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万見
- EMDB-47153: Single particle cryoelectron microscopy of respiratory syncytial ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47153
タイトルSingle particle cryoelectron microscopy of respiratory syncytial virus G ectodomain in complex with Fabs 2D10 and 3D3
マップデータ
試料
  • 複合体: Respiratory syncytial virus G ectodomain in complex with Fabs 2D10 and 3D3
    • タンパク質・ペプチド: Respiratory syncytial virus G ectodomain (RSVG)
    • タンパク質・ペプチド: mAb 2D10 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 3D3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 3D3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 2D10 Light chain
キーワードrespiratory syncytial virus G ectodomain / Fab 2D10 / Fab 3D3 / VIRAL PROTEIN
生物種Respiratory syncytial virus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.29 Å
データ登録者O'Rourke S / Juarez MG / Balasco Serrao VH / DuBois RM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI166066 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Structures of respiratory syncytial virus G bound to broadly reactive antibodies provide insights into vaccine design.
著者: Maria G Juarez / Sara M O'Rourke / John V Dzimianski / Delia Gagnon / Gabriel Penunuri / Vitor H B Serrão / Russell B Corbett-Detig / Lawrence M Kauvar / Rebecca M DuBois /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of severe lower respiratory tract disease in infants and older adults. The attachment glycoprotein (RSV G) binds to the chemokine receptor CX3CR1 ...Respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of severe lower respiratory tract disease in infants and older adults. The attachment glycoprotein (RSV G) binds to the chemokine receptor CX3CR1 to promote viral entry and modulate host immunity. Antibodies against RSV G are a known correlate of protection. Previously, several broadly reactive, high-affinity anti-RSV G human monoclonal antibodies were isolated from RSV-exposed individuals and were shown to be protective in vitro and in vivo. Here, we determined the structures of three of these antibodies in complex with RSV G and defined distinct conformational epitopes comprised of highly conserved RSV G residues. Binding competition and structural studies demonstrated that this highly conserved region displays two non-overlapping antigenic sites. Analyses of anti-RSV G antibody sequences reveal that antigenic site flexibility may promote the elicitation of diverse antibody germlines. Together, these findings provide a foundation for next-generation RSV prophylactics, and they expand concepts in vaccine design for the elicitation of germline lineage-diverse, broadly reactive, high-affinity antibodies.
履歴
登録2024年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47153.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 320 pix.
= 221.28 Å		0.69 Å/pix.
x 320 pix.
= 221.28 Å		0.69 Å/pix.
x 320 pix.
= 221.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6915 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0186
最小 - 最大0.0 - 0.20801057
平均 (標準偏差)0.0009874784 (±0.008020246)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 221.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47153_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47153_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory syncytial virus G ectodomain in complex with Fabs 2D1...

全体名称: Respiratory syncytial virus G ectodomain in complex with Fabs 2D10 and 3D3
要素
  • 複合体: Respiratory syncytial virus G ectodomain in complex with Fabs 2D10 and 3D3
    • タンパク質・ペプチド: Respiratory syncytial virus G ectodomain (RSVG)
    • タンパク質・ペプチド: mAb 2D10 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 3D3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 3D3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: mAb 2D10 Light chain

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超分子 #1: Respiratory syncytial virus G ectodomain in complex with Fabs 2D1...

超分子名称: Respiratory syncytial virus G ectodomain in complex with Fabs 2D10 and 3D3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)

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分子 #1: Respiratory syncytial virus G ectodomain (RSVG)

分子名称: Respiratory syncytial virus G ectodomain (RSVG) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: SVLASEFSAN HKVTPTTAII QDATSQIKNT TPTYLTQNPQ LGISPSNPSE ITSQITTILA STTPGVKSTL QSTTVKTKNT TTTQTQPSKP TTKQRQNKPP SKPNNDFHFE VFNFVPCSIC SNNPTCWAIC KRIPNKKPGK KTTTKPTKKP TLKTTKKDPK PQTTKSKEVP ...文字列:
SVLASEFSAN HKVTPTTAII QDATSQIKNT TPTYLTQNPQ LGISPSNPSE ITSQITTILA STTPGVKSTL QSTTVKTKNT TTTQTQPSKP TTKQRQNKPP SKPNNDFHFE VFNFVPCSIC SNNPTCWAIC KRIPNKKPGK KTTTKPTKKP TLKTTKKDPK PQTTKSKEVP TTKPTEEPTI NTTKTNIITT LLTSNTTGNP ELTSQMETFH STSSEGNPSP SQVSTTSEYP SQPSSPPNTP RQHHHHHHGW SHPQFEKGGG SGGGSGGGSW SHPQFEK

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分子 #2: mAb 2D10 Fab Heavy chain

分子名称: mAb 2D10 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVQSGPE VKKPGASVRL SCKASGYVFT NYGVSWVRQA PGQGLEWMGW SSPYNGNTYY AQKLKARVTM TTDTSTNTAY MELRSLRSDD TAVYYCGRDM LGVVQAVAGP FDSWGQGTLV TVSSASASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG ...文字列:
QVQLVQSGPE VKKPGASVRL SCKASGYVFT NYGVSWVRQA PGQGLEWMGW SSPYNGNTYY AQKLKARVTM TTDTSTNTAY MELRSLRSDD TAVYYCGRDM LGVVQAVAGP FDSWGQGTLV TVSSASASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD KTH

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分子 #3: mAb 3D3 Fab heavy chain

分子名称: mAb 3D3 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EEQLVESGGG LVQPGRSLRL SCVGSGLRFE EHAMHWVRQA PGRGLEWVSG ISWNSGSVGY ADSVKGRFTT SRDNAKDILF LEMNTLRSED TALYFCAIMV ATTKNDFHYY KDVWGKGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL ...文字列:
EEQLVESGGG LVQPGRSLRL SCVGSGLRFE EHAMHWVRQA PGRGLEWVSG ISWNSGSVGY ADSVKGRFTT SRDNAKDILF LEMNTLRSED TALYFCAIMV ATTKNDFHYY KDVWGKGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT H

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分子 #4: mAb 3D3 light chain

分子名称: mAb 3D3 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS NHLAWYQQKP GQAPRLLIYE TSNRATGIPP RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQQ RNNWYTFGQG TKLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE SVTEQDSKDS ...文字列:
QIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS NHLAWYQQKP GQAPRLLIYE TSNRATGIPP RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQQ RNNWYTFGQG TKLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE SVTEQDSKDS TYSLSSTLTL SKADYEKHKV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR GEC

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分子 #5: mAb 2D10 Light chain

分子名称: mAb 2D10 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DTPMTQSPSS VSASVGDRVT ISCRASQGIS NSLAWYQQKL GKAPQLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ TNTFPFTFGP GTKVEVRRRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK ...文字列:
DTPMTQSPSS VSASVGDRVT ISCRASQGIS NSLAWYQQKL GKAPQLLIYA ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ TNTFPFTFGP GTKVEVRRRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 481593
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 50831
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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