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- EMDB-47021: Glycosylated chronic wasting disease prion fibril -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47021
タイトルGlycosylated chronic wasting disease prion fibril
マップデータCWD density modified real-space symmetrized map
試料
  • 複合体: Naturally occurring chronic wasting disease prion fibril
    • タンパク質・ペプチド: Major prion protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードPrion / Chronic Wasting Disease / Deer / Fibril / GPI-anchor / Glycosylation / PrP / Infectious / Amyloid / Brain-derived / ex vivo / Prion strain / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / protein homooligomerization / Golgi apparatus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Odocoileus virginianus (オジロジカ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Caughey B / Hoyt F / Alam P / Artikis E / Soukup J / Hughson A / Schwartz C / Race B / Barbian K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of a natural prion: chronic wasting disease fibrils from deer.
著者: Parvez Alam / Forrest Hoyt / Efrosini Artikis / Jakub Soukup / Andrew G Hughson / Cindi L Schwartz / Kent Barbian / Michael W Miller / Brent Race / Byron Caughey /
要旨: Chronic wasting disease (CWD) is a widely distributed prion disease of cervids with implications for wildlife conservation and also for human and livestock health. The structures of infectious prions ...Chronic wasting disease (CWD) is a widely distributed prion disease of cervids with implications for wildlife conservation and also for human and livestock health. The structures of infectious prions that cause CWD and other natural prion diseases of mammalian hosts have been poorly understood. Here we report a 2.8 Å resolution cryogenic electron microscopy-based structure of CWD prion fibrils from the brain of a naturally infected white-tailed deer expressing the most common wild-type PrP sequence. Like recently solved rodent-adapted scrapie prion fibrils, our atomic model of CWD fibrils contains single stacks of PrP molecules forming parallel in-register intermolecular β-sheets and intervening loops comprising major N- and C-terminal lobes within the fibril cross-section. However, CWD fibrils from a natural cervid host differ markedly from the rodent structures in many other features, including a ~ 180° twist in the relative orientation of the lobes. This CWD structure suggests mechanisms underlying the apparent CWD transmission barrier to humans and should facilitate more rational approaches to the development of CWD vaccines and therapeutics.
履歴
登録2024年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47021.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CWD density modified real-space symmetrized map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.106 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.106 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.106 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8284 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.2
最小 - 最大-15.8517685 - 41.599457000000001
平均 (標準偏差)0.010709097 (±1.1464766)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.1056 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47021_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47021_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47021_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Naturally occurring chronic wasting disease prion fibril

全体名称: Naturally occurring chronic wasting disease prion fibril
要素
  • 複合体: Naturally occurring chronic wasting disease prion fibril
    • タンパク質・ペプチド: Major prion protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Naturally occurring chronic wasting disease prion fibril

超分子名称: Naturally occurring chronic wasting disease prion fibril
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Odocoileus virginianus (オジロジカ) / 器官: Brain

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分子 #1: Major prion protein

分子名称: Major prion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Odocoileus virginianus (オジロジカ)
分子量理論値: 27.965486 KDa
配列文字列: MVKSHIGSWI LVLFVAMWSD VGLCKKRPKP GGGWNTGGSR YPGQGSPGGN RYPPQGGGGW GQPHGGGWGQ PHGGGWGQPH GGGWGQPHG GGGWGQGGTH SQWNKPSKPK TNMKHVAGAA AAGAVVGGLG GYMLGSAMSR PLIHFGNDYE DRYYRENMYR Y PNQVYYRP ...文字列:
MVKSHIGSWI LVLFVAMWSD VGLCKKRPKP GGGWNTGGSR YPGQGSPGGN RYPPQGGGGW GQPHGGGWGQ PHGGGWGQPH GGGWGQPHG GGGWGQGGTH SQWNKPSKPK TNMKHVAGAA AAGAVVGGLG GYMLGSAMSR PLIHFGNDYE DRYYRENMYR Y PNQVYYRP VDQYNNQNTF VHDCVNITVK QHTVTTTTKG ENFTETDIKM MERVVEQMCI TQYQRESQAY YQRGASVILF SS PPVILLI SFLIFLIVG

UniProtKB: Major prion protein

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.779 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -0.2913 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 7346
Segment selection選択した数: 535858 / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: manual Picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Starting model was generated from 2D classes using relion_helix_inimodel2d
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9dmz:
Glycosylated chronic wasting disease prion fibril

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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