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万見
- EMDB-47849: Montaged cryo-ET map of individual particle 3D reconstructions of... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47849
タイトルMontaged cryo-ET map of individual particle 3D reconstructions of ~2 kb negatively supercoiled plasmids (delta Lk centered on -15) under near physiological salt condition (40 mM K+, 5 mM Mg2+) with dCas9 bound
マップデータMontaged cryo-ET map of individual particle 3D reconstructions of ~2 kb negatively supercoiled plasmids (delta Lk centered on -15) under near physiological salt condition (40 mM K , 5 mM Mg2 ) with dC
試料
  • 複合体: 2 kb negatively supercoiled pUC19 plasmids containing a T7A1-U promoter with dCas9 bound
キーワードDNA Supercoiling / Transcription regulation / Cryo-Electron Tomography (cryo-ET) / Topological Domains / DNA
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Zhang M / Bustamante C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Interplay Between DNA Supercoiling and RNA Polymerase Localization at Plectoneme Apices Modulate Transcription Dynamics
著者: Zhang M / Bustamante C
履歴
登録2024年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47849.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47849.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Montaged cryo-ET map of individual particle 3D reconstructions of ~2 kb negatively supercoiled plasmids (delta Lk centered on -15) under near physiological salt condition (40 mM K , 5 mM Mg2 ) with dC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.69 Å/pix.
x 200 pix.
= 2338. Å		11.69 Å/pix.
x 1000 pix.
= 11690. Å		11.69 Å/pix.
x 1400 pix.
= 16365.999 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大0.0 - 4.312501
平均 (標準偏差)0.0011048244 (±0.03481981)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ10001400200
Spacing14001000200
セルA: 16365.999 Å / B: 11690.0 Å / C: 2338.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 2 kb negatively supercoiled pUC19 plasmids containing a T7A1-U pr...

全体名称: 2 kb negatively supercoiled pUC19 plasmids containing a T7A1-U promoter with dCas9 bound
要素
  • 複合体: 2 kb negatively supercoiled pUC19 plasmids containing a T7A1-U promoter with dCas9 bound

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超分子 #1: 2 kb negatively supercoiled pUC19 plasmids containing a T7A1-U pr...

超分子名称: 2 kb negatively supercoiled pUC19 plasmids containing a T7A1-U promoter with dCas9 bound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 詳細: pUC19 plasmid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 130.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア: (名称: EMAN2, SPIDER) / 使用した粒子像数: 35
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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