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- EMDB-47746: Local refinement of Arp2 in the map of Coronin-7 CA bound to Arp2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47746
タイトルLocal refinement of Arp2 in the map of Coronin-7 CA bound to Arp2/3 complex
マップデータmap
試料
  • 複合体: Local refinement of Arp2 in the map of Coronin-7 CA bound to Arp2/3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2 (Arp2)
  • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 3 (Arp3)
  • タンパク質・ペプチド: ArpC1
  • タンパク質・ペプチド: ArpC2
  • タンパク質・ペプチド: ArpC3
  • タンパク質・ペプチド: ArpC4
  • タンパク質・ペプチド: ArpC5
  • タンパク質・ペプチド: Coronin-7 CA
キーワードcytoskeleton / actin / cell motility / PROTEIN BINDING
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Fregoso FE / Barrie KR / Dominguez R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM073791 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coronin-7 is an Arp2/3 complex debrancher
著者: Fregoso FE / Barrie KR / Saks AJ / Dominguez R
履歴
登録2024年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47746.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47746.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.92 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.92 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.08556205 - 0.20415412
平均 (標準偏差)0.00047843673 (±0.005492653)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47746_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 2

ファイルemd_47746_half_map_1.map
注釈half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 1

ファイルemd_47746_half_map_2.map
注釈half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Local refinement of Arp2 in the map of Coronin-7 CA bound to Arp2...

全体名称: Local refinement of Arp2 in the map of Coronin-7 CA bound to Arp2/3 complex
要素
  • 複合体: Local refinement of Arp2 in the map of Coronin-7 CA bound to Arp2/3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2 (Arp2)
  • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 3 (Arp3)
  • タンパク質・ペプチド: ArpC1
  • タンパク質・ペプチド: ArpC2
  • タンパク質・ペプチド: ArpC3
  • タンパク質・ペプチド: ArpC4
  • タンパク質・ペプチド: ArpC5
  • タンパク質・ペプチド: Coronin-7 CA

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超分子 #1: Local refinement of Arp2 in the map of Coronin-7 CA bound to Arp2...

超分子名称: Local refinement of Arp2 in the map of Coronin-7 CA bound to Arp2/3 complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
分子量理論値: 230 KDa

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分子 #1: Actin-related protein 2 (Arp2)

分子名称: Actin-related protein 2 (Arp2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MDSQGRKVVV CDNGTGFVKC GYAGSNFPEH IFPALVGRPI IRSTTKVGNI EIKDLMVGDE ASELRSMLEV NYPMENGIVR NWDDMKHLWD YTFGPEKLNI DTRNCKILLT EPPMNPTKNR EKIVEVMFET YQFSGVYVAI QAVLTLYAQG LLTGVVVDSG DGVTHICPVY ...文字列:
MDSQGRKVVV CDNGTGFVKC GYAGSNFPEH IFPALVGRPI IRSTTKVGNI EIKDLMVGDE ASELRSMLEV NYPMENGIVR NWDDMKHLWD YTFGPEKLNI DTRNCKILLT EPPMNPTKNR EKIVEVMFET YQFSGVYVAI QAVLTLYAQG LLTGVVVDSG DGVTHICPVY EGFSLPHLTR RLDIAGRDIT RYLIKLLLLR GYAFNHSADF ETVRMIKEKL CYVGYNIEQE QKLALETTVL VESYTLPDGR IIKVGGERFE APEALFQPHL INVEGVGVAE LLFNTIQAAD IDTRSEFYKH IVLSGGSTMY PGLPSRLERE LKQLYLERVL KGDVEKLSKF KIRIEDPPRR KHMVFLGGAV LADIMKDKDN FWMTRQEYQE KGVRVLEKLG VTVR

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分子 #2: Actin-related protein 3 (Arp3)

分子名称: Actin-related protein 3 (Arp3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MAGRLPACVV DCGTGYTKLG YAGNTEPQFI IPSCIAIKES AKVGDQAQRR VMKGVDDLDF FIGDEAIEKP TYATKWPIRH GIVEDWDLME RFMEQVIFKY LRAEPEDHYF LLTEPPLNTP ENREYTAEIM FESFNVPGLY IAVQAVLALA ASWTSRQVGE RTLTGTVIDS ...文字列:
MAGRLPACVV DCGTGYTKLG YAGNTEPQFI IPSCIAIKES AKVGDQAQRR VMKGVDDLDF FIGDEAIEKP TYATKWPIRH GIVEDWDLME RFMEQVIFKY LRAEPEDHYF LLTEPPLNTP ENREYTAEIM FESFNVPGLY IAVQAVLALA ASWTSRQVGE RTLTGTVIDS GDGVTHVIPV AEGYVIGSCI KHIPIAGRDI TYFIQQLLRD REVGIPPEQS LETAKAVKER YSYVCPDLVK EFNKYDTDGS KWIKQYTGIN AISKKEFSID VGYERFLGPE IFFHPEFANP DFTQPISEVV DEVIQNCPID VRRPLYKNIV LSGGSTMFRD FGRRLQRDLK RTVDARLKLS EELSGGRLKP KPIDVQVITH HMQRYAVWFG GSMLASTPEF YQVCHTKKDY EEIGPSICRH NPVFGVMS

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分子 #3: ArpC1

分子名称: ArpC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MSLHQFLLEP ITCHAWNRDR TQIALSPNNH EVHIYKKNGG QWVKAHELKE HNGHITGIDW APKSDRIVTC GADRNAYVWS QKDGVWKPTL VILRINRAAT FVKWSPLENK FAVGSGARLI SVCYFESEND WWVSKHIKKP IRSTVLSLDW HPNNVLLAAG SCDFKCRVFS ...文字列:
MSLHQFLLEP ITCHAWNRDR TQIALSPNNH EVHIYKKNGG QWVKAHELKE HNGHITGIDW APKSDRIVTC GADRNAYVWS QKDGVWKPTL VILRINRAAT FVKWSPLENK FAVGSGARLI SVCYFESEND WWVSKHIKKP IRSTVLSLDW HPNNVLLAAG SCDFKCRVFS AYIKEVDEKP ASTPWGSKMP FGQLMSEFGG SGTGGWVHGV SFSASGSRLA WVSHDSTVSV ADASKSVQVS TLKTEFLPLL SVSFVSENSV VAAGHDCCPM LFNYDDRGCL TFVSKLDIPK QSIQRNMSAM ERFRNMDKRA TTEDRNTALE TLHQNSITQV SIYEVDKQDC RKFCTTGIDG AMTIWDFKTL ESSIQGLRIM

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分子 #4: ArpC2

分子名称: ArpC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MILLEVNNRI IEETLALKFE NAAAGNKPEA VEVTFADFDG VLYHISNPNG DKTKVMVSIS LKFYKELQAH GADELLKRVY GSYLVNPESG YNVSLLYDLE NLPASKDSIV HQAGMLKRNC FASVFEKYFQ FQEEGKEGEN RAVIHYRDDE TMYVESKKDR VTVVFSTVFK ...文字列:
MILLEVNNRI IEETLALKFE NAAAGNKPEA VEVTFADFDG VLYHISNPNG DKTKVMVSIS LKFYKELQAH GADELLKRVY GSYLVNPESG YNVSLLYDLE NLPASKDSIV HQAGMLKRNC FASVFEKYFQ FQEEGKEGEN RAVIHYRDDE TMYVESKKDR VTVVFSTVFK DDDDVVIGKV FMQEFKEGRR ASHTAPQVLF SHREPPLELK DTDAAVGDNI GYITFVLFPR HTNASARDNT INLIHTFRDY LHYHIKCSKA YIHTRMRAKT SDFLKVLNRA RPDAEKKEMK TITGKTFSSR

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分子 #5: ArpC3

分子名称: ArpC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
MPAYHSSLMD PDTKLIGNMA LLPIRSQFKG PAPRETKDTD IVDEAIYYFK ANVFFKNYEI KNEADRTLIY ITLYISECLK KLQKCNSKSQ GEKEMYTLGI TNFPIPGEPG FPLNAIYAKP ANKQEDEVMR AYLQQLRQET GLRLCEKVFD PQNDKPSKWW TCFVKRQFMN KSLSGPGQ

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分子 #6: ArpC4

分子名称: ArpC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
MTATLRPYLS AVRATLQAAL CLENFSSQVV ERHNKPEVEV RSSKELLLQP VTISRNEKEK VLIEGSINSV RVSIAVKQAD EIEKILCHKF MRFMMMRAEN FFILRRKPVE GYDISFLITN FHTEQMYKHK LVDFVIHFME EIDKEISEMK LSVNARARIV AEEFLKNF

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分子 #7: ArpC5

分子名称: ArpC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
MSKNTVSSAR FRKVDVGEYD ENKFVDEEDG GDGQAGPDEG EVDSCLRQGN MTAALQAALK NPPINTKSQA VKDRAGSIVL KVLISFKAND IEKAVQSLDK NGVDLLMKYI YKGFESPSDN SSAVLLQWHE KALAAGGVGS IVRVLTARKT V

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分子 #8: Coronin-7 CA

分子名称: Coronin-7 CA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SDQQKKEELL NAMVAKLGNR EDPLPQDSFE GVDEDEWD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: 4D-STEM / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59592
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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