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- EMDB-47539: Representative tomogram of WT-PopZ condensate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47539
タイトルRepresentative tomogram of WT-PopZ condensate
マップデータtomogram
試料
  • 複合体: polar organizing protein Z (PopZ)
キーワードCondensate / phase separation / bacteria / PROTEIN FIBRIL
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Lasker K / Park D
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2026
タイトル: The filamentous ultrastructure of the PopZ condensate is required for its cellular function.
著者: Daniel Scholl / Tumara Boyd / Andrew P Latham / Alexandra Salazar / Asma M A M Khan / Steven Boeynaems / Alex S Holehouse / Gabriel C Lander / Andrej Sali / Donghyun Park / Ashok A Deniz / Keren Lasker /
要旨: Biomolecular condensates have key roles in regulating cellular processes. Yet, the relationship between atomic features and condensate function remains poorly understood. We studied this relationship ...Biomolecular condensates have key roles in regulating cellular processes. Yet, the relationship between atomic features and condensate function remains poorly understood. We studied this relationship using the polar organizing protein Z (PopZ). Here, we revealed hierarchical assembly of PopZ into a filamentous condensate by integrating cryo-electron tomography, biochemistry, single-molecule techniques and molecular dynamics simulations. The PopZ helical domain drives filamentation and condensation, while the disordered region inhibits them. Phase-dependent conformational changes prevent interfilament contacts in the dilute phase and expose client-binding sites in the dense phase. Perturbing filament formation in vitro alters the dynamics of scaffold and client proteins and the condensate's wetting behavior. In cells, perturbing either filament formation or the ability of filaments to condense impairs PopZ function and leads to growth phenotypes. These findings establish a multiscale framework linking molecular interactions and condensate ultrastructure to cellular function.
履歴
登録2024年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47539.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 183.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈tomogram
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.3 Å/pix.
x 131 pix.
= 1742.824 Å		13.3 Å/pix.
x 720 pix.
= 9578.88 Å		13.3 Å/pix.
x 511 pix.
= 6798.344 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.304 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-37.962207999999997 - 13.043958999999999
平均 (標準偏差)-0.36883032 (±0.43509373)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720511131
Spacing511720131
セルA: 6798.3438 Å / B: 9578.88 Å / C: 1742.824 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : polar organizing protein Z (PopZ)

全体名称: polar organizing protein Z (PopZ)
要素
  • 複合体: polar organizing protein Z (PopZ)

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超分子 #1: polar organizing protein Z (PopZ)

超分子名称: polar organizing protein Z (PopZ) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: WT sequence
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 35
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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