EMDB-47229: Focused map for the body of the 40S subunit of the hypomthylated ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-47229

タイトル

Focused map for the body of the 40S subunit of the hypomthylated yeast 80S from nutrient-limiting cells incubated with hygromycin

マップデータ

試料

複合体: Hypomethylated ribosome incubated with hygromycin B

キーワード

RNA modification / ribosome maturation / translation regulation / RIBOSOME

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zhao Y / Li H

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Regulation of Translation by Ribosome RNA 2'-O-Methylation
著者: Zhao Y / Li H

履歴

登録	2024年10月8日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年10月22日	-
マップ公開	2025年10月22日	-
更新	2025年10月22日	-
現状	2025年10月22日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_47229.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_47229.map.gz	778.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-47229-v30.xml emd-47229.xml	23.6 KB 23.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_47229.png	65.7 KB
Filedesc metadata	emd-47229.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_47229_half_map_1.map.gz emd_47229_half_map_2.map.gz	765.3 MB 765.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-47229 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-47229	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_47229_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_47229_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_47229_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_47229_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-47229 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-47229	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	40991C 40993C 40997C 40998C 40999C 41000C 41002C 47228C 47230C 47231C 47259C 8t2yC 8t30C 8t3aC 8t3bC 8t3cC 8t3dC 8t3fC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_47229.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.73 Å/pix. x 600 pix. = 438. Å	0.73 Å/pix. x 600 pix. = 438. Å	0.73 Å/pix. x 600 pix. = 438. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.73 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.7
最小 - 最大	-1.7078838 - 3.8048222
平均 (標準偏差)	0.00848133 (±0.075484574)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_47229_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_47229_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Hypomethylated ribosome incubated with hygromycin B

全体	名称: Hypomethylated ribosome incubated with hygromycin B
要素	複合体: Hypomethylated ribosome incubated with hygromycin B

-
超分子 #1: Hypomethylated ribosome incubated with hygromycin B

超分子	名称: Hypomethylated ribosome incubated with hygromycin B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#78, #80-#81
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
糖包埋	材質: carbon
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 7mpi
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 160722
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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