EMDB-47736: CNS-11g alone fibril

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-47736

タイトル

CNS-11g alone fibril

マップデータ

試料

複合体: CNS-11g alone fibril

キーワード

Small molecule fibril assembly / Amyloid disaggregator. / UNKNOWN FUNCTION

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Lu J / Sawaya MR

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The small molecule CNS-11g forms amyloid-like fibrils that disassemble pathological alpha-synuclein fibrils
著者: Lu J / Sawaya MR / Cheng XY / Murrali MG / Ge P / Jiang YX / Cascio D / Lutter L / Boyer DR / Williams CK / Shino M / Feigon J / Chaturvedi S / Alexandrova A / Eisenberg DS

履歴

登録	2024年11月6日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年11月12日	-
マップ公開	2025年11月12日	-
更新	2025年11月12日	-
現状	2025年11月12日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_47736.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_47736.map.gz	81.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-47736-v30.xml emd-47736.xml	14.6 KB 14.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_47736_fsc.xml	11.3 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_47736.png	37.8 KB
Filedesc metadata	emd-47736.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_47736_half_map_1.map.gz emd_47736_half_map_2.map.gz	77.5 MB 77.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-47736 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-47736	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	47731C 47732C 47733C 47734C 47735C 9e8uC 9e8vC 9e8wC 9e8xC 9e8yC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_47736.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Y (Sec.)	X (Row.)	Z (Col.)
	1.06 Å/pix. x 288 pix. = 304.704 Å	1.06 Å/pix. x 288 pix. = 304.704 Å	1.06 Å/pix. x 288 pix. = 304.704 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.058 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 5.003
最小 - 最大	-16.659331999999999 - 23.784389999999998
平均 (標準偏差)	0.00000000024208 (±0.9942931)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_47736_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_47736_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : CNS-11g alone fibril

全体	名称: CNS-11g alone fibril
要素	複合体: CNS-11g alone fibril

-
超分子 #1: CNS-11g alone fibril

超分子	名称: CNS-11g alone fibril / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: A fibrillar assembly of small molecules CNS-11g
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 397.5 MDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4 / 詳細: 30mM Tris-HCl, pH 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 319 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細	CNS-11g alone fibrils

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.8 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 2.18 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 11592
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Gaussian blob
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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