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- EMDB-47068: Human ClC-3:TMEM9, TMEM9 Protomer A: No CDTMEM9, Protomer B: No L... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47068
タイトルHuman ClC-3:TMEM9, TMEM9 Protomer A: No CDTMEM9, Protomer B: No LD, No CD
マップデータ
試料
  • 複合体: Human ClC-3 and Human TMEM9
    • タンパク質・ペプチド: H(+)/Cl(-) exchange transporter 3
    • タンパク質・ペプチド: Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2R)-1-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5E,8E,11E,13E)-icosa-5,8,11,13-tetraenoate
キーワードIon channel / membrane protein / lysosomal protein / CLC
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting V-type ATPase complex assembly / volume-sensitive chloride channel activity / chloride:proton antiporter activity / synaptic vesicle lumen acidification / negative regulation of cell volume / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / regulation of pH / voltage-gated chloride channel activity / specific granule ...proton-transporting V-type ATPase complex assembly / volume-sensitive chloride channel activity / chloride:proton antiporter activity / synaptic vesicle lumen acidification / negative regulation of cell volume / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / regulation of pH / voltage-gated chloride channel activity / specific granule / multivesicular body membrane / photoreceptor cell maintenance / vesicle membrane / antiporter activity / synaptic transmission, GABAergic / phagocytosis, engulfment / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / chloride channel activity / regulation of protein catabolic process / intercellular bridge / phagocytic vesicle / axon terminus / chloride transmembrane transport / secretory granule / adult locomotory behavior / GABA-ergic synapse / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / recycling endosome / Stimuli-sensing channels / ruffle membrane / synaptic vesicle membrane / mitotic spindle / late endosome membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / late endosome / synaptic vesicle / protein transport / microtubule cytoskeleton / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / early endosome / lysosome / endosome membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TMEM9/TMEM9B / TMEM9 / Chloride channel ClC-3 / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter 3 / Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Son Y / Schrecker M / Hite RK
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)141553 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)008748 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural basis of ClC-3 inhibition by TMEM9 and PI(3,5)P.
著者: Marina Schrecker / Yeeun Son / Rosa Planells-Cases / Sumanta Kar / Viktoriia Vorobeva / Uwe Schulte / Bernd Fakler / Thomas J Jentsch / Richard K Hite /
要旨: The trafficking and activity of endosomes relies on the exchange of chloride ions and protons by members of the CLC family of chloride channels and transporters, whose mutations are associated with ...The trafficking and activity of endosomes relies on the exchange of chloride ions and protons by members of the CLC family of chloride channels and transporters, whose mutations are associated with numerous diseases. Despite their critical roles, the mechanisms by which CLC transporters are regulated are poorly understood. Here, we show that two related accessory β-subunits, TMEM9 and TMEM9B, directly interact with ClC-3, -4 and -5. Cryo-EM structures reveal that TMEM9 inhibits ClC-3 by sealing the cytosolic entrance to the Cl ion pathway. Unexpectedly, we find that PI(3,5)P stabilizes the interaction between TMEM9 and ClC-3 and is required for proper regulation of ClC-3 by TMEM9. Collectively, our findings reveal that TMEM9 and PI(3,5)P collaborate to regulate endosomal ion homeostasis by modulating the activity of ClC-3.
履歴
登録2024年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47068.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 278.4 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 278.4 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 278.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0329
最小 - 最大-0.060366426 - 0.1333768
平均 (標準偏差)0.00016833113 (±0.003707304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 278.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47068_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47068_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47068_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human ClC-3 and Human TMEM9

全体名称: Human ClC-3 and Human TMEM9
要素
  • 複合体: Human ClC-3 and Human TMEM9
    • タンパク質・ペプチド: H(+)/Cl(-) exchange transporter 3
    • タンパク質・ペプチド: Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2R)-1-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5E,8E,11E,13E)-icosa-5,8,11,13-tetraenoate

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超分子 #1: Human ClC-3 and Human TMEM9

超分子名称: Human ClC-3 and Human TMEM9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: H(+)/Cl(-) exchange transporter 3

分子名称: H(+)/Cl(-) exchange transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 91.054977 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESEQLFHRG YYRNSYNSIT SASSDEELLD GAGVIMDFQT SEDDNLLDGD TAVGTHYTMT NGGSINSSTH LLDLLDEPIP GVGTYDDFH TIDWVREKCK DRERHRRINS KKKESAWEMT KSLYDAWSGW LVVTLTGLAS GALAGLIDIA ADWMTDLKEG I CLSALWYN ...文字列:
MESEQLFHRG YYRNSYNSIT SASSDEELLD GAGVIMDFQT SEDDNLLDGD TAVGTHYTMT NGGSINSSTH LLDLLDEPIP GVGTYDDFH TIDWVREKCK DRERHRRINS KKKESAWEMT KSLYDAWSGW LVVTLTGLAS GALAGLIDIA ADWMTDLKEG I CLSALWYN HEQCCWGSNE TTFEERDKCP QWKTWAELII GQAEGPGSYI MNYIMYIFWA LSFAFLAVSL VKVFAPYACG SG IPEIKTI LSGFIIRGYL GKWTLMIKTI TLVLAVASGL SLGKEGPLVH VACCCGNIFS YLFPKYSTNE AKKREVLSAA SAA GVSVAF GAPIGGVLFS LEEVSYYFPL KTLWRSFFAA LVAAFVLRSI NPFGNSRLVL FYVEYHTPWY LFELFPFILL GVFG GLWGA FFIRANIAWC RRRKSTKFGK YPVLEVIIVA AITAVIAFPN PYTRLNTSEL IKELFTDCGP LESSSLCDYR NDMNA SKIV DDIPDRPAGI GVYSAIWQLC LALIFKIIMT VFTFGIKVPS GLFIPSMAIG AIAGRIVGIA VEQLAYYHHD WFIFKE WCE VGADCITPGL YAMVGAAACL GGVTRMTVSL VVIVFELTGG LEYIVPLMAA VMTSKWVGDA FGREGIYEAH IRLNGYP FL DAKEEFTHTT LAADVMRPRR NDPPLAVLTQ DNMTVDDIEN MINETSYNGF PVIMSKESQR LVGFALRRDL TIAIESAR K KQEGIVGSSR VCFAQHTPSL PAESPRPLKL RSILDMSPFT VTDHTPMEIV VDIFRKLGLR QCLVTHNGRL LGIITKKDI LRHMAQTANQ DPASIMFN

UniProtKB: H(+)/Cl(-) exchange transporter 3

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分子 #2: Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9

分子名称: Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.598934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MKLLSLVAVV GCLLVPPAEA NKSSEDIRCK CICPPYRNIS GHIYNQNVSQ KDCNCLHVVE PMPVPGHDVE AYCLLCECRY EERSTTTIK VIIVIYLSVV GALLLYMAFL MLVDPLIRKP DAYTEQLHNE EENEDARSMA AAAASLGGPR ANTVLERVEG A QQRWKLQV QEQRKTVFDR HKMLS

UniProtKB: Proton-transporting V-type ATPase complex assembly regulator TMEM9

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #5: (2R)-1-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bi...

分子名称: (2R)-1-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5E,8E,11E,13E)-icosa-5,8,11,13-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: A1A8I
分子量理論値: 1.047088 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
0.02 %glyco-diosgenin
50.0 mMTris
150.0 mMPotassium ChlorideKCl
2.0 mMdithiothreitol

詳細: 0.02% GDN, 50 mM Tris-HCl (pH 8), 150 mM KCl, 2 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均露光時間: 2.93 sec. / 平均電子線量: 59.63 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10137040
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryosparc ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 91755
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 当てはまり具合の基準: FSC 0.5
得られたモデル

PDB-9dny:
Human ClC-3:TMEM9, TMEM9 Protomer A: No CD TMEM9, Protomer B: No LD, No CD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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