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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure and evolution of Photosystem I in the early-branching cyanobacterium Anthocerotibacter panamensis | |||||||||
![]() | sharpened and masked main map | |||||||||
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![]() | Photosystem I / evolution / thylakoid-free / chlorophyll / cyanobacteria / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
![]() | Gisriel CJ / Ho M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and evolution of photosystem I in the early-branching cyanobacterium . 著者: Han-Wei Jiang / Christopher J Gisriel / Tanai Cardona / David A Flesher / Gary W Brudvig / Ming-Yang Ho / ![]() ![]() 要旨: Thylakoid-free cyanobacteria are thought to preserve ancestral traits of early-evolving organisms capable of oxygenic photosynthesis. However, and until recently, photosynthesis studies in thylakoid- ...Thylakoid-free cyanobacteria are thought to preserve ancestral traits of early-evolving organisms capable of oxygenic photosynthesis. However, and until recently, photosynthesis studies in thylakoid-free cyanobacteria were only possible in the model strain , limiting our understanding of photosynthesis evolution. Here, we report the isolation, biochemical characterization, cryo-EM structure, and phylogenetic analysis of photosystem I (PSI) from a recently discovered thylakoid-free cyanobacterium, , a distant relative of the genus . We find that PSI exhibits a distinct carotenoid composition and has one conserved low-energy chlorophyll site, which was lost in . Furthermore, PSI in thylakoid-free cyanobacteria has changed at the sequence level to a degree comparable to that of other strains, yet its subunit composition and oligomeric form might be identical to that of the most recent common ancestor of cyanobacteria. This study therefore provides a glimpse into the ancient evolution of photosynthesis. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 33.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 31.4 KB 31.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 68.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 97.7 MB 97.9 MB 97.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 911 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 910.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened and masked main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened unmasked
ファイル | emd_47359_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened unmasked | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half 2
ファイル | emd_47359_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half 1
ファイル | emd_47359_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Photosystem I from Anthocerotibacter panamensis
+超分子 #1: Photosystem I from Anthocerotibacter panamensis
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #3: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #4: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #11: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #12: CHLOROPHYLL A
+分子 #13: Menaquinone-4
+分子 #14: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #15: BETA-CAROTENE
+分子 #16: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #17: beta,beta-carotene-4,4'-dione
+分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #19: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #20: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |