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万見
- EMDB-47037: Pseudosymmetric protein nanocage GI9-F7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47037
タイトルPseudosymmetric protein nanocage GI9-F7
マップデータ
試料
  • 複合体: Pseudosymmetric protein nanocages: GI9-F7 nanocage
    • タンパク質・ペプチド: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 A Chain
    • タンパク質・ペプチド: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 B Chain
    • タンパク質・ペプチド: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 C Chain
キーワードFusion protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / pseudosymmetric protein nanocages / VIRAL PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Park YJ / Dowling QM / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / King NP / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Hierarchical design of pseudosymmetric protein nanocages.
著者: Quinton M Dowling / Young-Jun Park / Chelsea N Fries / Neil C Gerstenmaier / Sebastian Ols / Erin C Yang / Adam J Wargacki / Annie Dosey / Yang Hsia / Rashmi Ravichandran / Carl D Walkey / ...著者: Quinton M Dowling / Young-Jun Park / Chelsea N Fries / Neil C Gerstenmaier / Sebastian Ols / Erin C Yang / Adam J Wargacki / Annie Dosey / Yang Hsia / Rashmi Ravichandran / Carl D Walkey / Anika L Burrell / David Veesler / David Baker / Neil P King /
要旨: Discrete protein assemblies ranging from hundreds of kilodaltons to hundreds of megadaltons in size are a ubiquitous feature of biological systems and perform highly specialized functions. Despite ...Discrete protein assemblies ranging from hundreds of kilodaltons to hundreds of megadaltons in size are a ubiquitous feature of biological systems and perform highly specialized functions. Despite remarkable recent progress in accurately designing new self-assembling proteins, the size and complexity of these assemblies has been limited by a reliance on strict symmetry. Here, inspired by the pseudosymmetry observed in bacterial microcompartments and viral capsids, we developed a hierarchical computational method for designing large pseudosymmetric self-assembling protein nanomaterials. We computationally designed pseudosymmetric heterooligomeric components and used them to create discrete, cage-like protein assemblies with icosahedral symmetry containing 240, 540 and 960 subunits. At 49, 71 and 96 nm diameter, these nanocages are the largest bounded computationally designed protein assemblies generated to date. More broadly, by moving beyond strict symmetry, our work substantially broadens the variety of self-assembling protein architectures that are accessible through design.
履歴
登録2024年9月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47037.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 720 pix.
= 1213.92 Å		1.69 Å/pix.
x 720 pix.
= 1213.92 Å		1.69 Å/pix.
x 720 pix.
= 1213.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.686 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-0.4994305 - 2.3660328
平均 (標準偏差)0.002348713 (±0.10795679)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 1213.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_47037_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47037_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47037_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudosymmetric protein nanocages: GI9-F7 nanocage

全体名称: Pseudosymmetric protein nanocages: GI9-F7 nanocage
要素
  • 複合体: Pseudosymmetric protein nanocages: GI9-F7 nanocage
    • タンパク質・ペプチド: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 A Chain
    • タンパク質・ペプチド: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 B Chain
    • タンパク質・ペプチド: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 C Chain

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超分子 #1: Pseudosymmetric protein nanocages: GI9-F7 nanocage

超分子名称: Pseudosymmetric protein nanocages: GI9-F7 nanocage / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 A Chain

分子名称: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 A Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSHHHHHHGS EKAAKAEEAA RKMEELFKEH KIVAVLRANS VEEAKKKALA VFLGGVHLIE ITFTVPDADT VIKELSFLKE MGAIIGAGTV TSVEQCREAV ESGAEFIVSP HLDEEISQFC KEEGVFYMPG VMTPTELYKA MKLGHTILKL FPGEVVGPQF VEAMKGPFPN ...文字列:
GSHHHHHHGS EKAAKAEEAA RKMEELFKEH KIVAVLRANS VEEAKKKALA VFLGGVHLIE ITFTVPDADT VIKELSFLKE MGAIIGAGTV TSVEQCREAV ESGAEFIVSP HLDEEISQFC KEEGVFYMPG VMTPTELYKA MKLGHTILKL FPGEVVGPQF VEAMKGPFPN VKFVPTGGVN LDNVCEWFEA GVLAVGVGSA LVEGTPVEVA EKAKAFVEKI EGCTE

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分子 #2: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 B Chain

分子名称: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 B Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKMEELFKEH KIVAVLRANS VEEAISKALA VFAGGVHLIE ITFTVPDADQ VIKELEFLKE AGAIIGAGTV TSVEQCREAV ESGAEFIVSF HLDEEISQFC KEEGVFYMPG VMTPTELVKA MKLGHTILKL VPGEVVGPQF VEAMKGPFPN VKFVPTGGVN LDNVCEWFEA ...文字列:
MKMEELFKEH KIVAVLRANS VEEAISKALA VFAGGVHLIE ITFTVPDADQ VIKELEFLKE AGAIIGAGTV TSVEQCREAV ESGAEFIVSF HLDEEISQFC KEEGVFYMPG VMTPTELVKA MKLGHTILKL VPGEVVGPQF VEAMKGPFPN VKFVPTGGVN LDNVCEWFEA GVLAVGVGSA LVEGEPAEVA ELAIRFVEKI RGCTE

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分子 #3: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 C Chain

分子名称: Pseudosymmetric protein nanocages GI9 C Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKMEELFKEH KIVAVLRANS REEAIEIALA VFAGGVHLIE ITFTVPDADE VIKRLEMLKR AGAIIGAGTV TSVEQCREAV ESGAEFIVSP HLDEEISQFC KEEGVFYMPG VMTPTELVKA MKLGHTILKL FPGEVVGPQF VEAMKGPFPN VKFVPTGGVN LDNVCEWFEA ...文字列:
MKMEELFKEH KIVAVLRANS REEAIEIALA VFAGGVHLIE ITFTVPDADE VIKRLEMLKR AGAIIGAGTV TSVEQCREAV ESGAEFIVSP HLDEEISQFC KEEGVFYMPG VMTPTELVKA MKLGHTILKL FPGEVVGPQF VEAMKGPFPN VKFVPTGGVN LDNVCEWFEA GVLAVGVGSA LVEGKPSEVA EKARRFVKKI RGCTEGSLEH HHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1956
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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