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万見
- EMDB-47484: The primed conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47484
タイトルThe primed conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB)
マップデータ
試料
  • 複合体: glycoprotein B of herpes simplex virus type 1
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHerpes simplex virus type I (HSV-1) / glycoprotein B (gB) / class III viral membrane fusion protein / prefusion conformation / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
: / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mou Z / Wang S / Dai X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM151043 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The prefusion conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB)
著者: Mou Z / Wang S / Dai X
履歴
登録2024年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47484.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 337.92 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 337.92 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.0007097 - 1.6885234
平均 (標準偏差)0.00012186871 (±0.03254323)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47484_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_47484_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : glycoprotein B of herpes simplex virus type 1

全体名称: glycoprotein B of herpes simplex virus type 1
要素
  • 複合体: glycoprotein B of herpes simplex virus type 1
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: glycoprotein B of herpes simplex virus type 1

超分子名称: glycoprotein B of herpes simplex virus type 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
株: strain F
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein B

分子名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: R73K variant / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
株: strain F
分子量理論値: 99.871219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDHDGDYK DHDIDYKDDD DKAPSSPGTP GVAAATQAAN GGPATPAPPA PGAPPTGDPK PKKNKKPKPP KPPRPAGDNA TVAAGHATL REHLRDIKAE NTDANFYVCP PPTGATVVQF EQPRRCPTRP EGQNYTEGIA VVFKENIAPY KFKATMYYKD V TVSQVWFG ...文字列:
DYKDHDGDYK DHDIDYKDDD DKAPSSPGTP GVAAATQAAN GGPATPAPPA PGAPPTGDPK PKKNKKPKPP KPPRPAGDNA TVAAGHATL REHLRDIKAE NTDANFYVCP PPTGATVVQF EQPRRCPTRP EGQNYTEGIA VVFKENIAPY KFKATMYYKD V TVSQVWFG HRYSQFMGIF EDRAPVPFEE VIDKINAKGV CRSTAKYVRN NLETTAFHRD DHETDMELKP ANAATRTSRG WH TTDLKYN PSRVEAFHRY GTTVNCIVEE VDARSVYPYD EFVLATGDFV YMSPFYGYRE GSHTEHTSYA ADRFKQVDGF YAR DLTTKA RATAPTTRNL LTTPKFTVAW DWVPKRPSVC TMTKWQEVDE MLRSEYGGSF RFSSDAISTT FTTNLTEYPL SRVD LGDCI GKDARDAMDR IFARRYNATH IKVGQPQYYL ANGGFLIAYQ PLLSNTLAEL YVREHLREQS RKPPNPTPPP PGASA NASV ERIKTTSSIE FARLQFTYNH IQRHVNDMLG RVAIAWCELQ NHELTLWNEA RKLNPNAIAS ATVGRRVSAR MLGDVM AVS TCVPVAADNV IVQNSMRISS RPGACYSRPL VSFRYEDQGP LVEGQLGENN ELRLTRDAIE PCTVGHRRYF TFGGGYV YF EEYAYSHQLS RADITTVSTF IDLNITMLED HEFVPLEVYT RHEIKDSGLL DYTEVQRRNQ LHDLRFADID TVIHADAN A AMFAGLGAFF EGMGDLGRAV GKVVMGIVGG VVSAVSGVSS FMSNPFGALA VGLLVLAGLA AAFFAFRYVM RLQSNPMKA LYPLTTKELK NPTNPDASGE GEEGGDFDEA KLAEAREMIR YMALVSAMER TEHKAKKKGT SALLSAKVTD MVMRKRRNTN YTQVPNKDG DADEDDL

UniProtKB: Envelope glycoprotein B

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
0.2 mg/mLDodecyl beta D-Maltoside
0.02 mg/mLCholesteryl Hemisuccinate
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31808
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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