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万見
- EMDB-47714: The native cardiac thin filament in the calcium bound state in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47714
タイトルThe native cardiac thin filament in the calcium bound state in the presence of Lmod2
マップデータThe native cardiac thin filament in the calcium bound state in the presence of Lmod2
試料
  • 複合体: Complex of Lmod2 with cardiac thin filament in calcium bound conditions
    • 複合体: Complex of Lmod2 with native cardiac thin filament in calcium bound conditions
キーワードcardiac thin filament / Lmod2 / calcium bound state / MOTOR PROTEIN
生物種Sus scrofa (ブタ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Risi CM / Galkin VE
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120137 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL160966 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2025
タイトル: Interaction of cardiac leiomodin with the native cardiac thin filament.
著者: Madison Little / Cristina M Risi / Tania M Larrinaga / Mason D Summers / Tyler Nguyen / Garry E Smith / Jennifer Atherton / Carol C Gregorio / Alla S Kostyukova / Vitold E Galkin /
要旨: Every heartbeat depends on cyclical contraction-relaxation produced by the interactions between myosin-containing thick and actin-based thin filaments (TFs) arranged into a crystalline-like lattice ...Every heartbeat depends on cyclical contraction-relaxation produced by the interactions between myosin-containing thick and actin-based thin filaments (TFs) arranged into a crystalline-like lattice in the cardiac sarcomere. Therefore, the maintenance of thin filament length is crucial for myocardium function. The thin filament is comprised of an actin backbone, the regulatory troponin complex and tropomyosin that controls interactions between thick and thin filaments. Thin filament length is controlled by the tropomodulin family of proteins; tropomodulin caps pointed ends of thin filaments, and leiomodin (Lmod) promotes elongation of thin filaments by a "leaky-cap" mechanism. The broader distribution of Lmod on the thin filament implied to the possibility of its interaction with the sides of thin filaments. Here, we use biochemical and structural approaches to show that cardiac Lmod (Lmod2) binds to a specific region on the native cardiac thin filament in a Ca2+-dependent manner. We demonstrate that Lmod2's unique C-terminal extension is required for binding to the thin filament actin backbone and suggest that interactions with the troponin complex assist Lmod2's localization on the surface of thin filaments. We propose that Lmod2 regulates the length of cardiac thin filaments in a working myocardium by protecting newly formed thin filament units during systole and promoting actin polymerization at thin filament pointed ends during diastole.
履歴
登録2024年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47714.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The native cardiac thin filament in the calcium bound state in the presence of Lmod2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 324 pix.
= 439.344 Å		1.36 Å/pix.
x 324 pix.
= 439.344 Å		1.36 Å/pix.
x 324 pix.
= 439.344 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.356 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0075
最小 - 最大-0.005490558 - 0.03475249
平均 (標準偏差)0.0001678616 (±0.0020994532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 439.344 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_47714_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_47714_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Lmod2 with cardiac thin filament in calcium bound cond...

全体名称: Complex of Lmod2 with cardiac thin filament in calcium bound conditions
要素
  • 複合体: Complex of Lmod2 with cardiac thin filament in calcium bound conditions
    • 複合体: Complex of Lmod2 with native cardiac thin filament in calcium bound conditions

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超分子 #1: Complex of Lmod2 with cardiac thin filament in calcium bound cond...

超分子名称: Complex of Lmod2 with cardiac thin filament in calcium bound conditions
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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超分子 #2: Complex of Lmod2 with native cardiac thin filament in calcium bou...

超分子名称: Complex of Lmod2 with native cardiac thin filament in calcium bound conditions
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5246 / 平均電子線量: 34.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1664623
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ko5

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: 6.1 Angstroms map filtered to 9A / 使用した粒子像数: 39373
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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