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- EMDB-47678: Cu-bound tetrameric copper storage protein 1 with anti-rhodopsin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47678
タイトルCu-bound tetrameric copper storage protein 1 with anti-rhodopsin 1D4 epitope
マップデータCu-bound tetrameric copper storage protein 1 with anti-rhodopsin 1D4 epitope
試料
  • 複合体: Cu-bound tetrameric copper storage protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Four-helix bundle copper-binding protein
キーワードtetrameric copper storage protein 1 / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性Twin-arginine translocation signal, Cys-rich four helix bundle protein / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / identical protein binding / Four-helix bundle copper-binding protein
機能・相同性情報
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Yao Y / Oken AC / Farrens DL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01 EY029343 米国
引用ジャーナル: Biophys J / 年: 2025
タイトル: A novel "bio-tag" for cryo-EM studies based on the small, electron-dense protein Csp1.
著者: Weekie Yao / Adam C Oken / David L Farrens
要旨: Small proteins can be challenging to study by single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) techniques because they have low signal-to-noise ratios, making them difficult to identify and ...Small proteins can be challenging to study by single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) techniques because they have low signal-to-noise ratios, making them difficult to identify and analyze. Here we investigated the use of Csp1, a small (∼50 kDa) tetrameric metal-binding protein, to act as a "bio-tag" to help overcome this problem. We find Csp1 is compact, stable, and exhibits enhanced electron scattering and excellent particle contrast in cryo-EM micrographs. As a result, we could determine the structure of Csp1 to 2.98-Å resolution using standard cryo-EM approaches. We also tested if Csp1 could be used as a tag or fiducial to help determine the structure of a protein bound to it. Specifically, we analyzed an epitope-tagged Csp1 bound to a ∼40 kDa Fab fragment from the antibody 1D4. Data from these complexes yielded medium-resolution structures of the complex (5.70 Å) and the bound 1D4 Fab (5.40 Å). These results suggest that, with further optimization, electron-rich Csp1 is a promising bio-tag for use in cryo-EM studies.
履歴
登録2024年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47678.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cu-bound tetrameric copper storage protein 1 with anti-rhodopsin 1D4 epitope
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 259.32 Å		0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 259.32 Å		0.65 Å/pix.
x 400 pix.
= 259.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6483 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.235
最小 - 最大-0.96076196 - 1.3023218
平均 (標準偏差)0.000087459506 (±0.020585122)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 259.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47678_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_47678_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_47678_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cu-bound tetrameric copper storage protein 1

全体名称: Cu-bound tetrameric copper storage protein 1
要素
  • 複合体: Cu-bound tetrameric copper storage protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Four-helix bundle copper-binding protein

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超分子 #1: Cu-bound tetrameric copper storage protein 1

超分子名称: Cu-bound tetrameric copper storage protein 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
分子量理論値: 54 KDa

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分子 #1: Four-helix bundle copper-binding protein

分子名称: Four-helix bundle copper-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
分子量理論値: 11.321135 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GAKYKALLDS SSHCVAVGED CLRHCFEMLA MNDASMGACT KATYDLVAAC GALAKLAGTN SAFTPAFAKV VADVCAACKK ECDKFPSIA ECKACGEACQ ACAEECHKVA A

UniProtKB: Four-helix bundle copper-binding protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7020 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6383264
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / ソフトウェア - 詳細: patch CTF correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5fje

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 125008
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5fje


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9e7j:
Cu-bound tetrameric copper storage protein 1 with anti-rhodopsin 1D4 epitope

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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