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- EMDB-47222: Cryo-EM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and the CTD of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47222
タイトルCryo-EM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and the CTD of the alpha subunit of RNAP from the cyanobacterium Synechococcus elongatus
マップデータ
試料
  • 複合体: CryoEM structure of Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme
    • DNA: Non-template DNA
    • DNA: Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA
キーワードalpha subunit of RNAP / PkaiBC DNA / RpaA / transcription factor / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


circadian regulation of translation / phosphorelay response regulator activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / circadian rhythm / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription cis-regulatory region binding ...circadian regulation of translation / phosphorelay response regulator activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / circadian rhythm / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / cell division / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor, RpoD-like, cyanobacteria / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD ...RNA polymerase sigma factor, RpoD-like, cyanobacteria / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor SigA1 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア) / synthetic construct (人工物) / Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Fang M / Gu Y / Matyszewski M / Leanca M / LiWang A / Yuzenkova Y / Corbett KD / Golden SE
資金援助 米国, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144121 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118290 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W017385/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Reconstitution of Circadian Transcription in vitro through RpaA Regulation
著者: Fang M / Gu Y / Leanca M / Matyszewski M / LiWang A / Yuzenkova Y / Corbett KD / Golden SE
履歴
登録2024年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47222.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47222.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 400 pix.
= 561. Å		1.4 Å/pix.
x 400 pix.
= 561. Å		1.4 Å/pix.
x 400 pix.
= 561. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4025 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.59008753 - 1.0937015
平均 (標準偏差)-0.00014668076 (±0.014773131)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 561.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47222_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47222_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM structure of Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme

全体名称: CryoEM structure of Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme
要素
  • 複合体: CryoEM structure of Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme
    • DNA: Non-template DNA
    • DNA: Template DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA

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超分子 #1: CryoEM structure of Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme

超分子名称: CryoEM structure of Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #5, #4
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)

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分子 #1: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 32.396689 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG) (DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC) (DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DT)(DG)(DA)

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分子 #2: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 32.384795 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC) (DA) (DT)(DC)(DT)(DA)(DA) ...文字列:
(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC) (DA) (DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DC) (DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (バクテリア)
分子量理論値: 33.814891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTFQVECVES RTEADQGQYG RFSIEPLARG QGTTVGNALR RVLLSNLEGT AVTAVRIGGV NHEFATIPGV REDVLDILLN VRELVVHAH SPQPQIGRLR VVGPATVTAA DVDFGPEVEV INPNHYIASL SEGATLEMEL KVEWGTGYRA IDRSHDETTA L DFLQLDAV ...文字列:
MTFQVECVES RTEADQGQYG RFSIEPLARG QGTTVGNALR RVLLSNLEGT AVTAVRIGGV NHEFATIPGV REDVLDILLN VRELVVHAH SPQPQIGRLR VVGPATVTAA DVDFGPEVEV INPNHYIASL SEGATLEMEL KVEWGTGYRA IDRSHDETTA L DFLQLDAV FMPVRRVNYS VEDARVGEST AIDRLVLEVW TNGSLSPQEA LSQAASCLVA LFEPLKNVSV GSTHTADPEP TP ESQTPIE DLQLSVRAYN CLKRAQVNSV ADLLSYTYED LLEIKNFGQK SAEEVVEALE RIGIKLQESK VS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #4: DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA

分子名称: DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
株: ATCC 33912 / PCC 7942 / FACHB-805
分子量理論値: 28.582727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKPRILVIDD DSAILELVAV NLEMSGYDVR KAEDGIKGQA LAVQLVPDLI ML(PHD)LMLPRVD GFTVCQRLRR DERTAE IPV LMLTALGQTQ DKVEGFNAGA DDYLTKPFEV EEMLARVRAL LQRTDRIPHA ARHSEILSYG PLTLIPERFE AIWFNRT VK ...文字列:
MKPRILVIDD DSAILELVAV NLEMSGYDVR KAEDGIKGQA LAVQLVPDLI ML(PHD)LMLPRVD GFTVCQRLRR DERTAE IPV LMLTALGQTQ DKVEGFNAGA DDYLTKPFEV EEMLARVRAL LQRTDRIPHA ARHSEILSYG PLTLIPERFE AIWFNRT VK LTHLEFELLH CLLQRHGQTV APSEILKEVW GYDPDDDIET IRVHIRHLRT KLEPDPRHPR YIKTVYGAGY CLELPAET E LHQHADQFPS AS

UniProtKB: DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA

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分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA1

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
株: ATCC 33912 / PCC 7942 / FACHB-805
分子量理論値: 45.776234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTQLISIDKE QEEAGMTQAT ELLDPALKPA ETKAKRSSRK KATTAVVEPA TTIAPTADVD AIDDEDSVGE DEDAAAKAKA KVRKTYTED SIRLYLQEIG RIRLLRADEE IELARQIADL LALERIRDEL LEQLDRLPSD AEWAAAVDSP LDEFRRRLFR G RRAKDKMV ...文字列:
MTQLISIDKE QEEAGMTQAT ELLDPALKPA ETKAKRSSRK KATTAVVEPA TTIAPTADVD AIDDEDSVGE DEDAAAKAKA KVRKTYTED SIRLYLQEIG RIRLLRADEE IELARQIADL LALERIRDEL LEQLDRLPSD AEWAAAVDSP LDEFRRRLFR G RRAKDKMV QSNLRLVVSI AKKYMNRGLS FQDLIQEGSL GLIRAAEKFD HEKGYKFSTY ATWWIRQAIT RAIADQSRTI RL PVHLYET ISRIKKTTKL LSQEMGRKPT EEEIATRMEM TIEKLRFIAK SAQLPISLET PIGKEEDSRL GDFIEADGET PED EVAKNL LREDLEGVLS TLSPRERDVL RLRYGLDDGR MKTLEEIGQL FNVTRERIRQ IEAKALRKLR HPNRNSILKE YIR

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM MgCl2 and 5% glycerol
グリッドモデル: Quantifoil Active R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 81192
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9dvt:
Cryo-EM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and the CTD of the alpha subunit of RNAP from the cyanobacterium Synechococcus elongatus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る