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- EMDB-47085: Cryo-EM structure of LptB2FG apo-II -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47085
タイトルCryo-EM structure of LptB2FG apo-II
マップデータ
試料
  • 複合体: LptB2FG
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
    • タンパク質・ペプチド: Permease
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
キーワードLPS transporter / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Permease LptG/LptF-related / LPS export ABC transporter permease LptF / LPS export ABC transporter permease LptG / Lipopolysaccharide export system permease LptF/LptG / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipopolysaccharide export system permease protein LptF / Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB / LPS export ABC transporter permease LptG
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Su CC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural snapshots of Pseudomonas aeruginosa LptB2FG and LptB2FGC reveal insights into lipopolysaccharide recognition and transport
著者: Su C
履歴
登録2024年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47085.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47085.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 350 pix.
= 378. Å		1.08 Å/pix.
x 350 pix.
= 378. Å		1.08 Å/pix.
x 350 pix.
= 378. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.7222254 - 2.524776
平均 (標準偏差)0.00071089756 (±0.038933802)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 378.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47085_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_47085_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47085_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47085_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LptB2FG

全体名称: LptB2FG
要素
  • 複合体: LptB2FG
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
    • タンパク質・ペプチド: Permease
    • タンパク質・ペプチド: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

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超分子 #1: LptB2FG

超分子名称: LptB2FG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

分子名称: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 27.833975 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSMATLKAQ HLAKSYKGRQ VVRDVSMSID SGQIVGLLGP NGAGKTTCFY MIVGLVQADQ GVVRIDEQNV THLPMHGRAR AGIGYLPQE ASIFRKLSVS DNIMAILETR SDLDRNGRKE ALEGLLQEFH IHHIRDNLGM SLSGGERRRV EIARALASAP K FILLDEPF ...文字列:
MGSMATLKAQ HLAKSYKGRQ VVRDVSMSID SGQIVGLLGP NGAGKTTCFY MIVGLVQADQ GVVRIDEQNV THLPMHGRAR AGIGYLPQE ASIFRKLSVS DNIMAILETR SDLDRNGRKE ALEGLLQEFH IHHIRDNLGM SLSGGERRRV EIARALASAP K FILLDEPF AGVDPISVGD IKQIIHHLKA KGIGILITDH NVRETLDICE TAYIVNDGQL IAEGDAESIL ANDLVKEVYL GH EFRLKLH HHHHH

UniProtKB: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB

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分子 #2: Permease

分子名称: Permease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 39.511086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSMVKLDRY IGVTVFVAIL AVLGVILGLA LLFAFIDELN DISASYGIGD ALRFIFLTAP RRAYDMLPMA ALIGCLVGLG TLASNSELT IMRAAGVSLS RIVWAVMKPM LVLMLAGILV GEYVAPWTEN IAQSGRALAQ GGGDSQSSKR GLWHRQGREY I HINAVQPN ...文字列:
MGSMVKLDRY IGVTVFVAIL AVLGVILGLA LLFAFIDELN DISASYGIGD ALRFIFLTAP RRAYDMLPMA ALIGCLVGLG TLASNSELT IMRAAGVSLS RIVWAVMKPM LVLMLAGILV GEYVAPWTEN IAQSGRALAQ GGGDSQSSKR GLWHRQGREY I HINAVQPN GVLYGVTRYR FDEQRGLESA SFAKRARFET DHWQLEEVTT TLLHPREKRS EVVKLPTERW DAQLSPQLLN TV VMEPEAL SISGLWQYIH YLADQGLNNN RYWLAFWTKV LQPLVTAALV LMAISFIFGP LRSVTLGQRI FTGVLVGFVF RIA QDLLGP SSLVFDFPPL LAVVIPASIC ALAGVWLLRR AG

UniProtKB: LPS export ABC transporter permease LptG

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分子 #3: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF

分子名称: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 41.643719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSMIVFRYL SREVLVTMSA VSAVLLVIIM SGRFIKYLAQ AAQGLLDPGS LFLIMAFRIP GFLQLILPLG LFLGILLAYG RLYLESEMT VLSATGMSQK RLLGYTMAPA LLVAILVAWL SLFLAPQGIN QFALLLNKQD TLTEFDTLVP GRFQAMRDGT R VTYTEELS ...文字列:
MGSMIVFRYL SREVLVTMSA VSAVLLVIIM SGRFIKYLAQ AAQGLLDPGS LFLIMAFRIP GFLQLILPLG LFLGILLAYG RLYLESEMT VLSATGMSQK RLLGYTMAPA LLVAILVAWL SLFLAPQGIN QFALLLNKQD TLTEFDTLVP GRFQAMRDGT R VTYTEELS KDRGELAGIF ISQKDLNSSN QERGISILVA EKGTQNIQAD GSRYLILHNG YRYDGNPGQA NYRAIQYDTY GV MLPKPEA SSEVSERDAV PTADLFGSDN PRYQAELQWR LSTPLLVFVV TLLAVPLSRV NPRQGRFLKL LPAILLYMGY LAL LIAVRG QLDKGKIPMA IGLWWVHGLF LAIGLLLFYW EPLRLKLASS RAGREVAHG

UniProtKB: Lipopolysaccharide export system permease protein LptF

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分子 #4: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This is from a heterogeneous and impure protein sample.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 29.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio reconstruction by cryosparc
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 298102
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9dok:
Cryo-EM structure of LptB2FG apo-II

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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