[日本語] English
万見
- EMDB-47452: Variediene synthase hexameric prenyltransferase core -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47452
タイトルVariediene synthase hexameric prenyltransferase core
マップデータ
試料
  • 複合体: Hexameric prenyltransferase core of variediene synthase from Emericella variecolor (EvVS)
    • タンパク質・ペプチド: Variediene synthase
キーワードEnzyme / terpene / bifunctional / variediene / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


variediene synthase / (2E)-alpha-cericerene synthase / geranylfarnesyl diphosphate synthase / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / prenyltransferase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Variediene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus stellatus (カビ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Wenger ES / Christianson DW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)574961-0089 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Variediene synthase hexameric prenyltransferase core
著者: Wenger ES / Christianson DW
履歴
登録2024年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_47452.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å		1.08 Å/pix.
x 384 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.0017728148 - 1.4898912
平均 (標準偏差)0.0003084718 (±0.01255817)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 414.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_47452_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_47452_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Hexameric prenyltransferase core of variediene synthase from Emer...

全体名称: Hexameric prenyltransferase core of variediene synthase from Emericella variecolor (EvVS)
要素
  • 複合体: Hexameric prenyltransferase core of variediene synthase from Emericella variecolor (EvVS)
    • タンパク質・ペプチド: Variediene synthase

-
超分子 #1: Hexameric prenyltransferase core of variediene synthase from Emer...

超分子名称: Hexameric prenyltransferase core of variediene synthase from Emericella variecolor (EvVS)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aspergillus stellatus (カビ)

-
分子 #1: Variediene synthase

分子名称: Variediene synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: variediene synthase
由来(天然)生物種: Aspergillus stellatus (カビ)
分子量理論値: 82.57025 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MSQSSDFILN STLSSVVERS TPDIAGFCSG YELRRHHHEH LANEGSLRCR TDWEQFIGPI ERWGSCNPW EGHFGAVVLP FCKPERLAVI CYIFEYAFLY DNVVESAAKS TLNLNTDNIA LDETEYRTVR SILGTKQIQS K MLLELLSI ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MSQSSDFILN STLSSVVERS TPDIAGFCSG YELRRHHHEH LANEGSLRCR TDWEQFIGPI ERWGSCNPW EGHFGAVVLP FCKPERLAVI CYIFEYAFLY DNVVESAAKS TLNLNTDNIA LDETEYRTVR SILGTKQIQS K MLLELLSI DAPRAEVVIN SWKEMISTTA KKDKTRAFNN LEEYVDYRII DTGAPFVDML MRFGMGIMLT QEEQKRIEPI VK PCYAALG LANDYFSFDI EWEEFQAESD KTTMTNAVWL FMQWENLNAE QAKRRVQEVT KQYEQQYLRN IADFAAGEGK ENI KLQTYL KAQGYQVPGN VAWSLRCPRY HPWLCKEAAS LLHQDTIQEL EAGRKPQALE EYRSRSHSES DLSDASPTFW SGSC RSSAR SSVSSAFGPP DKDISITPAI LGDEHLLGPA EYISSLPSKG VREAFIDGLN VWLVLPDHRV NQLKSIAQTL HNASL MLDD IEDHSPLRRG RPSTHMIFGT EQTINSANFL LIDVMEKVRQ LDDPRCMDIY LEEMRNLFIG QSFDLYWTRN GECPSE EQY LDMIRQKTGG LFRLLTRMMV QIAPVQQKGL ETQLASLSDV LGEFFQVRDD YKNLTEEYTG QKGFCEDLDE CKFSYPL IH ALTSQPKNVQ LRGILQQSRS AGGLDVPLKE TVLSHLRQAG SIEYTEAKMG ELMEKITDSV VSLEGETGSP NWVVRLLI H RLKV

UniProtKB: Variediene synthase

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold Prediction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 491079
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る