[日本語] English
万見
- EMDB-47201: Cryo EM structure of Hendra G ectodomain in complex with Ephrin-B... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47201
タイトルCryo EM structure of Hendra G ectodomain in complex with Ephrin-B2 and Fab HENV-270
マップデータ
試料
  • 複合体: Hendra G ectodomain in complex with Ephrin-B2 and Fab HENV-270
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Ephrin-B2
    • タンパク質・ペプチド: Fan HENV-270 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fan HENV-270 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
キーワードFab / Receptor / Complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


venous blood vessel morphogenesis / nephric duct morphogenesis / positive regulation of aorta morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / presynapse assembly / lymph vessel development / regulation of chemotaxis / adherens junction organization / cell migration involved in sprouting angiogenesis / EPH-Ephrin signaling ...venous blood vessel morphogenesis / nephric duct morphogenesis / positive regulation of aorta morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / presynapse assembly / lymph vessel development / regulation of chemotaxis / adherens junction organization / cell migration involved in sprouting angiogenesis / EPH-Ephrin signaling / blood vessel morphogenesis / Ephrin signaling / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / exo-alpha-sialidase activity / keratinocyte proliferation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / anatomical structure morphogenesis / negative regulation of keratinocyte proliferation / ephrin receptor signaling pathway / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / ephrin receptor binding / T cell costimulation / EPHB-mediated forward signaling / axon guidance / animal organ morphogenesis / adherens junction / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / cell-cell signaling / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / presynaptic membrane / virus receptor activity / cell adhesion / host cell surface receptor binding / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / viral envelope / dendrite / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin-B ectodomain / Ephrin receptor-binding domain / Ephrin, conserved site / Ephrin / Ephrin / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain signature. / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain profile. / Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase ...Ephrin-B ectodomain / Ephrin receptor-binding domain / Ephrin, conserved site / Ephrin / Ephrin / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain signature. / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain profile. / Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein / Ephrin-B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Henipavirus hendraense (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Binshtein E / Crowe JE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo EM structure of Hendra G ectodomain in complex with Ephrin-B2 and Fab HENV-270
著者: Binshtein E / Crowe JE
履歴
登録2024年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_47201.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47201.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.29 Å/pix.
x 200 pix.
= 258.8 Å		1.29 Å/pix.
x 200 pix.
= 258.8 Å		1.29 Å/pix.
x 200 pix.
= 258.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.294 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.0017321063 - 2.0199342
平均 (標準偏差)0.0010489804 (±0.02222079)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 258.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_47201_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_47201_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Hendra G ectodomain in complex with Ephrin-B2 and Fab HENV-270

全体名称: Hendra G ectodomain in complex with Ephrin-B2 and Fab HENV-270
要素
  • 複合体: Hendra G ectodomain in complex with Ephrin-B2 and Fab HENV-270
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Ephrin-B2
    • タンパク質・ペプチド: Fan HENV-270 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fan HENV-270 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: beta-D-mannopyranose

-
超分子 #1: Hendra G ectodomain in complex with Ephrin-B2 and Fab HENV-270

超分子名称: Hendra G ectodomain in complex with Ephrin-B2 and Fab HENV-270
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus hendraense (ウイルス)
分子量理論値: 48.059559 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ISQGVSDLVG LPNQICLQKT TSTILKPRLI SYTLPINTRE GVCITDPLLA VDNGFFAYSH LEKIGSCTRG IAKQRIIGVG EVLDRGDKV PSMFMTNVWT PPNPSTIHHC SSTYHEDFYY TLCAVSHVGD PILNSTSWTE SLSLIRLAVR PKSDSGDYNQ K YIAITKVE ...文字列:
ISQGVSDLVG LPNQICLQKT TSTILKPRLI SYTLPINTRE GVCITDPLLA VDNGFFAYSH LEKIGSCTRG IAKQRIIGVG EVLDRGDKV PSMFMTNVWT PPNPSTIHHC SSTYHEDFYY TLCAVSHVGD PILNSTSWTE SLSLIRLAVR PKSDSGDYNQ K YIAITKVE RGKYDKVMPY GPSGIKQGDT LYFPAVGFLP RTEFQYNDSN CPIIHCKYSK AENCRLSMGV NSKSHYILRS GL LKYNLSL GGDIILQFIE IADNRLTIGS PSKIYNSLGQ PVFYQASYSW DTMIKLGDVD TVDPLRVQWR NNSVISRPGQ SQC PRFNVC PEVCWEGTYN DAFLIDRLNW VSAGVYLNSN QTAENPVFAV FKDNEILYQV PLAEDDTNAQ KTITDCFLLE NVIW CISLV EIYDTGDSVI RPKLFAVKIP AQCS

UniProtKB: Glycoprotein

-
分子 #2: Ephrin-B2

分子名称: Ephrin-B2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.8031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SIVLEPIYWN SSNSKFLPGQ GLVLYPQIGD KLDIICPKVD SKTVGQYEYY KVYMVDKDQA DRCTIKKENT PLLNCAKPDQ DIKFTIKFQ EFSPNLWGLE FQKNKDYYII STSNGSLEGL DNQEGGVCQT RAMKILMKV

UniProtKB: Ephrin-B2

-
分子 #3: Fan HENV-270 heavy chain

分子名称: Fan HENV-270 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.946451 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGSE LKKPGASVKV SCKASGYTFT SYAVNWVRQA PGQGLEWVGW MSTNTGDPIY AQGFTGRFVF SLDTSVSTAY LQISSLKAE DSGVYYCARE GLRGRAFDIW GQGTMVTVSS A

-
分子 #4: Fan HENV-270 light chain

分子名称: Fan HENV-270 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.608795 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SYELTQPPSV SVSPGQTARI TCSGDKLGDK YAAWYQQKPG QSPVLVIYQN TKRPSGIPER FSGSSSGNTA TLTISGTQAM DEADYFCQA WDSRTNWVFG GGTKLTVLG

-
分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
分子 #8: beta-D-mannopyranose

分子名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 854283
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る