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- EMDB-47073: Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47073
タイトルMembrane-spanning OlyA/PlyB pore complex
マップデータMembrane-spanning OlyA/PlyB pore complex
試料
  • 複合体: Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex
    • タンパク質・ペプチド: Pleurotolysin B
    • タンパク質・ペプチド: Ostreolysin A6
キーワードmembrane / pore formation / lipid interaction / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte
類似検索 - 分子機能
Pleurotolysin B, C-terminal / : / Pleurotolysin B C-terminal domain / Fungal MACPF-like domain / Hemolysin, aegerolysin type / Aegerolysin / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ostreolysin A6 / Pleurotolysin B
類似検索 - 構成要素
生物種Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Smothers J / Chen Z / Li Y / Han Y / Radhakrishnan A
資金援助 米国, フランス, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL160487 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158357 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM131963 米国
Welch FoundationI-1793 米国
Leducq Foundation19CVD04 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex
著者: Smothers J / Chen Z / Li Y / Han Y / Radhakrishnan A
履歴
登録2024年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47073.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.21935883 - 0.64121014
平均 (標準偏差)0.0013021562 (±0.016376076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex half map 1

ファイルemd_47073_half_map_1.map
注釈Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex half map 2

ファイルemd_47073_half_map_2.map
注釈Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex

全体名称: Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex
要素
  • 複合体: Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex
    • タンパク質・ペプチド: Pleurotolysin B
    • タンパク質・ペプチド: Ostreolysin A6

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超分子 #1: Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex

超分子名称: Membrane-spanning OlyA/PlyB pore complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: Pleurotolysin B

分子名称: Pleurotolysin B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
分子量理論値: 53.244539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHHHSQ AGDTLNDVIQ DPTRRNKLIN DNNLLKGIIM GRDGPVPSSR ELIVRPDTLR AIINNRATIE TTTMEAEFTE TLMESNYNS ASVKVSAPFI TANSEYSESS SFKNTETEKS MYTSSRYLFP QGRIDFTTPD SGFDDVIKLS PQFTSGVQAA L AKATGTEK ...文字列:
HHHHHHHHSQ AGDTLNDVIQ DPTRRNKLIN DNNLLKGIIM GRDGPVPSSR ELIVRPDTLR AIINNRATIE TTTMEAEFTE TLMESNYNS ASVKVSAPFI TANSEYSESS SFKNTETEKS MYTSSRYLFP QGRIDFTTPD SGFDDVIKLS PQFTSGVQAA L AKATGTEK REALQNLFQE YGHVFRTKVH IGGVLSAHTM ETFSRSENET EVKQDVKAGL EGAVKGWGGG ATAGHGNTQG TI TTSQNRK LNVKYIVNGG DYTKIQNTEE WVASTNQSEH WRVIEVTEVT AVADLLPQPI RGQVKDLLKP LLGKWVDVEK VPG LESLPV SVYRPKGAIP AGWFWLGDTA DASKALLVKP TLPARSGRNP ALTSLHQGSG MTEQPFVDLP QYQYLSTYFG SFAH DTPPG STLRGLRPDH VLPGRYEMHG DTISTAVYVT RPVDVPFPED ECFDLKSLVR VKLPGSGNPP KPRSALKKSM VLFDS GEK

UniProtKB: Pleurotolysin B

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分子 #2: Ostreolysin A6

分子名称: Ostreolysin A6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
分子量理論値: 15.759398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MAYAQWVIII IHNVGSQDVK IKNLKASWGK LHADGDKDAE VSASNYEGKI VKPDEKLQIN ASGRSDAAEG TTGTFDLVDP ADGDKQVRH FYWDSPWGSK TNTWTVSGSN TKWMIEYSGQ NLDSGALGTI TVDTLKKGEN LYFQ

UniProtKB: Ostreolysin A6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 73022
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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