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万見
- EMDB-47218: Cryptococcus neoformans 60S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47218
タイトルCryptococcus neoformans 60S ribosome
マップデータCryoptococcus neoformans 60S map
試料
  • 複合体: Cryptococcus neoformans 60S Ribosome
キーワードCryptococcus / neoformans / 60S / ribosome / cryoEM / purification methods
生物種Cryptococcus neoformans (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Erath J / Djuranovic S / Pavlovic Djuranovic S / Hashem Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136823 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112824 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A rapid, simple, and economical method for the isolation of ribosomes and translational machinery for structural and functional studies.
著者: Jessey Erath / Danielle Kemper / Elisha Mugo / Alex Jacoby / Elizabeth Valenzuela / Courtney F Jungers / Wandy L Beatty / Yaser Hashem / Marko Jovanovic / Sergej Djuranovic / Slavica Pavlovic Djuranovic /
要旨: Ribosomes are RNA-protein complexes essential for protein synthesis and quality control. Traditional methods for ribosome isolation are labor-intensive, expensive, and require a substantial amount of ...Ribosomes are RNA-protein complexes essential for protein synthesis and quality control. Traditional methods for ribosome isolation are labor-intensive, expensive, and require a substantial amount of biological material. In contrast, our method, RNA affinity purification using poly-lysine (RAPPL), provides a rapid, simple, and cost-effective alternative applicable to various species and types of starting material (cell lysates, whole cells, organs, or whole organisms). It is also compatible with traditional isolation techniques. Here, we describe the use of RAPPL for rapid isolation, functional screening, and structural analysis of ribosomes and associated factors. We also demonstrate the application of RAPPL in investigating ribosome-associated resistance mechanisms in uropathogenic Escherichia coli samples and generating a 2.7-Å cryoEM ribosome structure from Cryptococcus neoformans. By significantly reducing the amount of the starting biological material and the time required for isolation, RAPPL has the potential to facilitate the study of ribosomal function, interactions, and antibiotic resistance and provide a versatile platform for academic, clinical, and industrial research.
履歴
登録2024年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47218.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryoptococcus neoformans 60S map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 450 pix.
= 504.9 Å		1.12 Å/pix.
x 450 pix.
= 504.9 Å		1.12 Å/pix.
x 450 pix.
= 504.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-8.610681 - 15.61412
平均 (標準偏差)-0.0065472242 (±0.3947804)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 504.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Cryoptococcus neoformans 60S map

ファイルemd_47218_additional_1.map
注釈Cryoptococcus neoformans 60S map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryoptococcus neoformans 60S half map

ファイルemd_47218_half_map_1.map
注釈Cryoptococcus neoformans 60S half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryoptococcus neoformans 60S half map

ファイルemd_47218_half_map_2.map
注釈Cryoptococcus neoformans 60S half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryptococcus neoformans 60S Ribosome

全体名称: Cryptococcus neoformans 60S Ribosome
要素
  • 複合体: Cryptococcus neoformans 60S Ribosome

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超分子 #1: Cryptococcus neoformans 60S Ribosome

超分子名称: Cryptococcus neoformans 60S Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Cryptococcus neoformans (菌類)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.6 µm / 倍率（公称値）: 59000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 294300
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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