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- EMDB-46984: Vibrio cholerae DnaB -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46984
タイトルVibrio cholerae DnaB
マップデータLow resolution map from heterogeneus refinement featuring ssDNA extension.
試料
  • 複合体: Hexameric DNA replicative helicase Vc-DnaB in complex with ssDNA, ATPgammaS and Mg2+
    • 複合体: helicase Vc-DnaB
      • タンパク質・ペプチド: Replicative DNA helicase
    • 複合体: ssDNA
      • DNA: ssDNA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードReplicative Helicase / DNA Replication / Vibrio cholerae / Helicase Loading / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / isomerase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / isomerase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) / Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Mazzoletti D / Peng A / Gao N / Olinares PDB / Morrone C / Garavaglia A / Mendoza A / Chowdhury A / Gouda N / Tsoy S ...Mazzoletti D / Peng A / Gao N / Olinares PDB / Morrone C / Garavaglia A / Mendoza A / Chowdhury A / Gouda N / Tsoy S / Bhavsar H / Cerullo A / Rossi F / Rizzi M / Chait BT / Miggiano R / Jeruzalmi D
資金援助 米国, イタリア, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1818255 米国
Fondazione CARIPLO2020_3589 イタリア
Italian Ministry of Education2022LCN738 イタリア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: DnaB and DciA: mechanisms of helicase loading and translocation on ssDNA.
著者: Nicholas Gao / Daniele Mazzoletti / Adele Peng / Paul Dominic B Olinares / Castrese Morrone / Andrea Garavaglia / Nourelhoda Gouda / Sergey Tsoy / Albert Mendoza / Ahammad Chowdhury / Antonio ...著者: Nicholas Gao / Daniele Mazzoletti / Adele Peng / Paul Dominic B Olinares / Castrese Morrone / Andrea Garavaglia / Nourelhoda Gouda / Sergey Tsoy / Albert Mendoza / Ahammad Chowdhury / Antonio Cerullo / Hrutvik Bhavsar / Franca Rossi / Menico Rizzi / Brian T Chait / Riccardo Miggiano / David Jeruzalmi /
要旨: Replicative helicases are assembled on chromosomes by helicase loaders before the initiation of DNA replication. Here, we investigate the mechanisms employed by the bacterial Vibrio cholerae (Vc) ...Replicative helicases are assembled on chromosomes by helicase loaders before the initiation of DNA replication. Here, we investigate the mechanisms employed by the bacterial Vibrio cholerae (Vc) DnaB replicative helicase and the DciA helicase loader. Structural analysis of the ATPγS form of the VcDnaB-ssDNA complex reveals a configuration distinct from that observed with GDP•AlF4. With ATPγS, the amino-terminal domain (NTD) tier, previously found as an open spiral in the GDP•AlF4 complex, adopts a closed planar arrangement. Furthermore, the DnaB subunit at the top of the carboxy-terminal domain (CTD) spiral is displaced by approximately 25 Å between the two forms. We suggest that remodeling the NTD layer between closed planar and open spiral configurations, along with the migration of two distinct CTDs to the top of the DnaB spiral, repeated three times, mediates hand-over-hand translocation. Biochemical analysis indicates that VcDciA utilizes its Lasso domain to interact with DnaB near its Docking-Helix Linker-Helix interface. Up to three copies of VcDciA bind to VcDnaB, suppressing its ATPase activity during loading onto physiological DNA substrates. Our data suggest that DciA loads DnaB onto DNA using the ring-opening mechanism.
履歴
登録2024年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46984.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46984.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Low resolution map from heterogeneus refinement featuring ssDNA extension.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.736 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.736 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.207
最小 - 最大-0.0017811931 - 2.0141857
平均 (標準偏差)0.0007216623 (±0.018786848)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 389.736 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Low resolution map from heterogeneus refinement featuring ssDNA...

ファイルemd_46984_additional_1.map
注釈Low resolution map from heterogeneus refinement featuring ssDNA extension.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Low resolution map from heterogeneus refinement featuring ssDNA...

ファイルemd_46984_half_map_1.map
注釈Low resolution map from heterogeneus refinement featuring ssDNA extension.
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: Low resolution map from heterogeneus refinement featuring ssDNA...

ファイルemd_46984_half_map_2.map
注釈Low resolution map from heterogeneus refinement featuring ssDNA extension.
投影像・断面図
軸ZYX

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric DNA replicative helicase Vc-DnaB in complex with ssDNA,...

全体名称: Hexameric DNA replicative helicase Vc-DnaB in complex with ssDNA, ATPgammaS and Mg2+
要素
  • 複合体: Hexameric DNA replicative helicase Vc-DnaB in complex with ssDNA, ATPgammaS and Mg2+
    • 複合体: helicase Vc-DnaB
      • タンパク質・ペプチド: Replicative DNA helicase
    • 複合体: ssDNA
      • DNA: ssDNA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Hexameric DNA replicative helicase Vc-DnaB in complex with ssDNA,...

超分子名称: Hexameric DNA replicative helicase Vc-DnaB in complex with ssDNA, ATPgammaS and Mg2+
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: helicase Vc-DnaB

超分子名称: helicase Vc-DnaB / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)

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超分子 #3: ssDNA

超分子名称: ssDNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: The DNA sequence of the substrate included in the sample preparation for cryo-EM is: GTC ATT AAA TAT ATA TAA AGA TCT ATA TAG AGA TCT TTT TAT TAG ATC TAC TAT TAA GGA The ssDNA sequence of the ...詳細: The DNA sequence of the substrate included in the sample preparation for cryo-EM is: GTC ATT AAA TAT ATA TAA AGA TCT ATA TAG AGA TCT TTT TAT TAG ATC TAC TAT TAA GGA The ssDNA sequence of the strand modelled in the cryo-EM structure is: TCC AGA TAC ACA AAA AAA AAA A
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)

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分子 #1: Replicative DNA helicase

分子名称: Replicative DNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA 5'-3' helicase
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1
分子量理論値: 52.108773 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MADPRTDNRN RKIPDAQVDA IKVPPHSLEA EQSVIGGLLL DNERWDTVSE HVMTQDFYSR PHRLIFDGVK SILEAGKPLD LITLSEYLE QREQLEDVGG FAYLADLAKN TPSAANINAY AEIVAERALV RNLIGVANEI ADAGYDPQGR NAEDLLDLAE S KVFAIAEA ...文字列:
MADPRTDNRN RKIPDAQVDA IKVPPHSLEA EQSVIGGLLL DNERWDTVSE HVMTQDFYSR PHRLIFDGVK SILEAGKPLD LITLSEYLE QREQLEDVGG FAYLADLAKN TPSAANINAY AEIVAERALV RNLIGVANEI ADAGYDPQGR NAEDLLDLAE S KVFAIAEA RTSENEGPKN VDSILERTLE RIELLYKTPQ DGVTGVNTGF TDLNKKTAGL QGSDLIIVAA RPSMGKTTFA MN LCENAAM EQDKPVLIFS LEMPAEQIMM RMLASLSRVD QTKIRTGQLD DEDWARISST MGILMEKKNM YIDDSSGLTP TEV RSRARR IAREHGGLSL IMVDYLQLMR VPALTDNRTL EIAEISRSLK ALAKELNVPV VALSQLNRSL EQRADKRPVN SDLR ESGSI EQDADLIMFI YRDEVYHPDS PLKGTAEIII GKQRNGPIGS VRLTFQGHYS RFDNYAGPAF DDE

UniProtKB: Replicative DNA helicase

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分子 #2: ssDNA

分子名称: ssDNA / タイプ: dna / ID: 2
詳細: The sample sequence is different than the sequence from the coordinates because the resolution of the map was not enough to unambiguosly identify nucleobases during 3D reconstruction
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
分子量理論値: 6.747464 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度5.62 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mM4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethane-sulfonic acid
200.0 mMsodium chlorideNaCl
5.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
5.0 mM2-MercaptoethanolHOCH2CH2SH
5.0 mMATPgammaS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was monodisperse and contained also the helicase loader Vc-DciA at 18 uM.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 77.36 K / 最高: 77.36 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12265 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.37 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4315534
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7t20

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 551305
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

l_v4


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-468 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 73.05
得られたモデル

PDB-9dls:
Vibrio cholerae DnaB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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