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- EMDB-47024: TJ5-1 Fab in complex with NG2 COBRA hemagglutinin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47024
タイトルTJ5-1 Fab in complex with NG2 COBRA hemagglutinin
マップデータTJ5-1 Fab in complex with NG2 COBRA hemagglutinin
試料
  • 複合体: Complex of TJ5-1 Fab fragment with NG2 COBRA hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: TJ5-1 heavy chain Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: TJ5-1 light chain Fab fragment
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードAntibody / Fab / hemagglutinin / COBRA / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Nagashima K / Mousa J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TJ5-1 Fab in complex with NG2 COBRA hemagglutinin
著者: Nagashima K / Mousa J
履歴
登録2024年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47024.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TJ5-1 Fab in complex with NG2 COBRA hemagglutinin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 419.712 Å		1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 419.712 Å		1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 419.712 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.093 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.6539057 - 2.25211
平均 (標準偏差)0.000034686134 (±0.032460026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 419.71204 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_47024_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_47024_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TJ5-1 Fab fragment with NG2 COBRA hemagglutinin

全体名称: Complex of TJ5-1 Fab fragment with NG2 COBRA hemagglutinin
要素
  • 複合体: Complex of TJ5-1 Fab fragment with NG2 COBRA hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: TJ5-1 heavy chain Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: TJ5-1 light chain Fab fragment
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of TJ5-1 Fab fragment with NG2 COBRA hemagglutinin

超分子名称: Complex of TJ5-1 Fab fragment with NG2 COBRA hemagglutinin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 64.499406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI LCLVFAQKIP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT IVKTITNDRI EVTNATELVQ NSSIGEICDS PHQILDGENC TLIDALLGD PQCDGFQNKK WDLFVERSKA YSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFKNE SFNWTGVTQN GTSSACIRGS S SSFFSRLN ...文字列:
MKTIIALSYI LCLVFAQKIP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT IVKTITNDRI EVTNATELVQ NSSIGEICDS PHQILDGENC TLIDALLGD PQCDGFQNKK WDLFVERSKA YSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFKNE SFNWTGVTQN GTSSACIRGS S SSFFSRLN WLTHLNYTYP ALNVTMPNNE QFDKLYIWGV HHPGTDKDQI FLYAQSSGRI TVSTKRSQQA VIPNIGSRPR IR DIPSRIS IYWTIVKPGD ILLINSTGNL IAPRGYFKIR SGKSSIMRSD APIGKCKSEC ITPNGSIPND KPFQNVNRIT YGA CPRYVK QSTLKLATGM RNVPEKQTRG IFGAIAGFIE NGWEGMVDGW YGFRHQNSEG RGQAADLKST QAAIDQINGK LNRL IGKTN EKFHQIEKEF SEVEGRIQDL EKYVEDTKID LWSYNAELLV ALENQHTIDL TDSEMNKLFE KTKKQLRENA EDMGN GCFK IYHKCDNACI GSIRNGTYDH NVYRDEALNN RFQIKGVEGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGSGLN DIFEAQ KIE WHEGHHHHHH

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: TJ5-1 heavy chain Fab fragment

分子名称: TJ5-1 heavy chain Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.931521 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GFYLHWVRQA PGQGLEWMGW INPHSGDTDF AQKFQGKVTM TRDTSSNTVY MDVNRLTSD DTAVYYCVKN DIVLGMGVWG QGTTVIVSS

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分子 #3: TJ5-1 light chain Fab fragment

分子名称: TJ5-1 light chain Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.667729 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYNVYWFQQ LPPTAPKLLN YGDNNRPSGV PDRFSASKSG TSASLAITGL QAEDEAEYY CQSYDSSLNA YVFGTGTKVT VL

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.216 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3044243
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wzt

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 248400
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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