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万見
- EMDB-47267: Cryo-EM reconstruction of TC-NER transcription elongation complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47267
タイトルCryo-EM reconstruction of TC-NER transcription elongation complex with STK19 (map VI)
マップデータ
試料
  • 複合体: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex
    • 複合体: CSA, DDB1
    • 複合体: CSB, UVSSA
    • 複合体: DDA1, ELOF1, STK19
    • 複合体: RNA Polymerase II proteins
    • 複合体: Nucleic Acid
キーワードDNA repair / RNA polymerase II / Complex / Co-transcriptional process / TRANSCRIPTION
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mevissen TET / Kuemmecke M / Farnung L / Walter JC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)DP2-ES036404 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HL098316 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: STK19 positions TFIIH for cell-free transcription-coupled DNA repair.
著者: Tycho E T Mevissen / Maximilian Kümmecke / Ernst W Schmid / Lucas Farnung / Johannes C Walter /
要旨: In transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER), stalled RNA polymerase II (RNA Pol II) binds CSB and CRL4, which cooperate with UVSSA and ELOF1 to recruit TFIIH. To explore the ...In transcription-coupled nucleotide excision repair (TC-NER), stalled RNA polymerase II (RNA Pol II) binds CSB and CRL4, which cooperate with UVSSA and ELOF1 to recruit TFIIH. To explore the mechanism of TC-NER, we recapitulated this reaction in vitro. When a plasmid containing a site-specific lesion is transcribed in frog egg extract, error-free repair is observed that depends on CSB, CRL4, UVSSA, and ELOF1. Repair also requires STK19, a factor previously implicated in transcription recovery after UV exposure. A 1.9-Å cryo-electron microscopy structure shows that STK19 binds the TC-NER complex through CSA and the RPB1 subunit of RNA Pol II. Furthermore, AlphaFold predicts that STK19 interacts with the XPD subunit of TFIIH, and disrupting this interface impairs cell-free repair. Molecular modeling suggests that STK19 positions TFIIH ahead of RNA Pol II for lesion verification. Our analysis of cell-free TC-NER suggests that STK19 couples RNA Pol II stalling to downstream repair events.
履歴
登録2024年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年1月8日-
現状2025年1月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47267.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47267.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 391 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 468 pix.
= 439.92 Å		0.94 Å/pix.
x 468 pix.
= 439.92 Å		0.94 Å/pix.
x 468 pix.
= 439.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0575
最小 - 最大-0.13250127 - 0.3474005
平均 (標準偏差)-0.00024318305 (±0.005116465)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ468468468
Spacing468468468
セルA=B=C: 439.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47267_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_47267_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_47267_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47267_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47267_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transcription-coupled nucleotide excision repair complex

全体名称: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex
要素
  • 複合体: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex
    • 複合体: CSA, DDB1
    • 複合体: CSB, UVSSA
    • 複合体: DDA1, ELOF1, STK19
    • 複合体: RNA Polymerase II proteins
    • 複合体: Nucleic Acid

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超分子 #1: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex

超分子名称: Transcription-coupled nucleotide excision repair complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: CSA, DDB1

超分子名称: CSA, DDB1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: CSB, UVSSA

超分子名称: CSB, UVSSA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: DDA1, ELOF1, STK19

超分子名称: DDA1, ELOF1, STK19 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #5: RNA Polymerase II proteins

超分子名称: RNA Polymerase II proteins / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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超分子 #6: Nucleic Acid

超分子名称: Nucleic Acid / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物) / Synthetically produced: Yes

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 484012
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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