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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4754 | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli AGPase in complex with FBP. | |||||||||
![]() | None | |||||||||
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![]() | ADP-glucose pyrophosphorilase Complex with FBP activator / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glucose-1-phosphate adenylyltransferase complex / glucose-1-phosphate adenylyltransferase / glucose-1-phosphate adenylyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / AMP binding / protein homotetramerization / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Cifuente JO / Comino N | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The allosteric control mechanism of bacterial glycogen biosynthesis disclosed by cryoEM 著者: Cifuente JO / Comino N / D'Angelo C / Marina A / Gil-Carton D / Albesa-Jove D / Guerin ME | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 128.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 28.2 MB 28.2 MB 15.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 530.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 530.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.047 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: None
ファイル | emd_4754_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: None
ファイル | emd_4754_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: None
ファイル | emd_4754_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : ADP.glucose pyrophosphorylase in complex with the activator FBP
全体 | 名称: ADP.glucose pyrophosphorylase in complex with the activator FBP |
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要素 |
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-超分子 #1: ADP.glucose pyrophosphorylase in complex with the activator FBP
超分子 | 名称: ADP.glucose pyrophosphorylase in complex with the activator FBP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Homotetrameric enzyme |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 194 KDa |
-分子 #1: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
分子 | 名称: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 433 Fructose 1,6-Bi-Phosphate / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glucose-1-phosphate adenylyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 48.75859 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVSLEKNDHL MLARQLPLKS VALILAGGRG TRLKDLTNKR AKPAVHFGGK FRIIDFALSN CINSGIRRMG VITQYQSHTL VQHIQRGWS FFNEEMNEFV DLLPAQQRMK GENWYRGTAD AVTQNLDIIR RYKAEYVVIL AGDHIYKQDY SRMLIDHVEK G ARCTVACM ...文字列: MVSLEKNDHL MLARQLPLKS VALILAGGRG TRLKDLTNKR AKPAVHFGGK FRIIDFALSN CINSGIRRMG VITQYQSHTL VQHIQRGWS FFNEEMNEFV DLLPAQQRMK GENWYRGTAD AVTQNLDIIR RYKAEYVVIL AGDHIYKQDY SRMLIDHVEK G ARCTVACM PVPIEEASAF GVMAVDENDK IIEFVEKPAN PPSMPNDPSK SLASMGIYVF DADYLYELLE EDDRDENSSH DF GKDLIPK ITEAGLAYAH PFPLSCVQSD PDAEPYWRDV GTLEAYWKAN LDLASVVPEL DMYDRNWPIR TYNESLPPAK FVQ DRSGSH GMTLNSLVSG GCVISGSVVV QSVLFSRVRV NSFCNIDSAV LLPEVWVGRS CRLRRCVIDR ACVIPEGMVI GENA EEDAR RFYRSEEGIV LVTREMLRKL GHKQER UniProtKB: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase |
-分子 #2: 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
分子 | 名称: 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: FBP |
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分子量 | 理論値: 340.116 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FBP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.35 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II | ||||||||
詳細 | Sample monodisperse on graphene oxide home made grids |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最高: 80.0 K |
詳細 | Titan Krios I - Ebic - Diamond Light Source |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |