKRKSDTE FGNMKKKVKL SKEHQSLEEN QRQTRSKRKA TSDTLESPPK IIP KYISEN ESPRPSQKKS RVKINWLKSA TKQPSILSKF CSLGKITTNQ GVKGQSKENE CDPEEDLGKC ESDNTTNGCG LESP GNTVT PVNVNEVKPI NKGEEQIGFE LVEKLFQGQL VLRTRCLECE SLTERREDFQ DISVPVQEDE LSKVEESSEI SPEPK TEMK TLRWAISQFA SVERIVGEDK YFCENCHHYT EAERSLLFDK MPEVITIHLK CFAASGLEFD CYGGGLSKIN TPLLTP LKL SLEEWSTKPT NDSYGLFAVV MHSGITISSG HYTASVKVTD LNSLELDKGN FVVDQMCEIG KPEPLNEEEA RGVVENY ND EEVSIRVGGN TQPSKVLNKK NVEAIGLLAA QKSKADYELY NKASNPDKVA STAFAENRNS ETSDTTGTHE SDRNKESS D QTGINISGFE NKISYVVQSL KEYEGKWLLF DDSEVKVTEE KDFLNSLSPS TSPTSTPYLL FYKKL

UniProtKB: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 1

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分子 #4: 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine

分子名称: 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1A4Y
分子量理論値: 137.201 Da

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: 2-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-9-({4-[1-methyl-4-(trif...

分子名称: 2-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-9-({4-[1-methyl-4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-2-yl]phenyl}methyl)-7-(2,2,2-trifluoroethyl)-7,9-dihydro-8H-purin-8-imine
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1BHF
分子量理論値: 603.522 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
50.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chloride
5.0 %glycerol
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6175 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 51.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3700674
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5cvo

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3) / 使用した粒子像数: 151407
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5cvo

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7ay2

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7ay2

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9ebs:
Cryo-EM structure of USP1-UAF1-Ubiquitin in complex with TNG348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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