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- EMDB-47448: Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47448
タイトルCryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker
マップデータ
試料
  • 複合体: Human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • DNA: DNA (317-MER)
    • DNA: DNA (316-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
    • タンパク質・ペプチド: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
キーワードDNMT3A / DNMT3B / nucleosome / DNA methylation / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / positive regulation of cellular response to hypoxia / protein-cysteine methyltransferase activity / DNA-methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity ...DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / positive regulation of cellular response to hypoxia / protein-cysteine methyltransferase activity / DNA-methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / XY body / oocyte development / response to vitamin A / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / response to ionizing radiation / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / lncRNA binding / chromosome, centromeric region / cellular response to ethanol / catalytic complex / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / heterochromatin / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / post-embryonic development / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / response to cocaine / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / cellular response to amino acid stimulus / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / euchromatin / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / G2/M DNA damage checkpoint / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / response to lead ion / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Meiotic recombination / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / response to toxic substance / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear matrix / RMTs methylate histone arginines / neuron differentiation / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / response to estradiol / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HATs acetylate histones / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / methylation / Oxidative Stress Induced Senescence / spermatogenesis / cellular response to hypoxia / Estrogen-dependent gene expression
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Histone H3.2 / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.08 Å
データ登録者Xie X / Liu M / Zhou XE / Worden E / Jones P
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA209859 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM147261 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structural basis for de novo DNA methylation in chromatin
著者: Xie X / Liu M / Zhou XE / Worden E / Jones P
履歴
登録2024年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47448.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 320 pix.
= 371.2 Å		1.16 Å/pix.
x 320 pix.
= 371.2 Å		1.16 Å/pix.
x 320 pix.
= 371.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.051
最小 - 最大-0.08530501 - 0.35431907
平均 (標準偏差)0.00086214 (±0.017873904)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 371.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47448_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47448_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a fiv...

全体名称: Human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker
要素
  • 複合体: Human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • DNA: DNA (317-MER)
    • DNA: DNA (316-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 3 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
    • タンパク質・ペプチド: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

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超分子 #1: Human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a fiv...

超分子名称: Human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4, #7-#8, #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.30393 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.978241 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESSKSAKSK

+
分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.655948 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKSAPAPKK GSKKAVTKTQ KKDGKKRRKT RKESYAIYVY KVLKQVHPDT GISSKAMSIM NSFVNDVFER IAGEASRLAH YNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTKY TSAK

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分子 #5: Isoform 3 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

分子名称: Isoform 3 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.702383 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MKGDTRHLNG EEDAGGREDS ILVNGACSDQ SSDSPPILEA IRTPEIRGRR SSSRLSKREV SSLLSYTQDL TGDGDGEDGD GSDTPVMPK LFRETRTRSE SPAVRTRNNN SVSSRERHRP SPRSTRGRQG RNHVDESPVE FPATRSLRRR ATASAGTPWP S PPSSYLTI ...文字列:
MKGDTRHLNG EEDAGGREDS ILVNGACSDQ SSDSPPILEA IRTPEIRGRR SSSRLSKREV SSLLSYTQDL TGDGDGEDGD GSDTPVMPK LFRETRTRSE SPAVRTRNNN SVSSRERHRP SPRSTRGRQG RNHVDESPVE FPATRSLRRR ATASAGTPWP S PPSSYLTI DLTDDTEDTH GTPQSSSTPY ARLAQDSQQG GMESPQVEAD SGDGDSSEYQ DGKEFGIGDL VWGKIKGFSW WP AMVVSWK ATSKRQAMSG MRWVQWFGDG KFSEVSADKL VALGLFSQHF NLATFNKLVS YRKAMYHALE KARVRAGKTF PSS PGDSLE DQLKPMLEWA HGGFKPTGIE GLKPNNTQPE NKTRRRTADD SATSDYCPAP KRLKTNCYNN GKDRGDEKDY DQSR EQMAS DVANNKSSLE DGCLSCGRKN PVSFHPLFEG GLCQTCRDRF LELFYMYDDD GYQSYCTVCC EGRELLLCSN TSCCR CFCV ECLEVLVGTG TAAEAKLQEP WSCYMCLPQR CHGVLRRRKD WNVRLQAFFT SDTGLEYEAP KLYPAIPAAR RRPIRV LSL FDGIATGYLV LKELGIKVGK YVASEVCEES IAVGTVKHEG NIKYVNDVRN ITKKNIEEWG PFDLVIGGSP CNDLSNV NP ARKGLYEGTG RLFFEFYHLL NYSRPKEGDD RPFFWMFENV VAMKVGDKRD ISRFLECNPV MIDAIKVSAA HRARYFWG N LPGMNRIFGF PVHYTDVSNM GRGARQKLLG RSWSVPVIRH LFAPLKDYFA CE

UniProtKB: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

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分子 #6: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

分子名称: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 77.914711 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MNAVEENQGP GESQKVEEAS PPAVQQPTDP ASPTVATTPE PVGSDAGDKN ATKAGDDEPE YEDGRGFGIG ELVWGKLRGF SWWPGRIVS WWMTGRSRAA EGTRWVMWFG DGKFSVVCVE KLMPLSSFCS AFHQATYNKQ PMYRKAIYEV LQVASSRAGK L FPVCHDSD ...文字列:
MNAVEENQGP GESQKVEEAS PPAVQQPTDP ASPTVATTPE PVGSDAGDKN ATKAGDDEPE YEDGRGFGIG ELVWGKLRGF SWWPGRIVS WWMTGRSRAA EGTRWVMWFG DGKFSVVCVE KLMPLSSFCS AFHQATYNKQ PMYRKAIYEV LQVASSRAGK L FPVCHDSD ESDTAKAVEV QNKPMIEWAL GGFQPSGPKG LEPPEEEKNP YKEVYTDMWV EPEAAAYAPP PPAKKPRKST AE KPKVKEI IDERTRERLV YEVRQKCRNI EDICISCGSL NVTLEHPLFV GGMCQNCKNC FLECAYQYDD DGYQSYCTIC CGG REVLMC GNNNCCRCFC VECVDLLVGP GAAQAAIKED PWNCYMCGHK GTYGLLRRRE DWPSRLQMFF ANNHDQEFDP PKVY PPVPA EKRKPIRVLS LFDGIATGLL VLKDLGIQVD RYIASEVCED SITVGMVRHQ GKIMYVGDVR SVTQKHIQEW GPFDL VIGG SPCNDLSIVN PARKGLYEGT GRLFFEFYRL LHDARPKEGD DRPFFWLFEN VVAMGVSDKR DISRFLESNP VMIDAK EVS AAHRARYFWG NLPGMNRPLA STVNDKLELQ ECLEHGRIAK FSKVRTITTR SNSIKQGKDQ HFPVFMNEKE DILWCTE ME RVFGFPVHYT DVSNMSRLAR QRLLGRSWSV PVIRHLFAPL KEYFACV

UniProtKB: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

+
分子 #7: DNA (317-MER)

分子名称: DNA (317-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.342391 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)

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分子 #8: DNA (316-MER)

分子名称: DNA (316-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.161656 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT) (DG)(DG)(DT)(DC)(DG) ...文字列:
(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT) (DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DC) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC) (DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 18 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

分子名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: SAH
分子量理論値: 384.411 Da
Chemical component information

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6pa7

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41237
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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