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- EMDB-47097: Mycolicibacterium smegmatis MmpL5-AcpM structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47097
タイトルMycolicibacterium smegmatis MmpL5-AcpM structure
マップデータMycolicibacterium smegmatis MmpL5-AcpM structure
試料
  • 複合体: MmpL5-AcpM
    • タンパク質・ペプチド: Meromycolate extension acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: MmpL5 protein
  • リガンド: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
キーワードMycolicibacterium smegmatis / MmpL5 / AcpM / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Membrane transport protein MmpL family / : / : / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MmpL5 protein / Meromycolate extension acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Maharjan R / Klenotic PA / Zhang Z / Yu EW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI145069 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2024
タイトル: Structures of the mycobacterial MmpL4 and MmpL5 transporters provide insights into their role in siderophore export and iron acquisition.
著者: Rakesh Maharjan / Zhemin Zhang / Philip A Klenotic / William D Gregor / Marios L Tringides / Meng Cui / Georgiana E Purdy / Edward W Yu /
要旨: The Mycobacterium tuberculosis (Mtb) pathogen, the causative agent of the airborne infection tuberculosis (TB), harbors a number of mycobacterial membrane protein large (MmpL) transporters. These ...The Mycobacterium tuberculosis (Mtb) pathogen, the causative agent of the airborne infection tuberculosis (TB), harbors a number of mycobacterial membrane protein large (MmpL) transporters. These membrane proteins can be separated into 2 distinct subclasses, where they perform important functional roles, and thus, are considered potential drug targets to combat TB. Previously, we reported both X-ray and cryo-EM structures of the MmpL3 transporter, providing high-resolution structural information for this subclass of the MmpL proteins. Currently, there is no structural information available for the subclass associated with MmpL4 and MmpL5, transporters that play a critical role in iron homeostasis of the bacterium. Here, we report cryo-EM structures of the M. smegmatis MmpL4 and MmpL5 transporters to resolutions of 2.95 Å and 3.00 Å, respectively. These structures allow us to propose a plausible pathway for siderophore translocation via these 2 transporters, an essential step for iron acquisition that enables the survival and replication of the mycobacterium.
履歴
登録2024年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47097.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mycolicibacterium smegmatis MmpL5-AcpM structure
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.47144493 - 1.0293993
平均 (標準偏差)-0.0007106831 (±0.019294182)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_47097_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_47097_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MmpL5-AcpM

全体名称: MmpL5-AcpM
要素
  • 複合体: MmpL5-AcpM
    • タンパク質・ペプチド: Meromycolate extension acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: MmpL5 protein
  • リガンド: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE

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超分子 #1: MmpL5-AcpM

超分子名称: MmpL5-AcpM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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分子 #1: Meromycolate extension acyl carrier protein

分子名称: Meromycolate extension acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 10.743876 KDa
配列文字列:
MAATQEEIIA GLAEIIEEVT GIEPSEVTPE KSFVDDLDID SLSMVEIAVQ TEDKYGVKIP DEDLAGLRTV GDVVAYIQKL EEENPEAAA ALREKFAADQ

UniProtKB: Meromycolate extension acyl carrier protein

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分子 #2: MmpL5 protein

分子名称: MmpL5 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 105.598219 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
配列文字列: MSAPTDDTPT DAIAAPRHSA PPRPRLPWFL RTFAVPIILA WVAVVAILNT VVPTLDEVGE MRAVSMAPND APSTLAIKRV GQVFEEYDT SSSVMIVLEG EEPLGIEAHA FYDKMVADLR ADTEHVQHVQ DFWGDTLTAS GAQSVDGKAA YVQVYIAGDQ G ESLANESV ...文字列:
MSAPTDDTPT DAIAAPRHSA PPRPRLPWFL RTFAVPIILA WVAVVAILNT VVPTLDEVGE MRAVSMAPND APSTLAIKRV GQVFEEYDT SSSVMIVLEG EEPLGIEAHA FYDKMVADLR ADTEHVQHVQ DFWGDTLTAS GAQSVDGKAA YVQVYIAGDQ G ESLANESV EAVRKIATER ETPSGVKAYV TGAAATSADQ RAEGDASMKL IEGVTFAVIT VMLLAVYRSV ITTLIVLAMV VL GLSGARG IVAFLGFYNV FGLTTFATNM VVTLAIAAAT DYAIFLIGRY QEARRAGEDR ESAYYTMFHG TAHVVLASGL TIA GATLCL HFTRLPYFQT MGVPLAIGML IVVAAALTAG PAVISVVSRF GKTLEPKRFS RSPGWHRVGT ATVRWPGAIL VCAV VAALI GLLALPGYYT TYDDRRYLPD DVPANVGYDA AFRHFSQAKM NPDLMMVETD RDLRNPADFL VIDKIAKALK NVHGI AQVQ TITRPDGDPI EHSTIPYTIG QSGTTQIMNN DYMQTNLDNL LKQADDLQTS IDSMTEMMNI QTELAAVSQS MADKMA QTS DDTADVRDHL ADFDDFFRPI RNYLYWEPHC YDIPMCWSMR SIFESIDGIN TMSDDFQELV PEMRRMADLM PRMVAVM PA QIQSMKNQKQ TLLNQYQVQK AQQDQNMAMQ ENATAMSQAF DAAKNDDSFY LPPEAFETDD FQRGMKLFMS PDGHAVRF T IIHQGDPLTE EGTARMDELK VAAADAIKGT PFEGARIYLG GSAATYNDMQ IGADYDLIIV AASALILIFI IMMVLTRAV VAAAVIVGTV VLSLASAFGL SVLLWQHIVG IPLHWMVLPM SVIVLLAVGA DYNLLLVSRM KEEIHAGIRT GIIRAMVGTG AVVTAAGLV FAFTMASMAV SSLITIGQVG TTIGLGLLFD TLVVRSLMTP SIATLLGRWF WWPQRVRERP VPSKWPTPIQ R TPEEALS

UniProtKB: MmpL5 protein

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分子 #3: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE

分子名称: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PNS
分子量理論値: 358.348 Da
Chemical component information

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
20.0 mMNaClsodium chloride
0.005 %C47H88O22Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.12 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3334872
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100486
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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