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- EMDB-47796: Pseudomonas aeruginosa MexY -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47796
タイトルPseudomonas aeruginosa MexY
マップデータ
試料
  • 複合体: MexY
    • タンパク質・ペプチド: Efflux pump membrane transporter
キーワードPseudomonsa aeruginosa / MexY / RND / Efflux / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Gregor WD / Maharjan R / Zhang Z / Yu EW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI145069 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa MexY
著者: Gregor WD / Maharjan R / Zhang Z / Yu EW
履歴
登録2024年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47796.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47796.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.2 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.2 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.3587196 - 0.68962556
平均 (標準偏差)-0.00021524368 (±0.028674109)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 385.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47796_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47796_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MexY

全体名称: MexY
要素
  • 複合体: MexY
    • タンパク質・ペプチド: Efflux pump membrane transporter

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超分子 #1: MexY

超分子名称: MexY / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: Efflux pump membrane transporter

分子名称: Efflux pump membrane transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 111.287914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MARFFIDRPV FAWVISLLIV LAGVLAIRFL PVAQYPDIAP PVVNVSASYP GASAKVVEEA VTAIIEREMN GAPGLLYTKA TSSTGQASL TLTFRQGVNA DLAAVEVQNR LKIVESRLPE SVRRDGIYVE KAADSIQLIV TLTSSSGRYD AMELGEIASS N VLQALRRV ...文字列:
MARFFIDRPV FAWVISLLIV LAGVLAIRFL PVAQYPDIAP PVVNVSASYP GASAKVVEEA VTAIIEREMN GAPGLLYTKA TSSTGQASL TLTFRQGVNA DLAAVEVQNR LKIVESRLPE SVRRDGIYVE KAADSIQLIV TLTSSSGRYD AMELGEIASS N VLQALRRV EGVGKVETWG AEYAMRIWPD PAKLTSMNLS ASDLVNAVRR HNARLTVGDI GNLGVPDSAP ISATVKVDDT LV TPEQFGE IPLRIRADGG AIRLRDVARV EFGQSEYGFV SRVNQMTATG LAVKMAPGSN AVATAKRIRA TLDELSRYFP EGV SYNIPY DTSAFVEISI RKVVSTLLEA MLLVFAVMYL FMQNFRATLI PTLVVPVALL GTFTVMLGLG FSINVLTMFG MVLA IGILV DDAIIVVENV ERLMAEEGLS PHDATVKAMR QISGAIVGIT VVLVSVFVPM AFFSGAVGNI YRQFAVTLAV SIGFS AFLA LSLTPALCAT LLRPIDADHH EKRGFFGWFN RAFLRLTGRY RNAVAGILAR PIRWMLVYAL VIGVVALLFV RLPQAF LPE EDQGDFMIMV MQPEGTPMAE TMANVGDVER YLAEHEPVAY AYAVGGFSLY GDGTSSAMIF ATLKDWSERR EASQHVG AI VERINQRFAG LPNRTVYAMN SPPLPDLGST SGFDFRLQDR GGVGYEALVK ARDQLLARAA EDPRLANVMF AGQGEAPQ I RLDIDRRKAE TLGVSMDEIN TTLAVMFGSD YIGDFMHGSQ VRKVVVQADG AKRLGIDDIG RLHVRNEQGE MVPLATFAK AAWTLGPPQL TRYNGYPSFN LEGQAAPGYS SGEAMQAMEQ LMQGLPEGIA HEWSGQSFEE RLSGAQAPAL FALSVLIVFL ALAALYESW SIPLAVILVV PLGVLGALLG VSLRGLPNDI YFKVGLITII GLSAKNAILI IEVAKDHYQE GMSLLQATLE A ARLRLRPI VMTSLAFGFG VVPLALSSGA GSGAQVAIGT GVLGGIVTAT VLAVFLVPLF FLVVGRLFRL RKA

UniProtKB: Efflux pump membrane transporter

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris HCl
100.0 mMsodium chlorideNaCl
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 37.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2124205
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8886
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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