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万見
- EMDB-47352: Cryo-EM structure of MdoD from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47352
タイトルCryo-EM structure of MdoD from Escherichia coli
マップデータdeepemhanced map used for model refinement
試料
  • 複合体: MdoD dimer
    • タンパク質・ペプチド: Glucans biosynthesis protein D
キーワードMdoD / signal peptide / glucanase / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucan biosynthetic process / catalytic activity / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Glucan biosynthesis, MdoD / Glucan biosynthesis, periplasmic, MdoG C-terminal / Glucan biosynthesis protein MdoG/MdoD / Periplasmic glucan biosynthesis protein, MdoG / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucans biosynthesis protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Deme JC / Bryant OJ / Berks BC / Lea SM
資金援助 英国, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L000776/1 英国
Wellcome Trust107929/Z/15/Z 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the twin-arginine protein translocation pathway core complex and the molecular basis for substrate recognition
著者: Deme JC / Bryant OJ / Berks BC / Lea SM
履歴
登録2024年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47352.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepemhanced map used for model refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 512 pix.
= 354.816 Å		0.69 Å/pix.
x 512 pix.
= 354.816 Å		0.69 Å/pix.
x 512 pix.
= 354.816 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.693 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0017563532 - 1.4870654
平均 (標準偏差)0.00029847864 (±0.0119909905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 354.816 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47352_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Mask used for FSC calculation

ファイルemd_47352_additional_1.map
注釈Mask used for FSC calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: B-factor sharpened map

ファイルemd_47352_additional_2.map
注釈B-factor sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_47352_additional_3.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_47352_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_47352_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MdoD dimer

全体名称: MdoD dimer
要素
  • 複合体: MdoD dimer
    • タンパク質・ペプチド: Glucans biosynthesis protein D

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超分子 #1: MdoD dimer

超分子名称: MdoD dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Glucans biosynthesis protein D

分子名称: Glucans biosynthesis protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 62.916844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMDRRRFIKG SMAMAAVCGT SGIASLFSQA AFAADSDIAD GQTQRFDFSI LQSMAHDLAQ TAWRGAPRPL PDTLATMTPQ AYNSIQYDA EKSLWHNVEN RQLDAQFFHM GMGFRRRVRM FSVDPATHLA REIHFRPELF KYNDAGVDTK QLEGQSDLGF A GFRVFKAP ...文字列:
SMDRRRFIKG SMAMAAVCGT SGIASLFSQA AFAADSDIAD GQTQRFDFSI LQSMAHDLAQ TAWRGAPRPL PDTLATMTPQ AYNSIQYDA EKSLWHNVEN RQLDAQFFHM GMGFRRRVRM FSVDPATHLA REIHFRPELF KYNDAGVDTK QLEGQSDLGF A GFRVFKAP ELARRDVVSF LGASYFRAVD DTYQYGLSAR GLAIDTYTDS KEEFPDFTAF WFDTVKPGAT TFTVYALLDS AS ITGAYKF TIHCEKSQVI MDVENHLYAR KDIKQLGIAP MTSMFSCGTN ERRMCDTIHP QIHDSDRLSM WRGNGEWICR PLN NPQKLQ FNAYTDNNPK GFGLLQLDRD FSHYQDIMGW YNKRPSLWVE PRNKWGKGTI GLMEIPTTGE TLDNIVCFWQ PEKA VKAGD EFAFQYRLYW SAQPPVHCPL ARVMATRTGM GGFSEGWAPG EHYPEKWARR FAVDFVGGDL KAAAPKGIEP VITLS SGEA KQIEILYIEP IDGYRIQFDW YPTSDSTDPV DMRMYLRCQG DAISETWLYQ YFPPAPDKRQ YVDDRVMS

UniProtKB: Glucans biosynthesis protein D

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 770564
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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