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万見
- EMDB-47577: Negative stain EM map of polyclonal serum from mouse immunized wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47577
タイトルNegative stain EM map of polyclonal serum from mouse immunized with MERS-CoV NTD-I53-50 in complex with MERS S-2P
マップデータNegative stain EM map of polyclonal serum from mouse immunized with MERS-CoV NTD-I53-50 in complex with MERS S-2P
試料
  • 複合体: Immune complex of prefusion MERS-CoV spike glycoprotein stabilized with 2P mutations with polyclonal Fabs from mice immunized with MERS-CoV NTD-I53-50.
キーワードFab / serum / immune complex / MERS-S2P / VIRAL PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Chao CW / King NP
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI167966 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-2140004 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Protein nanoparticle vaccines induce potent neutralizing antibody responses against MERS-CoV.
著者: Cara W Chao / Kaitlin R Sprouse / Marcos C Miranda / Nicholas J Catanzaro / Miranda L Hubbard / Amin Addetia / Cameron Stewart / Jack T Brown / Annie Dosey / Adian Valdez / Rashmi ...著者: Cara W Chao / Kaitlin R Sprouse / Marcos C Miranda / Nicholas J Catanzaro / Miranda L Hubbard / Amin Addetia / Cameron Stewart / Jack T Brown / Annie Dosey / Adian Valdez / Rashmi Ravichandran / Grace G Hendricks / Maggie Ahlrichs / Craig Dobbins / Alexis Hand / Jackson McGowan / Boston Simmons / Catherine Treichel / Isabelle Willoughby / Alexandra C Walls / Andrew T McGuire / Elizabeth M Leaf / Ralph S Baric / Alexandra Schäfer / David Veesler / Neil P King /
要旨: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a betacoronavirus that causes severe respiratory illness in humans. There are no licensed vaccines against MERS-CoV and only a few ...Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a betacoronavirus that causes severe respiratory illness in humans. There are no licensed vaccines against MERS-CoV and only a few candidates in phase I clinical trials. Here, we develop MERS-CoV vaccines utilizing a computationally designed protein nanoparticle platform that has generated safe and immunogenic vaccines against various enveloped viruses, including a licensed vaccine for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Two-component nanoparticles displaying spike (S)-derived antigens induce neutralizing responses and protect mice against challenge with mouse-adapted MERS-CoV. Epitope mapping reveals the dominant responses elicited by immunogens displaying the prefusion-stabilized S-2P trimer, receptor binding domain (RBD), or N-terminal domain (NTD). An RBD nanoparticle elicits antibodies targeting multiple non-overlapping epitopes in the RBD. Our findings demonstrate the potential of two-component nanoparticle vaccine candidates for MERS-CoV and suggest that this platform technology could be broadly applicable to betacoronavirus vaccine development.
履歴
登録2024年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47577.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47577.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of polyclonal serum from mouse immunized with MERS-CoV NTD-I53-50 in complex with MERS S-2P
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.49 Å/pix.
x 260 pix.
= 647.4 Å		2.49 Å/pix.
x 260 pix.
= 647.4 Å		2.49 Å/pix.
x 260 pix.
= 647.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.49 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.93
最小 - 最大-1.1580211 - 12.323987000000001
平均 (標準偏差)-0.0064179036 (±0.36815262)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 647.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Negative stain EM map of polyclonal serum from...

ファイルemd_47577_half_map_1.map
注釈Negative stain EM map of polyclonal serum from mouse immunized with MERS-CoV NTD-I53-50 in complex with MERS S-2P
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain EM map of polyclonal serum from...

ファイルemd_47577_half_map_2.map
注釈Negative stain EM map of polyclonal serum from mouse immunized with MERS-CoV NTD-I53-50 in complex with MERS S-2P
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Immune complex of prefusion MERS-CoV spike glycoprotein stabilize...

全体名称: Immune complex of prefusion MERS-CoV spike glycoprotein stabilized with 2P mutations with polyclonal Fabs from mice immunized with MERS-CoV NTD-I53-50.
要素
  • 複合体: Immune complex of prefusion MERS-CoV spike glycoprotein stabilized with 2P mutations with polyclonal Fabs from mice immunized with MERS-CoV NTD-I53-50.

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超分子 #1: Immune complex of prefusion MERS-CoV spike glycoprotein stabilize...

超分子名称: Immune complex of prefusion MERS-CoV spike glycoprotein stabilized with 2P mutations with polyclonal Fabs from mice immunized with MERS-CoV NTD-I53-50.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS L120C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Talos L120C / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab Initio model generation
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 3649
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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