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- EMDB-47408: Consensus map of Coronin-7 CA bound to Arp2/3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47408
タイトルConsensus map of Coronin-7 CA bound to Arp2/3 complex
マップデータConsensus map of Coronin-7 CA bound to Arp2/3 complex
試料
  • 複合体: Arp2/3 complex with Coronin-7 peptide
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2 (Arp2)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 3 (Arp3)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A (ArpC1)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 (ArpC2)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 (ArpC3)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 (ArpC4)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 (ArpC5)
    • タンパク質・ペプチド: Coronin-7
キーワードcytoskeleton / actin / cell motility / PROTEIN BINDING
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Fregoso FE / Barrie KR / Dominguez R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM073791 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coronin-7 is an Arp2/3 complex debrancher
著者: Fregoso FE / Barrie KR / Saks AJ / Dominguez R
履歴
登録2024年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47408.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map of Coronin-7 CA bound to Arp2/3 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.92 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.92 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.08163942 - 0.23135878
平均 (標準偏差)0.0004941094 (±0.0060950844)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47408_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_47408_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_47408_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Arp2/3 complex with Coronin-7 peptide

全体名称: Arp2/3 complex with Coronin-7 peptide
要素
  • 複合体: Arp2/3 complex with Coronin-7 peptide
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2 (Arp2)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 3 (Arp3)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A (ArpC1)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 (ArpC2)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 (ArpC3)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 (ArpC4)
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 (ArpC5)
    • タンパク質・ペプチド: Coronin-7

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超分子 #1: Arp2/3 complex with Coronin-7 peptide

超分子名称: Arp2/3 complex with Coronin-7 peptide / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 230 KDa

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分子 #1: Actin-related protein 2 (Arp2)

分子名称: Actin-related protein 2 (Arp2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MDSQGRKVVV CDNGTGFVKC GYAGSNFPEH IFPALVGRPI IRSTTKVGNI EIKDLMVGDE ASELRSMLE VNYPMENGIV RNWDDMKHLW DYTFGPEKLN IDTRNCKILL TEPPMNPTKN R EKIVEVMF ETYQFSGVYV AIQAVLTLYA QGLLTGVVVD SGDGVTHICP ...文字列:
MDSQGRKVVV CDNGTGFVKC GYAGSNFPEH IFPALVGRPI IRSTTKVGNI EIKDLMVGDE ASELRSMLE VNYPMENGIV RNWDDMKHLW DYTFGPEKLN IDTRNCKILL TEPPMNPTKN R EKIVEVMF ETYQFSGVYV AIQAVLTLYA QGLLTGVVVD SGDGVTHICP VYEGFSLPHL TR RLDIAGR DITRYLIKLL LLRGYAFNHS ADFETVRMIK EKLCYVGYNI EQEQKLALET TVL VESYTL PDGRIIKVGG ERFEAPEALF QPHLINVEGV GVAELLFNTI QAADIDTRSE FYKH IVLSG GSTMYPGLPS RLERELKQLY LERVLKGDVE KLSKFKIRIE DPPRRKHMVF LGGAV LADI MKDKDNFWMT RQEYQEKGVR VLEKLGVTVR

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分子 #2: Actin-related protein 3 (Arp3)

分子名称: Actin-related protein 3 (Arp3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MAGRLPACVV DCGTGYTKLG YAGNTEPQFI IPSCIAIKES AKVGDQAQRR VMKGVDDLDF FIGDEAIEK PTYATKWPIR HGIVEDWDLM ERFMEQVIFK YLRAEPEDHY FLLTEPPLNT P ENREYTAE IMFESFNVPG LYIAVQAVLA LAASWTSRQV GERTLTGTVI ...文字列:
MAGRLPACVV DCGTGYTKLG YAGNTEPQFI IPSCIAIKES AKVGDQAQRR VMKGVDDLDF FIGDEAIEK PTYATKWPIR HGIVEDWDLM ERFMEQVIFK YLRAEPEDHY FLLTEPPLNT P ENREYTAE IMFESFNVPG LYIAVQAVLA LAASWTSRQV GERTLTGTVI DSGDGVTHVI PV AEGYVIG SCIKHIPIAG RDITYFIQQL LRDREVGIPP EQSLETAKAV KERYSYVCPD LVK EFNKYD TDGSKWIKQY TGINAISKKE FSIDVGYERF LGPEIFFHPE FANPDFTQPI SEVV DEVIQ NCPIDVRRPL YKNIVLSGGS TMFRDFGRRL QRDLKRTVDA RLKLSEELSG GRLKP KPID VQVITHHMQR YAVWFGGSML ASTPEFYQVC HTKKDYEEIG PSICRHNPVF GVMS

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分子 #3: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A (ArpC1)

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1A (ArpC1)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MSLHQFLLEP ITCHAWNRDR TQIALSPNNH EVHIYKKNGG QWVKAHELKE HNGHITGIDW APKSDRIVT CGADRNAYVW SQKDGVWKPT LVILRINRAA TFVKWSPLEN KFAVGSGARL I SVCYFESE NDWWVSKHIK KPIRSTVLSL DWHPNNVLLA AGSCDFKCRV ...文字列:
MSLHQFLLEP ITCHAWNRDR TQIALSPNNH EVHIYKKNGG QWVKAHELKE HNGHITGIDW APKSDRIVT CGADRNAYVW SQKDGVWKPT LVILRINRAA TFVKWSPLEN KFAVGSGARL I SVCYFESE NDWWVSKHIK KPIRSTVLSL DWHPNNVLLA AGSCDFKCRV FSAYIKEVDE KP ASTPWGS KMPFGQLMSE FGGSGTGGWV HGVSFSASGS RLAWVSHDST VSVADASKSV QVS TLKTEF LPLLSVSFVS ENSVVAAGHD CCPMLFNYDD RGCLTFVSKL DIPKQSIQRN MSAM ERFRN MDKRATTEDR NTALETLHQN SITQVSIYEV DKQDCRKFCT TGIDGAMTIW DFKTL ESSI QGLRIM

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分子 #4: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 (ArpC2)

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 (ArpC2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MILLEVNNRI IEETLALKFE NAAAGNKPEA VEVTFADFDG VLYHISNPNG DKTKVMVSIS LKFYKELQA HGADELLKRV YGSYLVNPES GYNVSLLYDL ENLPASKDSI VHQAGMLKRN C FASVFEKY FQFQEEGKEG ENRAVIHYRD DETMYVESKK DRVTVVFSTV ...文字列:
MILLEVNNRI IEETLALKFE NAAAGNKPEA VEVTFADFDG VLYHISNPNG DKTKVMVSIS LKFYKELQA HGADELLKRV YGSYLVNPES GYNVSLLYDL ENLPASKDSI VHQAGMLKRN C FASVFEKY FQFQEEGKEG ENRAVIHYRD DETMYVESKK DRVTVVFSTV FKDDDDVVIG KV FMQEFKE GRRASHTAPQ VLFSHREPPL ELKDTDAAVG DNIGYITFVL FPRHTNASAR DNT INLIHT FRDYLHYHIK CSKAYIHTRM RAKTSDFLKV LNRARPDAEK KEMKTITGKT FSSR

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分子 #5: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 (ArpC3)

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 (ArpC3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
MPAYHSSLMD PDTKLIGNMA LLPIRSQFKG PAPRETKDTD IVDEAIYYFK ANVFFKNYEI KNEADRTLI YITLYISECL KKLQKCNSKS QGEKEMYTLG ITNFPIPGEP GFPLNAIYAK P ANKQEDEV MRAYLQQLRQ ETGLRLCEKV FDPQNDKPSK WWTCFVKRQF MNKSLSGPGQ

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分子 #6: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 (ArpC4)

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 (ArpC4) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
MTATLRPYLS AVRATLQAAL CLENFSSQVV ERHNKPEVEV RSSKELLLQP VTISRNEKEK VLIEGSINSV RVSIAVKQAD EIEKILCHKF MRFMMMRAEN FFILRRKPVE GYDISFLITN FHTEQMYKHK LVDFVIHFME EIDKEISEMK LSVNARARIV AEEFLKNF

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分子 #7: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 (ArpC5)

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 (ArpC5) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
MSKNTVSSAR FRKVDVDEYD ENKFVDEEDG GDGQAGPDEG EVDSCLRQGN MTAALQAALK NPPINTKSQA VKDRAGSIVL KVLISFKAND IEKAVQSLDK NGVDLLMKYI YKGFESPSDN SSAVLLQWHE KALAAGGVGS IVRVLTARKT V

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分子 #8: Coronin-7

分子名称: Coronin-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNRFRVSKFR HTEARPPRRE SWISDIRAGT APSCRNHIKS SCSLIAFNSD RPGVLGIVPL QGQGEDKRRV AHLGCHSDLV TDLDFSPFDD FLLATGSADR TVKLWRLPGP GQALPSAPGV VLGPEDLPVE VLQFHPTSDG ILVSAAGTTV KVWDAAKQQP LTELAAHGDL ...文字列:
MNRFRVSKFR HTEARPPRRE SWISDIRAGT APSCRNHIKS SCSLIAFNSD RPGVLGIVPL QGQGEDKRRV AHLGCHSDLV TDLDFSPFDD FLLATGSADR TVKLWRLPGP GQALPSAPGV VLGPEDLPVE VLQFHPTSDG ILVSAAGTTV KVWDAAKQQP LTELAAHGDL VQSAVWSRDG ALVGTACKDK QLRIFDPRTK PRASQSTQAH ENSRDSRLAW MGTWEHLVST GFNQMREREV KLWDTRFFSS ALASLTLDTS LGCLVPLLDP DSGLLVLAGK GERQLYCYEV VPQQPALSPV TQCVLESVLR GAALVPRQAL AVMSCEVLRV LQLSDTAIVP IGYHVPRKAV EFHEDLFPDT AGCVPATDPH SWWAGDNQQV QKVSLNPACR PHPSFTSCLV PPAEPLPDTA QPAVMETPVG DADASEGFSS PPSSLTSPST PSSLGPSLSS TSGIGTSPSL RSLQSLLGPS SKFRHAQGTV LHRDSHITNL KGLNLTTPGE SDGFCANKLR VAVPLLSSGG QVAVLELRKP GRLPDTALPT LQNGAAVTDL AWDPFDPHRL AVAGEDARIR LWRVPAEGLE EVLTTPETVL TGHTEKICSL RFHPLAANVL ASSSYDLTVR IWDLQAGADR LKLQGHQDQI FSLAWSPDGQ QLATVCKDGR VRVYRPRSGP EPLQEGPGPK GGRGARIVWV CDGRCLLVSG FDSQSERQLL LYEAEALAGG PLAVLGLDVA PSTLLPSYDP DTGLVLLTGK GDTRVFLYEL LPESPFFLEC NSFTSPDPHK GLVLLPKTEC DVREVELMRC LRLRQSSLEP VAFRLPRVRK EFFQDDVFPD TAVIWEPVLS AEAWLQGANG QPWLLSLQPP DMSPVSQAPR EAPARRAPSS AQYLEEKSDQ QKKEELLNAM VAKLGNREDP LPQDSFEGVD EDEWD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: 4D-STEM / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116851
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る