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- EMDB-47518: Escherichia coli encapsulin-associated DyP peroxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47518
タイトルEscherichia coli encapsulin-associated DyP peroxidase
マップデータ
試料
  • 複合体: Escherichia coli KTE40 encapsulin-associated DyP peroxidase
    • タンパク質・ペプチド: Dyp-type peroxidase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
キーワードDye-decolorizing peroxidase / peroxidase / DyP / encapsulin / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Dyp-type peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Andreas MP / Ubilla NC / Giessen TW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical characterization of a widespread enterobacterial peroxidase encapsulin.
著者: Natalia C Ubilla-Rodriguez / Michael P Andreas / Tobias W Giessen
要旨: Encapsulins are self-assembling protein compartments found in prokaryotes and specifically encapsulate dedicated cargo enzymes. The most abundant encapsulin cargo class are Dye-decolorizing ...Encapsulins are self-assembling protein compartments found in prokaryotes and specifically encapsulate dedicated cargo enzymes. The most abundant encapsulin cargo class are Dye-decolorizing Peroxidases (DyPs). It has been previously suggested that DyP encapsulins are involved in oxidative stress resistance and bacterial pathogenicity due to DyPs' inherent ability to reduce and detoxify hydrogen peroxide while oxidizing a broad range of organic co-substrates. Here, we report the structural and biochemical analysis of a DyP encapsulin widely found across enterobacteria. Using bioinformatic approaches, we show that this DyP encapsulin is encoded by a conserved transposon-associated operon, enriched in enterobacterial pathogens. Through low pH and peroxide exposure experiments, we highlight the stability of this DyP encapsulin under harsh conditions and show that DyP catalytic activity is highest at low pH. We determine the structure of the DyP-loaded shell and free DyP via cryo-electron microscopy, revealing the structural basis for DyP cargo loading and peroxide preference. Our work lays the foundation to further explore the substrate range and physiological functions of enterobacterial DyP encapsulins.
履歴
登録2024年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47518.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47518.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.91 Å/pix.
x 256 pix.
= 232.96 Å		0.91 Å/pix.
x 256 pix.
= 232.96 Å		0.91 Å/pix.
x 256 pix.
= 232.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.30613226 - 0.51517224
平均 (標準偏差)0.0010788586 (±0.020197608)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 232.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47518_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47518_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli KTE40 encapsulin-associated DyP peroxidase

全体名称: Escherichia coli KTE40 encapsulin-associated DyP peroxidase
要素
  • 複合体: Escherichia coli KTE40 encapsulin-associated DyP peroxidase
    • タンパク質・ペプチド: Dyp-type peroxidase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: Escherichia coli KTE40 encapsulin-associated DyP peroxidase

超分子名称: Escherichia coli KTE40 encapsulin-associated DyP peroxidase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: KTE40

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分子 #1: Dyp-type peroxidase

分子名称: Dyp-type peroxidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: KTE40
分子量理論値: 40.644516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGGS ENLYFQSGGS GCPFSQSVSQ PVDERLTRAA IFLVVTINPG KAAEVAVRAH CSILSSLIRG VGFRISDGGL SCVMGVSEG GWERLFGDTK PEYLHVFREI NGVHHAPSTP GDLLYHIRAA RMDLCFELAS RILSDLGNSV SVVDSVQGFR Y FDDRDLLG ...文字列:
MHHHHHHGGS ENLYFQSGGS GCPFSQSVSQ PVDERLTRAA IFLVVTINPG KAAEVAVRAH CSILSSLIRG VGFRISDGGL SCVMGVSEG GWERLFGDTK PEYLHVFREI NGVHHAPSTP GDLLYHIRAA RMDLCFELAS RILSDLGNSV SVVDSVQGFR Y FDDRDLLG FVDGTENPVA QAAVDATLIG DEDMVFAGGS YVIVQKYLHD LDKWNAIPVE QQEKIIGREK LSDIELRDAD KP SYAHNVL TSIEEDGEDV DILRDNMPFG DPGKGEFGTY FIGYSRKPER IERMLENMFI GNPPGNYDRI LDVSRAITGT LFF VPTTSF LDSIEPQSAP GQQGDDVINT LRSTAIKGDI MPGSLNIGSL KKEV

UniProtKB: Dyp-type peroxidase

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分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3tris(hydroxymethyl)aminomethane

詳細: Sample was prepared in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
詳細: Grids were glow discharged for 60 seconds at 5 mA in vacuum.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Grids were frozen with the following parameters: blot force 20, blot time 4 seconds, humidty 100 percent, 22 degrees C..
詳細Sample was frozen on two grids, one at 0.5 mg/mL and the other at 0.25 mg/mL.

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 123 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 47.84 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡TFS GLACIOS
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 206 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 46.24 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 45000

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画像解析

Image recording ID1
詳細Particles were picked from micrographs collected on two different grids using TFS Glacios and FEI Talos Arctica cryogenic electron microscopes.
粒子像選択選択した数: 115178
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-Initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement
詳細: Local refinement with D3 symmetry and force re-do GS-split applied.
使用した粒子像数: 10490
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

an60


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 105.9
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9e4r:
Escherichia coli encapsulin-associated DyP peroxidase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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