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万見
- EMDB-47717: CPV2a capsid complexed with scFv1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47717
タイトルCPV2a capsid complexed with scFv1
マップデータSharpened asymmetric map of CPV2a-scFv1 complex
試料
  • ウイルス: Canine parvovirus 2a (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-chain of scFv clone 1
    • タンパク質・ペプチド: Heavy-chain of scFv clone 1
キーワードVirus / Antibody / Complex / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Canine parvovirus 2b (ウイルス) / Canis lupus familiaris (イヌ) / Canine parvovirus 2a (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Lee H / Hafenstein S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structures and functions of the limited natural polyclonal antibody response to parvovirus infection.
著者: Oluwafemi F Adu / Hyunwook Lee / Simon P Früh / Marta V Schoenle / Wendy S Weichert / Andrew I Flyak / Susan L Hafenstein / Colin R Parrish /
要旨: Host antibody responses are key components in the protection of animals against pathogens, yet the defining properties of viral antigens and induction of B cell responses that result in varied ...Host antibody responses are key components in the protection of animals against pathogens, yet the defining properties of viral antigens and induction of B cell responses that result in varied protection are still poorly understood. Parvoviruses are simple molecular structures that display 60 repeated motifs on their capsid surface, and rapidly induce strong antibody responses that protect animals from infection. We recently showed that following canine parvovirus infection of its natural host, the polyclonal response in the sera contained only two or three dominant antibodies that bound two epitopes on the capsid. Here, we characterize key antibodies present in that immune response, identifying their sequences, defining their binding properties on the capsid by cryoelectron microscopic (cryoEM) analysis, and testing their effects on viral infectivity. Two antibodies sharing the same heavy chain bound to the side of the capsid threefold spike (B-site), while another distinct antibody bound close to the threefold axis (A-site). The epitopes of these antibodies overlapped the binding site of the host receptor, the transferrin receptor type-1, but to varying degrees. The antibodies varied widely in their neutralization efficiencies as either immunoglobulins (IgGs) or monomeric antigen-binding fragments (Fabs), which was consistent with their ability to compete for the receptor. The monoclonal antibodies characterized here matched the structures from the cryoEM analysis of polyclonal sera, including those present in a different dog than the monoclonal source. This shows that after infection, a focused response to the viral antigen is produced that protects against infection.
履歴
登録2024年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47717.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened asymmetric map of CPV2a-scFv1 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 448 pix.
= 430.08 Å		0.96 Å/pix.
x 448 pix.
= 430.08 Å		0.96 Å/pix.
x 448 pix.
= 430.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.07405423 - 1.9408501
平均 (標準偏差)0.0076555274 (±0.06679776)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-224-224-224
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 430.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map A of CPV2a-scFv1 complex

ファイルemd_47717_half_map_1.map
注釈Half-map A of CPV2a-scFv1 complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B of CPV2a-scFv1 complex

ファイルemd_47717_half_map_2.map
注釈Half-map B of CPV2a-scFv1 complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Canine parvovirus 2a

全体名称: Canine parvovirus 2a (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Canine parvovirus 2a (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-chain of scFv clone 1
    • タンパク質・ペプチド: Heavy-chain of scFv clone 1

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超分子 #1: Canine parvovirus 2a

超分子名称: Canine parvovirus 2a / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 497961 / 生物種: Canine parvovirus 2a / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canine parvovirus 2b (ウイルス)
分子量理論値: 64.745559 KDa
組換発現生物種: Felis catus (イエネコ)
配列文字列: MSDGAVQPDG GQPAVRNERA TGSGNGSGGG GGGGSGGVGI STGTFNNQTE FKFLENGWVY ITANSSRLVH LNMPESENYR RVVVNNLDK TAVNGNMALD DTHAEIVTPW SLVDANAWGV WFNPGDWQLI VNTMSELHLV SFEQEIFNVV LKTVSESATQ P PTKVYNND ...文字列:
MSDGAVQPDG GQPAVRNERA TGSGNGSGGG GGGGSGGVGI STGTFNNQTE FKFLENGWVY ITANSSRLVH LNMPESENYR RVVVNNLDK TAVNGNMALD DTHAEIVTPW SLVDANAWGV WFNPGDWQLI VNTMSELHLV SFEQEIFNVV LKTVSESATQ P PTKVYNND LTASLMVALD SNNTMPFTPA AMRSETLGFY PWKPTIPTPW RYYFQWDRTL IPSHTGTSGT PTNIYHGTDP DD VQFYTIE NSVPVHLLRT GDEFATGTFF FDCKPCRLTH TWQTNRALGL PPFLNSLPQS EGGTNFGYIG VQQDKRRGVT QMG NTNYIT EATIMRPAEV GYSAPYYSFE ASTQGPFKTP IAAGRGGAQT DENQAADGDP RYAFGRQHGQ KTTTTGETPE RFTY IAHQD TGRYPEGDWI QNINFNLPVT DDNVLLPTDP IGGKTGINYT NIFNTYGPLT ALNNVPPVYP NGQIWDKEFD TDLKP RLHV NAPFVCQNNC PGQLFVKVAP NLTNQYDPDA SANMSRIVTY SDFWWKGKLV FKAKLRASHT WNPIQQMSIN VDNQFN YVP SNIGGMKIVY EKSQLAPRKL Y

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: Light-chain of scFv clone 1

分子名称: Light-chain of scFv clone 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 11.330359 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
VLTQLPSVSG SLGQRVTISC IGSSSNVGYG NYVGWYQQVP GTSPKTLIYS SDSRPSGVPD RFSASRSGST ATLTISGLQA EDEADYYCS SYDTSLSGIV FGGGTHLTVL

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分子 #3: Heavy-chain of scFv clone 1

分子名称: Heavy-chain of scFv clone 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 14.414052 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
EGQLAESGGD LVKPGGSLRL SCVASGSTFR NSHMTWVRQA PGKGLQWVAN IDSGAFTTDY VDAVRGRFTV SRDNARNTMY LQMNSLRAE DTAVYYCATM KTSYCIDENC FSFQAGRGVF DKWGQGTLVT VSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 49463
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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