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- EMDB-47265: CoREST complex bound to U2AF2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47265
タイトルCoREST complex bound to U2AF2
マップデータ
試料
  • 複合体: Splicing factor U2AF2 bound to the CoREST complex made up of LSD1 and RCOR1
    • タンパク質・ペプチド: Lysine-specific histone demethylase 1A
    • タンパク質・ペプチド: REST corepressor 1
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
キーワードRNA / splicing / melanoma / epigenetics / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / : / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity ...U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / : / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation / positive regulation of neural precursor cell proliferation / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / DNA repair complex / RNA Polymerase II Transcription Termination / negative regulation of DNA binding / U2-type prespliceosome / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / molecular function inhibitor activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of stem cell proliferation / spliceosomal complex assembly / Protein hydroxylation / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / histone deacetylase complex / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / cellular response to cAMP / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of protein ubiquitination / transcription repressor complex / mRNA Splicing - Major Pathway / negative regulation of protein binding / erythrocyte differentiation / : / positive regulation of RNA splicing / positive regulation of protein ubiquitination / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / spliceosomal complex / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of neuron projection development / mRNA processing / transcription corepressor activity / cellular response to UV / p53 binding / chromatin organization / regulation of protein localization / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / nuclear speck / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / SWIRM domain ...U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / SANT domain / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific histone demethylase 1A / Splicing factor U2AF 65 kDa subunit / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.14 Å
データ登録者Hicks CW / Alani RM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private#1045461 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: CoREST Complex Inhibition Alters RNA Splicing to Promote Neoantigen Expression and Enhance Tumor Immunity.
著者: Robert J Fisher / Kihyun Park / Kwangwoon Lee / Katarina Pinjusic / Allison Vanasse / Christina S Ennis / Scott Ficcaro / Jarrod Marto / Stephanie Stransky / Joseph Duke-Cohan / Anupa ...著者: Robert J Fisher / Kihyun Park / Kwangwoon Lee / Katarina Pinjusic / Allison Vanasse / Christina S Ennis / Scott Ficcaro / Jarrod Marto / Stephanie Stransky / Joseph Duke-Cohan / Anupa Geethadevi / Eric Raabe / Simone Sidoli / Chad W Hicks / Derin B Keskin / Catherine J Wu / Philip A Cole / Rhoda M Alani
要旨: Epigenetic complexes tightly regulate gene expression and colocalize with RNA splicing machinery; however, the consequences of these interactions are uncertain. Here, we identify unique interactions ...Epigenetic complexes tightly regulate gene expression and colocalize with RNA splicing machinery; however, the consequences of these interactions are uncertain. Here, we identify unique interactions of the CoREST repressor complex with RNA splicing factors and their functional consequences in tumorigenesis. Using mass spectrometry, in vivo binding assays, and cryo-EM we find that CoREST complex-splicing factor interactions are direct and perturbed by the CoREST complex inhibitor, corin, leading to extensive changes in RNA splicing in melanoma and other malignancies. Using predictive machine learning models and MHC IP-MS, we identify thousands of corin-induced neopeptides derived from unannotated splice sites which generate immunogenic splice-neoantigens. Furthermore, corin reactivates the response to immune checkpoint blockade and promotes dramatic expansion of cytotoxic T cells in an immune cold melanoma model. CoREST complex inhibition thus represents a unique therapeutic opportunity in cancer which creates tumor-associated neoantigens that enhance the immunogenicity of current therapeutics.
STATEMENT OF SIGNIFICANCE: We identify a novel role of the CoREST transcriptional repressor complex in regulating pre-mRNA splicing and find that the small molecule inhibitor, corin, promotes ...STATEMENT OF SIGNIFICANCE: We identify a novel role of the CoREST transcriptional repressor complex in regulating pre-mRNA splicing and find that the small molecule inhibitor, corin, promotes alternative splicing events in cancer leading to neoantigen expression and T cell-mediated immunity. This represents a potential approach to promote immunoreactive neoantigen expression in immune-cold tumors.
履歴
登録2024年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月8日-
マップ公開2025年1月8日-
更新2025年1月8日-
現状2025年1月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47265.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47265.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.9 Å/pix.
x 360 pix.
= 324. Å		0.9 Å/pix.
x 360 pix.
= 324. Å		0.9 Å/pix.
x 360 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.18983932 - 0.26469925
平均 (標準偏差)-0.00007972844 (±0.005987911)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47265_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47265_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47265_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Splicing factor U2AF2 bound to the CoREST complex made up of LSD1...

全体名称: Splicing factor U2AF2 bound to the CoREST complex made up of LSD1 and RCOR1
要素
  • 複合体: Splicing factor U2AF2 bound to the CoREST complex made up of LSD1 and RCOR1
    • タンパク質・ペプチド: Lysine-specific histone demethylase 1A
    • タンパク質・ペプチド: REST corepressor 1
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit

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超分子 #1: Splicing factor U2AF2 bound to the CoREST complex made up of LSD1...

超分子名称: Splicing factor U2AF2 bound to the CoREST complex made up of LSD1 and RCOR1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Lysine-specific histone demethylase 1A

分子名称: Lysine-specific histone demethylase 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 酸化還元酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.126781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PSGVEGAAFQ SRLPHDRMTS QEAACFPDII SGPQQTQKVF LFIRNRTLQL WLDNPKIQLT FEATLQQLEA PYNSDTVLVH RVHSYLERH GLINFGIYKR IKPLPTKKTG KVIIIGSGVS GLAAARQLQS FGMDVTLLEA RDRVGGRVAT FRKGNYVADL G AMVVTGLG ...文字列:
PSGVEGAAFQ SRLPHDRMTS QEAACFPDII SGPQQTQKVF LFIRNRTLQL WLDNPKIQLT FEATLQQLEA PYNSDTVLVH RVHSYLERH GLINFGIYKR IKPLPTKKTG KVIIIGSGVS GLAAARQLQS FGMDVTLLEA RDRVGGRVAT FRKGNYVADL G AMVVTGLG GNPMAVVSKQ VNMELAKIKQ KCPLYEANGQ AVPKEKDEMV EQEFNRLLEA TSYLSHQLDF NVLNNKPVSL GQ ALEVVIQ LQEKHVKDEQ IEHWKKIVKT QEELKELLNK MVNLKEKIKE LHQQYKEASE VKPPRDITAE FLVKSKHRDL TAL CKEYDE LAETQGKLEE KLQELEANPP SDVYLSSRDR QILDWHFANL EFANATPLST LSLKHWDQDD DFEFTGSHLT VRNG YSCVP VALAEGLDIK LNTAVRQVRY TASGCEVIAV NTRSTSQTFI YKCDAVLCTL PLGVLKQQPP AVQFVPPLPE WKTSA VQRM GFGNLNKVVL CFDRVFWDPS VNLFGHVGST TASRGELFLF WNLYKAPILL ALVAGEAAGI MENISDDVIV GRCLAI LKG IFGSSAVPQP KETVVSRWRA DPWARGSYSY VAAGSSGNDY DLMAQPITPG PSIPGAPQPI PRLFFAGEHT IRNYPAT VH GALLSGLREA GRIADQFLGA MYTL

UniProtKB: Lysine-specific histone demethylase 1A

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分子 #2: REST corepressor 1

分子名称: REST corepressor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.675833 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RKPPKGMFLS QEDVEAVSAN ATAATTVLRQ LDMELVSVKR QIQNIKQTNS ALKEKLDGGI EPYRLPEVI

UniProtKB: REST corepressor 1

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分子 #3: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit

分子名称: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.64186 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SAHKLFIGGL PNYLNDDQVK ELLTSFGPLK AFNLVKDSAT GLSKGYAFCE YVDINVTDQA IAGLNGMQLG DKKLLVQRAS

UniProtKB: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 172429
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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