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- EMDB-47832: Structure of nanobody AT206 in complex with the losartan-bound an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47832
タイトルStructure of nanobody AT206 in complex with the losartan-bound angiotensin II type I receptor (AT1R)
マップデータLocal map of AT206-AT1RBril-losartan complex
試料
  • 複合体: Nanobody AT206 in complex with the losartan-bound angiotensin II type I receptor (AT1R)
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody AT206,Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain
  • リガンド: [2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードGPCR / AT1R / nanobody / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / : ...angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / : / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of protein metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / Rho protein signal transduction / regulation of vasoconstriction / Peptide ligand-binding receptors / blood vessel diameter maintenance / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / cell chemotaxis / regulation of cell growth / calcium-mediated signaling / electron transport chain / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell population proliferation / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / protein heterodimerization activity / symbiont entry into host cell / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Type-1 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Skiba MA / Liu J / Kruse AC
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Helen Hay Whitney Foundation 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)K99HD110612 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R21HD101596 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA260415 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Epitope-directed selection of GPCR nanobody ligands with evolvable function.
著者: Meredith A Skiba / Clare Canavan / Genevieve R Nemeth / Jinghan Liu / Ali Kanso / Andrew C Kruse /
要旨: Antibodies have the potential to target G protein-coupled receptors (GPCRs) with high receptor, cellular, and tissue selectivity; however, few antibody ligands for GPCRs exist. Here, we describe a ...Antibodies have the potential to target G protein-coupled receptors (GPCRs) with high receptor, cellular, and tissue selectivity; however, few antibody ligands for GPCRs exist. Here, we describe a generalizable selection method to enrich for GPCR ligands from a synthetic camelid antibody fragment (nanobody) library. Our strategy yielded multiple nanobody ligands for the angiotensin II type I receptor (AT1R), a prototypical GPCR and important drug target. We found that nanobodies readily act as allosteric modulators, encoding selectivity for both the receptor and chemical features of GPCR ligands. We then used structure-guided design to convert two nanobodies from allosteric ligands to competitive AT1R inhibitors through simple mutations. This work demonstrates that nanobodies can encode multiple pharmacological behaviors and have great potential as evolvable scaffolds for the development of next-generation GPCR therapeutics.
履歴
登録2024年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47832.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local map of AT206-AT1RBril-losartan complex
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 352 pix.
= 292.16 Å		0.83 Å/pix.
x 352 pix.
= 292.16 Å		0.83 Å/pix.
x 352 pix.
= 292.16 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.7091434 - 1.079641
平均 (標準偏差)0.00003793199 (±0.013170009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 292.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Global J68 Global map of AT206-AT1RBril-losartan complex, half map

ファイルemd_47832_additional_1.map
注釈Global J68 Global map of AT206-AT1RBril-losartan complex, half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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ヒストグラム

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追加マップ: Global J68 Global map of AT206-AT1RBril-losartan complex, half map

ファイルemd_47832_additional_2.map
注釈Global J68 Global map of AT206-AT1RBril-losartan complex, half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Global J68 Global map of AT206-AT1RBril-losartan complex

ファイルemd_47832_additional_3.map
注釈Global J68 Global map of AT206-AT1RBril-losartan complex
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: Local map of AT206-AT1RBril-losartan complex, half map

ファイルemd_47832_half_map_1.map
注釈Local map of AT206-AT1RBril-losartan complex, half map
投影像・断面図
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ハーフマップ: Local map of AT206-AT1RBril-losartan complex, half map

ファイルemd_47832_half_map_2.map
注釈Local map of AT206-AT1RBril-losartan complex, half map
投影像・断面図
軸ZYX

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試料の構成要素

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全体 : Nanobody AT206 in complex with the losartan-bound angiotensin II ...

全体名称: Nanobody AT206 in complex with the losartan-bound angiotensin II type I receptor (AT1R)
要素
  • 複合体: Nanobody AT206 in complex with the losartan-bound angiotensin II type I receptor (AT1R)
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody AT206,Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain
  • リガンド: [2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Nanobody AT206 in complex with the losartan-bound angiotensin II ...

超分子名称: Nanobody AT206 in complex with the losartan-bound angiotensin II type I receptor (AT1R)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Nanobody AT206,Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562

分子名称: Nanobody AT206,Type-1 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.542836 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCAASGSISY YRMGWYRQAP GKEREFVAGI GVGTTTNYAD SVKGRFTISR DNAKNTVYLQ MNSLKPEDT AVYYCAAYNY FPRSIVYYYV YWGQGTQVTV SSGGSGEDQV DPRLIDGKIL NSSTEDGIKR IQDDCPKAGR H NYIFVMIP ...文字列:
QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCAASGSISY YRMGWYRQAP GKEREFVAGI GVGTTTNYAD SVKGRFTISR DNAKNTVYLQ MNSLKPEDT AVYYCAAYNY FPRSIVYYYV YWGQGTQVTV SSGGSGEDQV DPRLIDGKIL NSSTEDGIKR IQDDCPKAGR H NYIFVMIP TLYSIIFVVG IFGNSLVVIV IYFYMKLKTV ASVFLLNLAL ADLCFLLTLP LWAVYTAMEY RWPFGNYLCK IA SASVSFN LYASVFLLTC LSIDRYLAIV HPMKSRLRRT MLVAKVTCII IWLLAGLASL PAIIHRNVFF IENTNITVCA FHY ESQNST LPIGLGLTKN ILGFLFPFLI ILTSYTLIWK ALKKAYDLED NWETLNDNLK VIEKADNAAQ VKDALTKMRA AALD AQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRHG FDILVGQIDD ALKLANEGKV KEAQAAAEQL KTTRNAYIQK YLERARSTLD KLNDD IFKI IMAIVLFFFF SWIPHQIFTF LDVLIQLGII RDCRIADIVD TAMPITICIA YFNNCLNPLF YGFLGKKFKR YFLQLL KYG GSSLEVLFQG PTETSQVAPA

UniProtKB: Type-1 angiotensin II receptor, Soluble cytochrome b562, Type-1 angiotensin II receptor

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分子 #2: BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain

分子名称: BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.539314 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCD

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分子 #3: BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain

分子名称: BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.541164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: [2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]ph...

分子名称: [2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: LSN
分子量理論値: 422.911 Da
Chemical component information

ChemComp-LSN:
[2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol / ロサルタン / 薬剤*YM

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4322 / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1748565
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 379250
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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