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- EMDB-47176: Cryo-EM structure of the Measles Virus polymerase (L) protein in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47176
タイトルCryo-EM structure of the Measles Virus polymerase (L) protein in complex with the tetrameric phosphoprotein (P)
マップデータCryo-EM map of the Measles virus L-P complex
試料
  • 複合体: The Measles virus L-P complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
キーワードMeasles virus / L protein / phosphoprotein / RNA-dependent RNA polymerase / PRNTase / GDP polyribonucleotidyl transferase / RNA capping / MTase / viral replication / TRANSFERASE / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity ...GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal ...RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Measles virus strain Edmonston-B (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Liu B / Wang D / Yang G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: The mechanochemical cycle of reactive full-length human dynein 1.
著者: Pengxin Chai / Jun Yang / Indigo C Geohring / Steven M Markus / Yue Wang / Kai Zhang /
要旨: Dynein-driven cargo transport has a pivotal role in diverse cellular activities, central to which is dynein's mechanochemical cycle. Here, we performed a systematic cryo-electron microscopic ...Dynein-driven cargo transport has a pivotal role in diverse cellular activities, central to which is dynein's mechanochemical cycle. Here, we performed a systematic cryo-electron microscopic investigation of the conformational landscape of full-length human dynein 1 in reaction, in various nucleotide conditions, on and off microtubules. Our approach reveals over 40 high-resolution structures, categorized into eight states, providing a dynamic and comprehensive view of dynein throughout its mechanochemical cycle. The described intermediate states reveal mechanistic insights into dynein function, including a 'backdoor' phosphate release model that coordinates linker straightening, how microtubule binding enhances adenosine triphosphatase activity through a two-way communication mechanism and the crosstalk mechanism between AAA1 and the regulatory AAA3 site. Our findings also lead to a revised model for the force-generating powerstroke and reveal means by which dynein exhibits unidirectional stepping. These results improve our understanding of dynein and provide a more complete model of its mechanochemical cycle.
履歴
登録2024年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47176.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the Measles virus L-P complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.968 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.968 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88533 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.02290388 - 1.7483463
平均 (標準偏差)0.00069409446 (±0.017389178)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 339.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: The unsharpened cryo-EM map of the Measles virus L-P complex

ファイルemd_47176_additional_1.map
注釈The unsharpened cryo-EM map of the Measles virus L-P complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of the Measles virus L-P complex

ファイルemd_47176_half_map_1.map
注釈Half map B of the Measles virus L-P complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of the Measles virus L-P complex

ファイルemd_47176_half_map_2.map
注釈Half map A of the Measles virus L-P complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The Measles virus L-P complex

全体名称: The Measles virus L-P complex
要素
  • 複合体: The Measles virus L-P complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein

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超分子 #1: The Measles virus L-P complex

超分子名称: The Measles virus L-P complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Measles virus strain Edmonston-B (ウイルス)
分子量理論値: 610 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Measles virus strain Edmonston-B (ウイルス)
分子量理論値: 247.910641 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDSLSVNQIL YPEVHLDSPI VTNKIVAILE YARVPHAYSL EDPTLCQNIK HRLKNGFSNQ MIINNVEVGN VIKSKLRSYP AHSHIPYPN CNQDLFNIED KESTRKIREL LKKGNSLYSK VSDKVFQCLR DTNSRLGLGS ELREDIKEKV INLGVYMHSS Q WFEPFLFW ...文字列:
MDSLSVNQIL YPEVHLDSPI VTNKIVAILE YARVPHAYSL EDPTLCQNIK HRLKNGFSNQ MIINNVEVGN VIKSKLRSYP AHSHIPYPN CNQDLFNIED KESTRKIREL LKKGNSLYSK VSDKVFQCLR DTNSRLGLGS ELREDIKEKV INLGVYMHSS Q WFEPFLFW FTVKTEMRSV IKSQTHTCHR RRHTPVFFTG SSVELLISRD LVAIISKESQ HVYYLTFELV LMYCDVIEGR LM TETAMTI DARYTELLGR VRYMWKLIDG FFPALGNPTY QIVAMLEPLS LAYLQLRDIT VELRGAFLNH CFTEIHDVLD QNG FSDEGT YHELIEALDY IFITDDIHLT GEIFSFFRSF GHPRLEAVTA AENVRKYMNQ PKVIVYETLM KGHAIFCGII INGY RDRHG GSWPPLTLPL HAADTIRNAQ ASGDGLTHEQ CVDNWKSFAG VKFGCFMPLS LDSDLTMYLK DKALAALQRE WDSVY PKEF LRYDPPKGTG SRRLVDVFLN DSSFDPYDVI MYVVSGAYLH DPEFNLSYSL KEKEIKETGR LFAKMTYKMR ACQVIA ENL ISNGIGKYFK DNGMAKDEHD LTKALHTLAV SGVPKDLKES HRGGPVLKTY SRSPVHTSTR NVRAAKGFIG FPQVIRQ DQ DTDHPENMEA YETVSAFITT DLKKYCLNWR YETISLFAQR LNEIYGLPSF FQWLHKRLET SVLYVSDPHC PPDLDAHI P LYKVPNDQIF IKYPMGGIEG YCQKLWTIST IPYLYLAAYE SGVRIASLVQ GDNQTIAVTK RVPSTWPYNL KKREAARVT RDYFVILRQR LHDIGHHLKA NETIVSSHFF VYSKGIYYDG LLVSQSLKSI ARCVFWSETI VDETRAACSN IATTMAKSIE RGYDRYLAY SLNVLKVIQQ ILISLGFTIN STMTRDVVIP LLTNNDLLIR MALLPAPIGG MNYLNMSRLF VRNIGDPVTS S IADLKRMI LASLMPEETL HQVMTQQPGD SSFLDWASDP YSANLVCVQS ITRLLKNITA RFVLIHSPNP MLKGLFHDDS KE EDEGLAA FLMDRHIIVP RAAHEILDHS VTGARESIAG MLDTTKGLIR ASMRKGGLTS RVITRLSNYD YEQFRAGMVL LTG RKRNVL IDKESCSVQL ARALRSHMWA RLARGRPIYG LEVPDVLESM RGHLIRRHET CVICECGSVN YGWFFVPSGC QLDD IDKET SSLRVPYIGS TTDERTDMKL AFVRAPSRSL RSAVRIATVY SWAYGDDDSS WNEAWLLARQ RANVSLEELR VITPI STST NLAHRLRDRS TQVKYSGTSL VRVARYTTIS NDNLSFVISD KKVDTNFIYQ QGMLLGLGVL ETLFRLEKDT GSSNTV LHL HVETDCCVIP MIDHPRIPSS RKLELRAELC TNPLIYDNAP LIDRDATRLY TQSHRRHLVE FVTWSTPQLY HILAKST AL SMIDLVTKFE KDHMNEISAL IGDDDINSFI TEFLLIEPRL FTIYLGQCAA INWAFDVHYH RPSGKYQMGE LLSSFLSR M SKGVFKVLVN ALSHPKIYKK FWHCGIIEPI HGPSLDAQNL HTTVCNMVYT CYMTYLDLLL NEELEEFTFL LCESDEDVV PDRFDNIQAK HLCVLADLYC QPGTCPPIQG LRPVEKCAVL TDHIKAEAML SPAGSSWNIN PIIVDHYSCS LTYLRRGSIK QIRLRVDPG FIFDALAEVN VSQPKIGSNN ISNMSIKAFR PPHDDVAKLL KDINTSKHNL PISGGNLANY EIHAFRRIGL N SSACYKAV EISTLIRRCL EPGEDGLFLG EGSGSMLITY KEILKLSKCF YNSGVSANSR SGQRELAPYP SEVGLVEHRM GV GNIVKVL FNGRPEVTWV GSVDCFNFIV SNIPTSSVGF IHSDIETLPD KDTIEKLEEL AAILSMALLL GKIGSILVIK LMP FSGDFV QGFISYVGSH YREVNLVYPR YSNFISTESY LVMTDLKANR LMNPEKIKQQ IIESSVRTSP GLIGHILSIK QLSC IQAIV GDAVSRGDIN PTLKKLTPIE QVLINCGLAI NGPKLCKELI HHDVASGQDG LLNSILILYR ELARFKDNQR SQQGM FHAY PVLVSSRQRE LISRITRKFW GHILLYSGNR KLINKFIQNL KSGYLILDLH QNIFVKNLSK SEKQIIMTGG LKREWV FKV TVKETKEWYK LVGYSALIKD

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Measles virus strain Edmonston-B (ウイルス)
分子量理論値: 54.088332 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAEEQARHVK NGLECIRALK AEPIGSLAIE EAMAAWSEIS DNPGQERATC REEKAGSSGL SKPCLSAIGS TEGGAPRIRG QGPGESDDD AETLGIPPRN LQASSTGLQC HYVYDHSGEA VKGIQDADSI MVQSGLDGDS TLSGGDNESE NSDVDIGEPD T EGYAITDR ...文字列:
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UniProtKB: Phosphoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 250 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM TCEP, and 4 mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 63.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17071 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 54.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8112589
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 167313
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 75.98
得られたモデル

PDB-9dus:
Cryo-EM structure of the Measles Virus polymerase (L) protein in complex with the tetrameric phosphoprotein (P)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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