EMDB-47352: Cryo-EM structure of MdoD from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-47352

タイトル

Cryo-EM structure of MdoD from Escherichia coli

マップデータ

deepemhanced map used for model refinement

試料

複合体: MdoD dimer
- タンパク質・ペプチド: Glucans biosynthesis protein D

キーワード

MdoD / signal peptide / glucanase / SUGAR BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucan biosynthetic process / catalytic activity / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Deme JC / Bryant OJ / Berks BC / Lea SM

資金援助

英国,

米国, 3件

Organization	Grant number	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/L000776/1	英国
Wellcome Trust	107929/Z/15/Z	英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	Intramural Research Program	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the twin-arginine protein translocation pathway core complex and the molecular basis for substrate recognition
著者: Deme JC / Bryant OJ / Berks BC / Lea SM

履歴

登録	2024年10月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月27日	-
マップ公開	2025年8月27日	-
更新	2025年8月27日	-
現状	2025年8月27日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_47352.map.gz	446.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-47352-v30.xml emd-47352.xml	22.6 KB 22.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_47352_fsc.xml	16.8 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_47352.png	97.1 KB
マスクデータ	emd_47352_msk_1.map	512 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-47352.cif.gz	6.2 KB
その他	emd_47352_additional_1.map.gz emd_47352_additional_2.map.gz emd_47352_additional_3.map.gz emd_47352_half_map_1.map.gz emd_47352_half_map_2.map.gz	1.7 MB 483.2 MB 254.3 MB 474.3 MB 474.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-47352 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-47352	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_47352_validation.pdf.gz	638.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_47352_full_validation.pdf.gz	637.8 KB	表示
XML形式データ	emd_47352_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_47352_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-47352 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-47352	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9e08MC 47343C 47345C 47346C 47347C 47348C 47350C 47351C 9dzzC 9e01C 9e02C 9e03C 9e04C 9e06C 9e07C 9e0sC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

EMDBのページ

EMDB (EBI/PDBe) /

EMDataResource

「今月の分子」の関連する項目

#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (2)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_47352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

deepemhanced map used for model refinement

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.693 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.1
最小 - 最大	-0.0017563532 - 1.4870654
平均 (標準偏差)	0.00029847864 (±0.0119909905)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : MdoD dimer

全体	名称: MdoD dimer
要素	複合体: MdoD dimer タンパク質・ペプチド: Glucans biosynthesis protein D

-
超分子 #1: MdoD dimer

超分子	名称: MdoD dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Glucans biosynthesis protein D

分子	名称: Glucans biosynthesis protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量	理論値: 62.916844 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列	文字列: SMDRRRFIKG SMAMAAVCGT SGIASLFSQA AFAADSDIAD GQTQRFDFSI LQSMAHDLAQ TAWRGAPRPL PDTLATMTPQ AYNSIQYDA EKSLWHNVEN RQLDAQFFHM GMGFRRRVRM FSVDPATHLA REIHFRPELF KYNDAGVDTK QLEGQSDLGF A GFRVFKAP ...文字列: SMDRRRFIKG SMAMAAVCGT SGIASLFSQA AFAADSDIAD GQTQRFDFSI LQSMAHDLAQ TAWRGAPRPL PDTLATMTPQ AYNSIQYDA EKSLWHNVEN RQLDAQFFHM GMGFRRRVRM FSVDPATHLA REIHFRPELF KYNDAGVDTK QLEGQSDLGF A GFRVFKAP ELARRDVVSF LGASYFRAVD DTYQYGLSAR GLAIDTYTDS KEEFPDFTAF WFDTVKPGAT TFTVYALLDS AS ITGAYKF TIHCEKSQVI MDVENHLYAR KDIKQLGIAP MTSMFSCGTN ERRMCDTIHP QIHDSDRLSM WRGNGEWICR PLN NPQKLQ FNAYTDNNPK GFGLLQLDRD FSHYQDIMGW YNKRPSLWVE PRNKWGKGTI GLMEIPTTGE TLDNIVCFWQ PEKA VKAGD EFAFQYRLYW SAQPPVHCPL ARVMATRTGM GGFSEGWAPG EHYPEKWARR FAVDFVGGDL KAAAPKGIEP VITLS SGEA KQIEILYIEP IDGYRIQFDW YPTSDSTDPV DMRMYLRCQG DAISETWLYQ YFPPAPDKRQ YVDDRVMS UniProtKB: Glucans biosynthesis protein D

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 52.1 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 770564
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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